Анализируя причины пожара, необходимо учитывать, что он менее всего был выгоден французам, ведь они планировали зимовать в городе. При этом они сами потушили, среди прочего, дворец Баташева и Воспитательный дом. Торговый ряд загорелся еще 2 сентября, и, как вспоминал чиновник Бестужев-Рюмин, был подожжен каким-то полицейским. О том, что за поджиганием домов ловили людей в полицейских мундирах, сообщают и французские мемуаристы. В частности, сержант Бургонь вспоминал, что из числа поджигателей «по крайней мере, две трети были каторжники… остальные были мещане среднего класса и русские полицейские, которых было легко узнать по их мундирам».
Офицер Ложье главным зачинщиком пожара считал Ростопчина и рассказывал о нескольких случаях поимки французами поджигателей: «В городе постоянно вспыхивают пожары, и теперь уже ясно, что причины их не случайны. Много схваченных на месте преступления поджигателей было представлено на суд особой военной комиссии. Их показания собраны, от них добились признаний, и на основании этого составляются ноты, предназначенные для осведомления всей Европы. Выясняется, что поджигатели действовали по приказу Растопчина и начальника полиции Ивашкина. Большинство арестованных оказываются агентами полиции, переодетыми казаками, арестантами, чиновниками и семинаристами. В назидание решают выставить их трупы, привязанные к столбам, на перекрестках или к деревьям на бульварах – зрелище, которое не может нас веселить. Ночью видишь ракеты, которые все время с целью поджога пускают с колоколен, с крыш домов и даже на улицах. Схваченных на месте преступления сразу расстреливают».
Кроме того, сохранилось донесение полицейского пристава П. Вороненко, где он отчитывается перед московской управой благочиния в исполнении приказа «стараться истреблять все огнем», что он и делал весь день 2 сентября «в разных местах по мере возможности до 10 часов вечера».
Российский историк Н. Троицкий указывал, что без сожжения Москвы тарутинский маневр Кутузова (то есть переход армии из Москвы в село Тарутино) был бы лишен смысла. Известно также, что московские жители являлись к Кутузову и докладывали, что перед отъездом из города сожгли свои дома, ожидая за это поощрения.
Но после того как стало известно, что в огне погибло от 10 до 20 тысяч раненых российских солдат, градоначальник Ростопчин стал упорно отказываться от «авторства» пожара. Погибшие, как уже упоминалось ранее, были оставлены в городе на милость победителя. Дело в том, что после Бородинского сражения для их вывоза в глубь России катастрофически не хватало транспорта. При этом далеко не все раненые были транспортабельны. Исходя из этого, Ростопчин, чтобы оправдаться, писал: «Бонапарт, чтобы свалить на другого свою гнусность, наградил меня титулом поджигателя, и многие верят ему». Также он утверждал, что именно Наполеон «предал город пламени, чтобы иметь предлог подвергнуть его грабежу».
Ему вторил и С. Воронцов, который отметил следующее: «Нас считают варварами, а французы, неизвестно почему, прослыли самым образованным народом. Они сожгли Москву, а мы сохранили Париж».
Среди других причин, которые заставили Ростопчина снять с себя ответственность за пожар, могли быть настойчивые требования погорельцев возместить им понесенные убытки. «Соловья я никогда не любил. Мне кажется, что я слышу московскую барыню, которая стонет, плачет и просит, чтобы возвратили ей ее вещи, пропавшие во время разгрома Москвы в 1812 году», – иронизировал впоследствии московский градоначальник. Характерно, что после выхода в отставку Ростопчин уехал на постоянное жительство в Париж.
Уже после оставления Москвы французами одним из первых в город вступил кавалеристский авангард российской армии под командованием А. Бенкендорфа, который позднее вспоминал: «10 октября 1812 года мы вступили в древнюю столицу, которая еще вся дымилась. Едва могли мы проложить себе дорогу через трупы людей и животных. Развалины и пепел загромождали все улицы. Одни только разграбленные и совершенно почерневшие от дыму церкви служили печальными путеводными точками среди этого необъятного опустошения. Заблудившиеся французы бродили по Москве и делались жертвами толпы крестьян, которые со всех сторон стекались в несчастный город».
Именно пожар, а также отсутствие надлежащего присмотра за оставленным в спешке имуществом, манили в Москву множество крестьян из окрестных сел и деревень. Эти толпы, вместе с подводами для вывоза награбленного, хлынули в сторону Московского Кремля. Тот же Бенкендорф вспоминал: «Моей первой заботой было поспешить в Кремль, в метрополию империи. Огромная толпа старалась туда проникнуть. Потребовались неоднократные усилия гвардейского казачьего полка, чтобы заставить ее отойти назад и защитить доступы, образовавшиеся кругом Кремля от обрушения стен».