В настоящее время, система управления ВМФ не имеет единой вертикали. В 2009 году, управления флотов и флотилий были переданы в подчинения командующим четырех военных округов (оперативных командований). При этом сам Главкомат ВМФ и входящий в его состав главный штаб ВМФ оказались исключены из этой системы управления. В то же время, если Главкомат ВВС смог найти правильное направление своей работы, то у военно-морского флота это, увы, не получилось. В ведении Главкомата ВМФ осталась только боевая подготовка и планирование перспективного развития ВМФ, для чего в структуре командования появилось Управление перспективного развития. До 2009 года такого управления в составе ГВМФ не было. Именно УПР занималось основной работой. Подчиненные контр-адмирала А. Ляшка (начальника Управления перспективного развития ВМФ) прекрасно понимали, что «перспективное развитие» – слишком размытое понятие и очертить круг стоящих перед управлением задач весьма сложно. Но так как служить хотелось всем, то УПР начало самостоятельно придумывать себе задачи. Сейчас оно выполняет задачи практически всех управлений. При этом эффективность работы УПР определяется количеством документов, описывающих, как в будущем должен выглядеть флот. Отсюда и появление странных предложений, таких как «развертывание авиационной группы вертолетов Ка-52 в Джибути для борьбы с пиратством» и т. д.
В тоже время командования флотов и флотилий оказались предоставлены сами себе. В вышестоящем для них органе управления, командовании военного округа, слабо представляли, что именно происходит на флоте, какова специфика его боевого и учебно-боевого применения и даже повседневная жизнедеятельность флота была для них тайной за семью печатями. По идее, помощь во взаимодействии с флотами и флотилиями командованию округов должны были оказать военно-морские отделы в составе командований округов. Но на практике такая система привела к тому, что военно-морские отделы начали управлять командованиями флотов. То есть капитан первого ранга, в подчинении которого не более двадцати человек, должен был командовать адмиралами и вице-адмиралами в подчинении которых находилось почти сто офицеров. Такую ситуацию должно было исправить сокращение командований и штабов флотов и флотилий с передачей должностей и личного состава в отделы ВМФ. Но проведенное в конце 2012 года на базе Северного флота изучение такой реформы органов военного управления показало, что находящийся за две тысячи километров в Санкт-Петербурге отдел военно-морского флота командования Западного военного округа не может адекватно руководить штабом Северного флота в Североморске, не говоря уже о подчиненных силах и средствах.
Большую проблему в системе управления создал и переезд Главного командования ВМФ в Санкт-Петербург. Сейчас офицеры Главкомата ВМФ вынуждены ежедневно возить нарочными служебную корреспонденцию в Москву. Недаром поезд «Сапсан» получил наименование «Адмиральский». Но самая большая проблема в том, что в Подмосковье остался узел связи, а на Большом Козловском переулке в Москве (здание, где раньше до переезда размещался Главкомат ВМФ) – полностью укомплектованный и оснащённый современным оборудованием командный пункт ВМФ, с которого осуществлялось и осуществляется управление нашими военно-морскими силами по всему миру с отслеживанием кораблей и самолетов в реальном масштабе времени. В настоящее время, в Санкт-Петербурге в распоряжении Главкома ВМФ есть только две комнатки, с ограниченными возможностями связи и столом для бумажных карт. Так сейчас выглядит КП ВМФ. Понятно, что с такого командного пункта нет никакой возможности осуществлять адекватное руководство силами и средствами ВМФ даже в мирное время, не говоря уже о военном.
В ходе реформы «нового облика», часть соединений были понижены в статусе. В частности ряд дивизий были переформированы в бригады. К примеру, 2-я дивизия противолодочных кораблей Северного флота стала 11-й бригадой противолодочных кораблей.
Так же не совсем понятно, по какой причине боевые корабли перестали быть отдельными воинскими частями. Такое решение было принято экс-министром обороны Анатолием Сердюковым еще весной 2012 года. У кораблей забрали печати воинских частей – правда, оставив им боевые знамена. Для крупных кораблей – например, таких, как флагман Черноморского флота гвардейский ракетный крейсер «Москва», особых проблем не возникло, поскольку как штаб бригады находился на самом корабле. Но для различных малых ракетных и противолодочных кораблей, разбросанных по отдаленным гаваням, отсутствие печатей стало большой проблемой, так как без нее даже нельзя отправить в отпуск офицера.