Работоспособность Эшколя ухудшали стресс, вызванный кризисом, относительная неопытность во внешнеполитической деятельности и внутриполитическое давление. Его бывшие коллеги по партии, отделившиеся в 1965 г. от "Рафи", стали его самыми откровенными критиками и теперь вели беспощадную кампанию по подрыву его авторитета. Томившиеся в оппозиции Давид Бен-Гурион, Шимон Перес и Моше Даян попытались извлечь из кризиса политический капитал, настойчиво привлекая внимание к недостаткам Эшколя. Из всех троих Даян был самым хитрым, манипулирующим и жаждущим власти. Его главной целью было сменить Эшколя на посту министра обороны. Эшколь отказался уйти с поста премьер-министра в пользу Бен-Гуриона, но в конце концов был вынужден передать портфель министра обороны Даяну.
Внутриполитический кризис был разрешен 1 июня путем формирования правительства национального единства, в которое вошли две основные оппозиционные партии - "Гахал" и "Рафи". Даян вошел в правительство в качестве министра обороны, а два лидера "Гахаля" - Менахем Бегин и Йосеф Сапир - в качестве министров без портфеля. Даян был назначен, несмотря на сильное противодействие со стороны Голды Меир, генерального секретаря "Согласия". Она предложила отдать портфель министра обороны Игалю Аллону, и большинство ее коллег по партии поддержали ее. Однако Национально-религиозная партия пригрозила выйти из коалиции, если не будет создано правительство национального единства с Даяном в качестве министра обороны. Назначение Даяна стало болезненным личным ударом для Леви Эшколя, но оно помогло восстановить доверие населения и армии к правительству.
Одним из последствий кампании Рафи против Эшколя стал подрыв уверенности Рабина в себе и чувство вины. Рабин был главным военным советником Эшколя, и в период кризиса на него легло тяжелое бремя ответственности, которое усугублялось тем, что его постоянно вызывали на заседания кабинета министров, комитета по обороне, комиссии Кнессета по обороне и иностранным делам. После ввода египетских войск на Синай Рабин предложил в качестве меры предосторожности провести частичную мобилизацию резервистов. На заседании Комитета по обороне и иностранным делам Даян раскритиковал Рабина за то, что тот способствовал возникновению кризиса непродуманными действиями, такими как нападение на Саму и воздушный бой над Дамаском. После закрытия Тиранского пролива Рабин считал, что Израиль должен немедленно ответить военной силой, чтобы защитить сдерживающую силу ЦАХАЛа, но на этот раз Эшколь решил отложить действия до исчерпания всех возможностей дипломатического решения.
Рабин почувствовал необходимость поговорить с Бен-Гурионом, но вместо того, чтобы укрепить его дух, "старик" устроил ему выволочку. "Я очень сомневаюсь, что Насер хотел вступить в войну, а теперь у нас серьезные проблемы", - заявил Бен-Гурион. Он заявил, что мобилизация резервистов была ошибкой. Рабин ответил, что он рекомендовал провести мобилизацию для того, чтобы убедиться в их готовности. "В таком случае вы или тот, кто дал вам разрешение на мобилизацию такого количества резервистов, совершили ошибку", - повторил Бен-Гурион. "Вы ввели государство в тяжелую ситуацию. Мы не должны вступать в войну. Мы оказались в изоляции. Вы несете за это ответственность". Эти слова ударили по Рабину как молотком и способствовали срыву, который он пережил вечером 23 мая. На следующий день он остался дома и обратился за медицинской помощью. Острая тревога вывела его из строя на двадцать четыре часа, после чего он вернулся к полноценной деятельности.
Давление военных на кабинет министров с целью заставить его согласиться на немедленную военную акцию против Египта неуклонно усиливалось. Прежде чем дать согласие, Эшколь и большинство его министров хотели выяснить, как в настоящее время относятся американцы к обещанию, которое Даллес дал Эбану десять лет назад. 23 мая кабинет министров принял решение направить Эбана с миссией в Париж, Лондон и Вашингтон, чтобы добиться принятия международных мер по открытию Тиранского пролива. Через три дня он вернулся с пустыми руками. Самой важной для него была встреча с президентом Линдоном Джонсоном. Джонсон сообщил Эбану, что, по единодушному мнению его военных экспертов, нет никаких признаков того, что египтяне планируют напасть на Израиль, а если они все-таки нападут, то израильтяне "выбьют из них всю кровь". Джонсон пообещал действовать совместно с другими морскими державами, чтобы открыть Тиранский пролив для израильского судоходства, и предостерег от начала военных действий со стороны Израиля. Он несколько раз повторил: "Израиль не останется в одиночестве, если только он сам не решит пойти на это". Доклад Эбана кабинету министров о неутешительных результатах его поездки вновь открыл дискуссию по поводу предложения о военных действиях. Большинством голосов, включая Эшколя, кабинет 28 мая принял решение подождать две-три недели.