Впервые в официальном документе арабские государства коллективно заявили о том, что их конечной целью является уничтожение государства Израиль. За преамбулой последовали конкретные и весьма значимые решения: об отводе верховьев реки Иордан в Сирии и Ливане, о создании Организации освобождения Палестины (ООП) и о создании единого арабского военного командования. Через несколько месяцев ООП была сформирована, и первым ее председателем был назначен Ахмад аш-Шукайри. ООП создавалась как политическая организация под эгидой Лиги арабских государств, доминирующую роль в руководстве ее деятельностью играл Египет. Однако ООП имела и военное подразделение - Армию освобождения Палестины (АОП), отряды которой были рассредоточены в различных арабских странах и подчинялись их военному командованию. Постепенно, помимо ФАТХа, существовавшего с 1958 года, на сцене появился ряд полунезависимых палестинских партизанских организаций.
Израильские лидеры очень серьезно отнеслись к решениям саммита, хотя и знали о разногласиях и соперничестве в арабском лагере. Они знали, что Иордания и Ливан воспринимают Объединенное арабское командование, которое должен был возглавить египетский генерал, как угрозу собственной независимости. Голда Меир заявила на партийном форуме, что, хотя некоторые арабские государства довольно неохотно согласились с решениями саммита, Израиль должен был исходить из того, что Объединенное арабское командование не будет простой бумажной организацией. Ицхак Рабин считал, что этот саммит стал поворотным пунктом в истории арабо-израильского конфликта. По его мнению, истоки Шестидневной войны можно отнести к Каирской конференции на высшем уровне.
С 5 по 11 сентября 1964 г. в Александрии состоялась вторая конференция арабских стран на высшем уровне. На ней были одобрены детально проработанные планы отвода верховьев Иордана и совместный военный план защиты этого проекта. Совет принял прокламацию, призывающую к освобождению Палестины от сионистского империализма и подчеркивающую необходимость использования всего арабского потенциала и концентрации всех арабских сил против общего врага. Совет приветствовал создание ООП как опоры палестинского образования и авангарда совместной арабской борьбы за освобождение Палестины.
Израиль в очередной раз очень серьезно отнесся к решениям арабского саммита. В своей записке в Совет Безопасности постоянный представитель Израиля при ООН Михаэль Комай обратил внимание на вышеупомянутую декларацию. "Из этой прокламации, - писал он, - ясно следует, что тринадцать государств - членов ООН поставили перед собой цель ликвидировать другое государство-член, объявили это центральной политической задачей, определяющей их коллективные действия, и решили сосредоточить весь свой национальный потенциал на достижении этой цели". Александрийские решения, как было заявлено, находятся в явном противоречии с Уставом ООН и всеми общепринятыми принципами, регулирующими отношения между государствами. Эшколь в своем заявлении в Кнессете 12 октября пояснил, что решения саммита ознаменовали собой смещение центра тяжести от пустых национальных лозунгов к тщательной подготовке к окончательной конфронтации с Израилем. Израиль, подчеркнул он, полон решимости защищать свои жизненно важные интересы и продолжать реализацию своего плана забора из озера Кинерет тех объемов воды, которые были выделены ему по плану Джонстона.
Несмотря на то, что кабинет министров был един в своем стремлении предотвратить арабский план диверсии, мнения относительно подходящих для этого средств разделились. Моше Даян считал, что Израиль не сможет предотвратить диверсию никакими средствами, кроме войны. Он даже опубликовал статью, в которой утверждал, что если арабы пойдут на это, то война будет неизбежна. Исраэль Галили и его коллеги предположили, что Израиль может использовать инцидент в демилитаризованной зоне для захвата части сирийской территории в районе реки Баниас и удерживать ее до тех пор, пока будет существовать угроза возобновления работ по отводу воды. Это предложение показалось Эшколю слишком провокационным, и он склонился к предложению начальника штаба. Рабин предложил предотвратить отвод воды, уничтожив тяжелую технику, которую сирийцы начали собирать у границы.