Единственным проблемным фронтом в 1960-е годы был сирийский. Между Израилем и Сирией существовало три основных источника напряженности: демилитаризованные зоны, водные ресурсы и деятельность палестинских партизанских организаций. Конфликт в демилитаризованной зоне периодически возникал с 1949 г.: Израиль пытался установить контроль над ней с помощью военной силы, а Сирия оказывала военное сопротивление. К этому постоянному спору добавилась борьба за воду. В 1953 году Израиль был вынужден отказаться от плана отвода воды из реки Иордан в центральной части ДМЗ в Негев. В 1959 г. вместо этого было начато строительство Национального водовода для подачи воды из озера Кинерет в Негев, которое было завершено в 1964 году. Арабские государства во главе с Сирией решили сорвать планы Израиля путем отвода верховьев реки Иордан, в результате чего произошла серия ожесточенных столкновений, в которых Израиль одержал верх. Потерпев поражение в водной войне, разочарованные сирийцы стали спонсировать нападения на Израиль со своей территории со стороны палестинских партизанских организаций. Из трех источников конфликта два последних были наиболее важными. Они подпитывали напряжение, которое в итоге вылилось в полномасштабную войну.
Река Иордан образуется в результате слияния трех рек: Баниас, вытекающей из Сирии, Хазбани, вытекающей из Ливана, и Дан, вытекающей на севере Израиля. Примерно 50% вод Иордана поступает из рек Баниас и Хазбани, а остальные 50% - из реки Дан. Эшколь, бывший директор водохозяйственной компании "Мекорот", был глубоко погружен в водный вопрос. Он лично участвовал во многих дискуссиях и был согласен с тем, что без контроля над источниками воды сионистская мечта не может быть реализована. Без воды не может быть сельского хозяйства, а сельское хозяйство - это основа существования еврейского народа на земле Израиля, говорил он.
Генералов ЦАХАЛа, естественно, больше интересовал военный, чем экономический аспект водного спора, к тому же у них было много старых счетов с сирийцами. Бригадный генерал Исраэль Лиор, помощник Эшколя, подозревал, что бесконечная цепь действий и реакций закончится тотальной войной:
На севере велась довольно тяжелая война за источники воды. Войной руководил начальник генштаба Ицхак Рабин вместе с офицером, возглавлявшим северное командование, Давидом ("Дадо") Элазаром. У меня было тревожное внутреннее чувство по этому поводу. Мне все время казалось, что Рабин страдает от того, что я называю "сирийским синдромом". По моему мнению, почти все, кто служил на фронтах северного командования..., страдали сирийским синдромом. Служба на этом фронте, против сирийского врага, вызывает чувство исключительной ненависти к сирийской армии и народу. Как мне кажется, нет никакого сравнения между отношением израильтянина к иорданской или египетской армии и его отношением к сирийской армии. . . Нам нравилось их ненавидеть.
Рабин и Элазар были очень агрессивны в боевых действиях над верховьями рек на севере. Инциденты над этими водоразделами и за контролем в демилитаризованных зонах стали неотъемлемой частью повседневной рутины.
В январе 1964 г. в Каире состоялся саммит Лиги арабских государств. Главным пунктом повестки дня был вопрос об угрозе, которую представлял собой отбор Израилем воды с севера для орошения юга и ожидаемое сокращение запасов воды для Сирии и Иордании. Реакция саммита на эту угрозу была убийственно серьезной. В преамбуле к его решениям говорилось следующее,
Создание Израиля - это основная угроза, которую арабская нация в полном составе согласилась предотвратить. А поскольку существование Израиля представляет собой опасность, угрожающую арабской нации, то отвод им вод Иордана многократно увеличивает опасность для существования арабских стран. Соответственно, арабские государства должны подготовить планы, необходимые для решения политических, экономических и социальных вопросов, с тем чтобы, если необходимые результаты не будут достигнуты, коллективные военные приготовления арабских стран, когда они будут завершены, стали бы окончательным практическим средством для окончательной ликвидации Израиля.