В отличие от Исаака Алексей не мог пользоваться богатствами церкви, поэтому следовало искать другие источники денег, и, испытывая отчаянную нужду, император был вынужден прибегнуть к закулисным средствам. Константинопольские купцы-латиняне были подвергнуты незаконным поборам. Налоги на наследство стали настолько высокими, а методы их сбора настолько жесткими, что одна недавно овдовевшая женщина бежала с имуществом, которое смогла унести. Под незначительным предлогом Алексей захватывал товары византийцев и турок, торговавших с Конийским султанатом, а позднее спонсировал экспедицию Константина Франгопулоса в Черное море; он продавал с выгодой для казны все, что получал в результате своей кровожадной пиратской деятельности. Скаредность императора и его желание сохранить для себя конфискованное имущество довели Камицу до восстания. Такие приемы для достижения цели могли принести лишь весьма кратковременное облегчение, и, в конце концов, это бремя пало на крестьян, и без того испытывавших сильную нужду, за которых тщетно ходатайствовал Михаил Хониат.
Выгоды такого тяжелого налогообложения для государства трудно оценить. Огромная часть налогов, как утверждает митрополит Афинский, оставалась в руках сборщиков налогов, которые часто платили за свои должности авансом теми средствами, которые они наворовали на предыдущих постах. Благодаря доходам, которые все же доходили до столицы, император мог позволить себе провести ряд военных походов. Когда 31 июля 1201 г. толпа, следовавшая за узурпатором Иоанном Комнином, разграбила сокровищницу Большого дворца, говорили, что золото текло из него рекой. Таким образом, существовал резерв, но теперь он оседал в частных карманах. Большая часть доходов тратилась на роскошь: огромную свиту придворных, дорогие украшения, пригородные дворцы и пышные процессии. Налоги были высокими, хотя администрация не использовала свои доходы конструктивно.
Несмотря на неэффективное управление, крах власти Алексея произошел под внешним давлением: когда сбежавший принц Алексей достиг Италии, он обнаружил, что под руководством людей, которые давно уже имели претензии к Византии, собирается крестовый поход. Присутствие молодого Алексея, возможно, если не внушило им идею нападения на Константинополь, то, по крайней мере, укрепило тот план, который у них уже был. Завоевав Зару для Венеции, крестоносцы провели зиму 1202/03 г. на Корфу, где к ним присоединился принц Алексей, и в июне следующего года их флот достиг Босфора. Против мощи крестового похода Алексей III выстоять не мог.
Его правление вызывало у историков мало иных чувств, кроме презрения, начиная с Никиты Хониата, который не нашел ничего, за что можно было бы похвалить Алексея III, кроме его гуманизма – и несколько эпизодов показывают, что на эту его черту мог полагаться любой мятежник. Когда Никита Хониат писал о правлении Исаака II, он скрывал многие факты, но, чтобы очернить Алексея III, он, очевидно, решил, что лучше всего подойдет полное разоблачение. Лишь в отношении договора 1200 г. с турками и войны 1201–1202 гг. с Хрисосом и Камицей он оставляет без внимания или опускает подробности, которые отражали бы доверие к Ангелу. Предыдущие поражения императора и недостатки его администрации продемонстрированы подробно. Так как сам Никита Хониат тоже имел отношение к власти, он приписывает катастрофу 1203 г. бегству таких изгнанников, как принц Алексей, и интригам папы римского.
Единственными яркими моментами являются победы над Иванко, Хрисосом и Камицей, а также договоры с Рукн адДином и Иоанницей, которые дали некоторую передышку на восточной и западной границах. В то время как Исаак закончил свое правление реальной потерей Западной и Центральной Фракии, несмотря на свои продолжительные усилия, Алексей отбросил валахо-болгар к Балканским горам. В других отношениях его появление на престоле оказалось катастрофой для Византии. Обстоятельства его вступления на престол сделали его пленником аристократов, которые составляли вместе с ним заговор: он не мог им ни в чем отказать, и у него не было воли сопротивляться им. Богатство, должности и земли короны попали в их руки, а к их алчности добавилась алчность других могущественных групп, монастырей и латинян. Сельские магнаты поддерживали Алексея, потому что он оставил их в покое, но, когда его власть действовала нерешительно, честолюбивые индивиды, вроде Сгура, хватались за возможность атаковать самостоятельно. Четвертый крестовый поход нанес окончательный удар по империи, уже разваливавшейся из-за плохого управления и растущего местничества.