На родине Эшколь укрепил свою власть, проведя переговоры о слиянии Мапай и Ахдут ха-авода, в результате которых образовалась новая группировка, известная под названием Альянс. Слияние было продуманным ходом в борьбе за власть внутри Мапай между молодыми людьми, которых в спешке оставил Бен-Гурион, и старой гвардией партии. Ахдут ха-авода" могла предложить группу молодых лидеров, обладавших значительным опытом в вопросах обороны, таких как Йисраэль Галили, Игаль Аллон и Моше Кармель, командовавший северным фронтом в Войне за независимость. Правда, эти лидеры не разделяли сдержанности и умеренности Эшколя в решении пограничных инцидентов. Но они были твердо на его стороне и на стороне его начальника штаба в споре о ядерной стратегии. Они исходили из того, что ЦАХАЛ должен сохранять способность справиться с любым возможным арабским вызовом только обычными средствами. Поэтому они были довольны решением Эшколя отдать приоритет укреплению способности вести обычную войну, а не ускорению ядерной программы.
Слияние с "Адут ха-авода" дало Бен-Гуриону возможность сделать жизнь своего преемника некомфортной, что он и сделал, реанимировав "дело Лавона". Одно из возможных объяснений поведения Бен-Гуриона заключается в том, что он завидовал успеху своего преемника и хотел заменить его, как в 1955 г. он заменил Шарета. Каковы бы ни были его мотивы, Бен-Гурион выступил против своего давнего товарища с беспрецедентной яростью и злобой, объявив его непригодным к управлению страной. Бен-Гурион обвинил Эшколя в неудачах в обеспечении безопасности. Его молодые лейтенанты в приватных беседах объясняли, что Эшколь поставил под угрозу ядерный вариант, уступив американским требованиям о проведении инспекции в Димоне. Эти утверждения были, мягко говоря, неточными. Перед тем как спровоцировать окончательный раскол, Бен-Гурион сделал открытое предложение сместить Эшколя на партийной конференции. В июне 1965 г., после того как это предложение было провалено, Бен-Гурион создал свою собственную раскольническую политическую партию "Рафи" ("Решимат Поалей Исраэль", "Список трудящихся Израиля"). Моше Даян и Шимон Перес с неохотой ушли в отставку из правительства и правящей партии и последовали за своим старым шефом в политическую пустыню.
Критики Рафи называли ее проатомной партией из-за одержимости бомбой. Как партия "Рафи" не имела целостной или общепринятой социально-экономической философии. Ее лидеров объединяла жажда власти и стремление к проведению более агрессивной политики в конфликте с соседями Израиля. Создавалось впечатление, что партия хочет вернуться к жесткой политике военных репрессий, которую проводил дуэт Бен-Гурион-Даян в начале 1950-х годов. Умеренная политика Эшколя по отношению к арабам была осуждена как опасное умиротворение. Считалось, что его призывы к миру ослабляют сдерживающую силу ЦАХАЛа. В то время президент Туниса Хабиб Бургиба вызвал большой резонанс, призвав своих соотечественников-арабов отказаться от надежды уничтожить Израиль и заключить с ним мир на основе границ раздела ООН 1947 года и возвращения палестинских беженцев. Эшколь приветствовал ноту реализма, прозвучавшую в словах тунисского президента, и особенно предложение разрешить арабо-израильский спор мирными средствами, хотя и не мог согласиться с деталями предложенной программы. Но даже такой осторожный прием оказался слишком сильным для лидеров "Рафи". Они ухватились за него как за доказательство иллюзий о мире, которые питало правительство Эшколя. В преддверии всеобщих выборов их нападки становились все более яростными и злобными.
На выборах, состоявшихся 2 ноября 1965 г., Эшколь обошел Бен-Гуриона. Блок получил 45 мест в Кнессете, Рафи - всего 10. Мапам получила 8 мест. Незадолго до выборов Херут объединился с Либеральной партией, образовав Гахаль, но новая партия получила только 26 мест. Ценой слияния стало согласие Херута отказаться от претензий на всю Землю Израиля. Некоторые члены Либеральной партии выдвинули свою кандидатуру на выборах под названием Независимая либеральная партия и получили 5 мест. Через два месяца после выборов Эшколь собрал коалицию с большинством в 75 голосов в 120-местном Кнессете. В коалицию вошли Альянс, Мапам, Национально-религиозная партия, Независимая либеральная партия и две более мелкие партии. В оппозицию вошли "Гахаль", "Рафи" и "Агудат Исраэль".
Голда Меир ушла с поста министра иностранных дел, и было принято считать, что на этом ее политическая карьера закончится, но через год она была призвана на пост генерального секретаря Альянса. На посту министра иностранных дел ее сменил Абба Эбан. В вопросах отношений с арабским миром они заметно расходились, поскольку она принадлежала к "ястребиному" крылу партии, а он был "голубем". В своих мемуарах Эбан следующим образом излагает свои взгляды: