Римский историк Квинт Курций Руф (I в. н.э.) сообщает, что самаритяне первоначально подчинились Александру, но после его ухода в Египет в 331 г. до н.э. восстали и сожгли македонского префекта Сирии Андромаха (Hist. Alex. 4.8.9—10). Вернувшийся из Египта Александр подверг их за это репрессиям. Хотя данное сообщение является довольно поздним, оно подтверждается находкой в пещере Вади-Далиех останков примерно трёхсот знатных самаритян, по всей видимости, убитых македонскими воинами. Евсевий Кесарийский в «Хрониконе» и Георгий Синкелл утверждают, что Александр разрушил Самарию и на её месте основал колонию македонян (согласно другому сообщению того же «Хроникона» и Иерониму, это сделал Пердикка).
После распада империи Александра Самария, как и Иудея, вошла в состав государства Птолемеев. Возможно, она стала отдельной провинцией (гипархией). По всей видимости, в птолемеевский период в городе Самарии существовал храм, посвящённый Серапису и Изиде, о чём свидетельствует найденная в нём надпись ΗΓΗΣΑΝΔΡΟΣ ΞΕΝΑΡΧΙΣ ΚΑΙ ΤΑ ΠΑΙΔΙΑ ΣΑΡΑΠΙ ΙΣΙ («Гегесандр, Ксенархида и дети [посвятили] Серапису и Изиде»). Позднее его сменил храм Коры.
Судя по тому, что в двух надписях эллинистического времени с горы Гаризим упоминаются паломники с дарами из Самарии, некоторое количество самаритян по-прежнему проживало в этом городе, однако основное его население составляли греческие военные колонисты. Таким образом, самаритяне потеряли свою административную столицу и самый крупный город.
Сразу же вслед за превращением Самарии в греческий полис, в 320-х гг. до н.э., происходит возрождение пустовавшего в персидскую эпоху Сихема, который становится новой самаритянской столицей. Самаритяне превращаются в теократическое сообщество с центром в Гаризимском храме, подобно тому, как в то же время в подобное сообщество с центром в Иерусалимском храме превращаются иудеи.
Иосиф Флавий приводит любопытные данные о переселении самаритян и иудеев в Птолемеевский Египет и их отношениях: «Затем Птолемей, забрав в плен множество народа из гористой части Иудеи, из окрестностей Иерусалима, из Самарии и с горы Гаризим, повёл их всех в Египет и поселил их здесь. Когда же он узнал, что иерусалимцы отличаются особенною надёжностью в соблюдении клятв и сдержании данного слова, что видно уже из их ответа посланникам Александра после поражения, понесённого в бою с Дарием, он многих из них разместил по гарнизонам и сделал их равноправными с александрийскими македонянами, причём взял с них клятву, что они будут сохранять эту верность также его потомкам. Также немалое число и других иудеев добровольно переселилось в Египет, отчасти подбиваемые к тому превосходным качеством тамошней почвы, отчасти же вследствие щедрости Птолемея. Однако [впоследствии] у этих иудеев возникли распри с самарянами, вследствие желания первых сохранить издревле установленные обычаи, и они стали воевать друг с другом, потому что иерусалимцы считали единственно свой храм священным и требовали отсылки жертвоприношений именно туда, самаряне же настаивали на требовании отправлять эти приношения на гору Гаризим»[32]
(Древности, 12.1.1).