Летом 2006 г. "Трансаэро" начала выполнение полетов по маршруту Москва— Анадырь на самолетах Boeing 747. Это был первый рейс, выполняемый на самолете этого типа внутри России.
В том же 2006 г. считавшиеся аффилированными с "ЛогоВАЗом" Бориса Березовского структуры, которым в сумме принадлежало около 32% акций "Трансаэро", продали свои пакеты акций и были исключены из реестра акционеров авиакомпании. В результате, менеджмент "Трансаэро" стал фактически контролировать почти 90% акций перевозчика, хотя не все они находились в их непосредственной собственности.
В 2007 г. первой в России "Трансаэро" начала продажу электронных билетов на свои рейсы (полностью перейдя на них с октября 2009 г.) и регистрацию через интернет. В том же году она впервые стала вторым (после "Аэрофлота") авиаперевозчиком России по количеству пассажиров на международных воздушных линиях, а в 2008 г. — второй российской авиакомпанией по пассажирообороту в целом (и третьей по пассажиропотоку после "Сибири"). Начиная с 2009 г. "Трансаэро" стабильно занимала вторую (после "Аэрофлота") строчку в рейтинге российских авиакомпаний как по числу перевезенных пассажиров, так и по пассажирообороту.
С октября 2008 г. перевозчик приступил к эксплуатации первых двух дальнемагистральных лайнеров Boeing 777-200. На них впервые заработал новый класс обслуживания пассажиров — "Империал", стандарты которого соответствуют уровню международного первого класса. Таким образом, "Трансаэро" стала первым перевозчиком в России, который предложил своим пассажирам четыре класса обслуживания — "Империал", бизнес-класс, премиальный экономический и туристический экономический классы. Компоновка "трансаэровских" Boeing 777-200 предусматривала 12 мест в "Империале", 14 в бизнес-классе и 280 — в "экономе" (всего 306 кресел). Позднее "Империал" появился и на некоторых Boeing 747-400 компании, а также на всех ее Boeing 777-300 (их эксплуатация начата в конце 2011 г.).
Примечательно, что мировой финансовый кризис 2008 г. не сильно отразился на авиакомпании, даже несмотря на возросшую почти вдвое цену на авиатопливо. В 2009 г. Ольга Плешакова рассказывала: "Кризис как таковой, т.е. снижение числа пассажиров, компания почувствовала только в январе 2009 г. Но еще раньше оказывать влияние на отрасль начал банковский кризис. Стал более сложным доступ к финансовым ресурсам. Однако репутация надежного заемщика, а также правительственное постановление №964 от 2008 г. о государственных гарантиях для банков, кредитующих авиапредприятия, позволили "Трансаэро" решить и эту проблему. Уже в мае пошел прирост, как по числу перевезенных пассажиров, так и по пассажирообороту, по отношению к тому же периоду 2008 г. Так что сложности у нас были 3—4 месяца, и вряд ли их можно назвать кризисом. За это время мы переконфигурировали свои силы, оптимизировали расписание. Достичь такого результата позволил парк воздушных судов, в основном состоящий из эффективных по расходу топлива и сбалансированных по емкости самолетов Boeing".