Первым заданием «Густлоффа» стала эвакуация с полуострова Хела раненых военнопленных из состава героически сопротивлявшихся там гитлеровской агрессии польских частей. Затем плавгоспиталь направился в Осло, чтобы вывезти в Германию немецких солдат и моряков, пострадавших в норвежской кампании. Эта операция завершилась в конце июня 1940 года, после чего судно передали в аренду Главному управлению подводного флота в качестве плавказармы.
Разместившаяся на «Густлоффе» 22-яучебная флотилия была организована при 2-м учебном дивизионе подводного плавания в январе 1941 года. Всего таких дивизионов было три. 1-й, с приданной ему 21-й флотилией, расквартировали в Пиллау (ныне – Балтийск), а 3-й, готовивший только механиков, ремонтников и мотористов, обосновался в Нойштадте, на берегу Л юбекской бухты. Базой 2-го дивизиона стал Готенхафен, ещё недавно звавшийся на польских картах Гдыней. Всего в состав 22-й флотилии за время её существования вошло 46 лодок, принадлежавших к II, VII и IX сериям. В январе 1944-го флотилию возглавил известный ас германского подводного флота – 32-летний Вольфганг Лют, на боевом счету которого были к тому времени потопленный английский эсминец, французская подводная лодка и 44 транспорта союзников общим тоннажем свыше четверти миллиона тонн.
Лют безукоризненно исполнял в Готенхафене все возложенные на него задачи по обучению экипажей, но, едва узнав о формировании нового 4-го учебного дивизиона, начал писать настойчивые рапорта о переводе в Мемель, где расположилась «Четвёрка». Настойчивость автора рапортов объяснялась тем, что новому дивизиону предполагалось придать базирующуюся на Кёнигсберге 32-ю флотилию. Это созданное в апреле 1943-го подразделение было уникальным: в него должны были входить только новейшие лодки XXI и XXIII серий. Их возможности, как полагал Лют, позволили бы ему по-новому проявить талант тактика дерзких подводных атак
Слишком долго возражать кавалеру рыцарского креста с мечами и бриллиантами его непосредственный начальник адмирал фон Фридебург не посмел, и Люта в конце концов перевели. Но не на восток, а на запад. Ибо формирование «Четвёрки» так и не было завершено.
В августе 1944 года английская авиация настолько плотно заминировала Данцигскую бухту, что вместо неё для тренировок будущих экипажей «Вальтеров» пришлось избрать бухту Любека, которая давно считалась вотчиной 3-го дивизиона – он-то и принял на себя все дополнительные функции по подготовке моряков для лодок новых серий. Кёнигсбергская «Вальтер-флотилия» тоже перебазировалась в декабре 1944 года на Запад. Но её реальные шансы на участие в боевых действиях оказались далёкими от намеченных.
Ввод в строй новых лодок был затруднён огромным количеством технических неполадок, а освоение машины экипажами занимало вдвое больше положенных двух-трёх месяцев. Вдобавок самолёты противника буквально засыпали эти экипажи градом бомб при первых же попытках «Вальтеров» выбраться из своих бетонных бункеров на оперативный простор. Итогом стал провал всех надежд, возлагавшихся руководством Рейха на подводное «чудо-оружие». Предполагалось, что к маю 1945 года в полной готовности к боевым действиям будет находиться 95 лодок «прибрежной» XXIII серии и 381 «океанская» лодка XXI серии. На деле же к этому времени в море могли выйти всего лишь 6 «ближних Вальтеров» и единственный «дальний»: U-2511 под командованием Адальберта Шнее. Труды Любекского дивизиона по подготовке экипажей для новых серий так и остались невостребованными.
Вернёмся, однако, в Готенхафен. Люта сменил на посту командира 22-й учебной флотилии другой кавалер рыцарского креста (на сей раз – с дубовыми листьями). На счету корветтен-капитана Хайнриха Бляйхродта было 27 потопленных судов общим тоннажем 159 тысяч тонн, но делиться с курсантами боевым опытом ему почти не пришлось. Мины в заливе воспрепятствовали тренировочным походам не только «Вальтеров» из Кёнигсберга, но и обычных лодок 22-й флотилии. К тому же, августовские налёты Королевских ВВС нанесли флотилии существенный ущерб. Англичане потопили «Вольдемара Копхамеля», разрушили одну из двух находившихся в Готенхафене баз подлодок, а плавказарма «Густлофф» получила серьёзные повреждения из-за взрыва у борта мощного фугаса. Да и сама судьба готенхафенского учебного дивизиона из-за январского продвижения советских войск повисла на волоске.