Так, своим существованием в 1992- 1994 гг. запомнилась «Валеология» (Valeologia). Некоторое время относительно крупной и успешной была авиакомпания «Ренан» (Renan). На определенном этапе своего существования (она работала в 1993-2004 гг.) по количеству самолетов она превосходила даже «Эйр Молдову» и осуществляла чартерные и грузовые перевозки на международных маршрутах.
Среди других «пионеров» молдавских авиаперевозок можно выделить компанию «Вики» (Vichi Airlines). Долгое время она осуществляла грузоперевозки и пассажирские чартерные рейсы из аэропорта Кишинева, а позже пыталась возобновить операционную деятельность в Маркулештах – на бывшем аэродроме авиации ВМФ Советского Союза, в 2004 г. получившем статус международного аэропорта. Однако успех в этом ей не сопутствовал, и она фактически прекратила существование. В июне 2004 г. в Маркулештах была создана еще одна авиакомпания – «Аэропортул Интернэшнл Маркулешты» (Aeroportul International Marculesti), которой принадлежали самолеты Ан-24, Ан-30, Ан-32, Ан-72, вертолеты Ми-8 и др. Нелегким оказался и путь специализировавшейся с 1994 г на грузовых чартерных международных перевозках на самолетах Ан-26 и Ан-32 авиакомпании «Валан» (Valan International Cargo Charter), одно время имевшей довольно сильные позиции на рынке.
Позже возник ряд других чартерных и грузовых авиаперевозчиков. Среди них можно выделить «Аэриантур-М» (Aeriantur-M Airlines), совершавшую полеты на Ан-26 на Ближний Восток, «ТЕПавиа-Транс» (TEPAvia-Trans), работавшую с 1999 г. на Ан-12, Ан-32 и Ан-28 на Африканском континенте, «Тирамавиа» (Tiramavia), перевозившую с 1999 г. грузы в Европе и неоднократно задействовавшуюся в обслуживании авторалли «Париж-Дакар» и оказании гуманитарной помощи по линии ООН.
Самой крупной вертолетной компанией Республики Молдова являлась «Агроавиа» (Agroavia), осуществлявшая авиационные работы для нужд сельского хозяйства на вертолетах Ка-26. В этой же сфере работала и созданная в 1997 г. авиакомпания «Молдаэросервис» (Moldaeroservice), осна щенная самолетами Ан-2 и вертолетами Ми-2. В 2000 г. была создана компания «Пекотокс-Эйр» (Pekotox Air), эксплуатировавшая, в частности, вертолеты Ка-32 и даже Ми-26 (кроме того, у нее имелись самолеты Ан-24, Ан-26 и Ан-32).
Среди относительно молодых молдавских авиакомпаний – «Эйр Вингз» (создана в январе 2004 г.), «Нобил-Эйр» (в январе 2005 г.), «Аэронорд-груп» и «Джет Стрим» (обе начали деятельность в ноябре 2005 г.) и некоторые другие. Всего, по данным справочника авиакомпаний СНГ, изданном российской Госкорпорацией по ОрВД, на 22 января 2009 г. в Республике Молдова было зарегистрировано 17 авиакомпаний.
Однако не все из них сегодня имеют право на авиаперевозки: Государственная администрация гражданской авиации Молдовы своим приказом №102/GEN от 21 июня 2007 г. аннулировала сертификаты эксплуатанта семи молдавских авиакомпаний, работавших, главным образом, за пределами территории страны, и не устранивших вовремя ряд серьезных замечаний в области обеспечения безопасности полетов.