В 1913 году Флекснеру предложили стать членом Совета по всеобщему образованию, основанного Джоном Д. Рокфеллером – младшим в 1902 году для повышения образовательных стандартов в Соединенных Штатах. Его уполномочили распределить пятьдесят миллионов долларов, пожертвованных Рокфеллером, среди достойных, по его мнению, финансовой поддержки медицинских образовательных заведений, таким образом, чтобы распространить успешный опыт Университета Хопкинса. С пустой, фигурально выражаясь, чековой книжкой, он вновь отправился в путешествие от одного академического центра к другому, разъясняя деканам и преподавателям меры, которые необходимо предпринять для того, чтобы поднять в их учреждениях уровень обучения до желаемого. При этом он придерживался первоначальных критериев оценки качества медицинского образования: соответствующее оборудование лабораторий, более высокие требования к студентам и профессорско-преподавательскому составу (полная занятость) и более тесное сотрудничество с больницами, где проходило основное практическое обучение будущих специалистов клиническим навыкам. Ориентиром служили немецкие университеты и центр Джонса Хопкинса. Тем школам, которые согласились на реализацию этих планов, были выделены средства для их осуществления и оказано содействие в привлечении дополнительных средств собственными силами. План был настолько очевидно перспективным, что за первым пожертвованием Рокфеллера последовали значительные взносы из других источников. Общая сумма составила шестьсот миллионов долларов. С помощью этой огромной финансовой поддержки Абрахам Флекснер оказывал всемерное содействие, выражаясь его словами, подъему статуса «американского медицинского образования от самого низкого уровня до самого престижного в цивилизованном мире».
Новая система обучения не ограничивалась профессиональной подготовкой студентов-медиков. Она включала программу повышения квалификации в форме интернатуры, предоставление места жительства, а также поощрение всех стажеров к исследовательской работе, независимо от того, получили они степень доктора медицины или нет. Головной университет должен был стать центром изучения научной медицины; с этой целью между академическим корпусом и клиникой поддерживалось постоянное тесное взаимодействие. Между университетом и учебной больницей также было установлено всестороннее сотрудничество, при этом управляли больничным персоналом руководители различных отделений факультета. Таким образом, профессор хирургии университета, например, назначался директором хирургического отделения больницы. Эта должность позволяла ему контролировать назначение всех штатных хирургов, обеспечивая необходимый уровень компетентности и качества преподавания.
Начиная высокими требованиями к поступающим в университет абитуриентам и заканчивая такими вопросами, как исследования и контроль качества врачебного персонала, пришедший на смену прежнему тип медицинского образовательного учреждения не только гарантировал подготовку прекрасных специалистов, но и способствовал формированию новых умонастроений, которые оказывали влияние на жизнь врача с первых минут учебы в колледже до дня его выхода на пенсию. В такой академической атмосфере молодежь не только изучала самые передовые достижения медицинской науки, но и использовала свои знания в лечении больных. Таким образом складывался современный образ целителя: вечного студента со своими надеждами, стремлениями и идеалами.
Отчет Флекснера и деньги Рокфеллера изменили направление американской благотворительности так же, как и характер системы образования. С этого времени медицинские учреждения стали бенефициарами финансовых средств, которые прежде поступали в другие общественные заведения, в основном в богословские школы. Похоже, что такая ситуация отражала серьезные изменения в приоритетных задачах страны. С тех пор данная установка не менялась, в результате чего вновь реорганизованные и недавно созданные медицинские образовательные заведения и больницы стали основными получателями государственных субсидий вплоть до начала следующего столетия.
Первыми институтами, воспользовавшимися щедростью и рекомендациями Совета по всеобщему образованию, были университеты Чикаго, Колорадо, Айовы, Орегона, Рочестера, Вирджинии и Вашингтона в Сент-Луисе, а также Колумбия, Корнелл, Дьюк, Гарвард, Макгилл, Тулейн, Вандербилт, Вестерн Резерв и Йель. Центру Хопкинса также была выделена значительная сумма. Другие образовательные учреждения ориентировались на балтиморский стандарт и настолько улучшили качество своей работы, что некоторые из них начали привлекать преподавателей, окончивших Университет Хопкинса, тем самым все более укрепляя структуру, которую они создавали.