После того как Даян сменил Кардома, Рабин предложил, что с военной точки зрения наиболее логичным местом остановки их войск был бы Суэцкий канал. Даян посчитал, что наступать до самого канала было бы политическим безумием, и отдал приказ остановиться на некотором расстоянии от него. Он рассудил, что канал является международной, а не египетской водной артерией, и, кроме того, опасался ввязаться в конфликт с советскими войсками. Когда утром 7 июня ему сообщили, что патруль ЦАХАЛа подошел к каналу, он приказал немедленно отозвать его. Однако вечером Даян отменил свой приказ, так как узнал, что Совет Безопасности собирается призвать к прекращению огня, и хотел улучшить положение Израиля на переговорах. Командиры ЦАХАЛа бросились к каналу и остались там.
Еще более бессистемным было принятие решений в отношении северного и восточного фронтов. Перед началом войны в планах действий ЦАХАЛа предусматривались незначительные изменения на границах с Сирией и Иорданией. Они предусматривали захват демилитаризованных зон на границе с Сирией и соединение Иерусалима с израильским анклавом на горе Скопус. Эшколь и его коллеги по партии положительно относились к Хашимитской династии и продолжали питать надежду на урегулирование с Иорданией. "Здесь не было ничего, - отмечал Абба Эбан, - той нечеловеческой ярости, которой отличалось отношение других арабских националистов к существованию Израиля. Даже во время войн в отношениях между Израилем и Иорданией витало негласное предположение об окончательном согласии". В мае-июне 1967 года правительство Эшколя сделало все возможное, чтобы ограничить конфронтацию египетским фронтом. Эшколь и его коллеги принимали во внимание возможность боевых действий на сирийском фронте. Но они хотели избежать столкновения с Иорданией и неизбежных осложнений, связанных с необходимостью иметь дело с преимущественно палестинским населением Западного берега реки Иордан.
Инициатором боевых действий на восточном фронте была Иордания, а не Израиль. Король Хусейн был увлечен мощным течением арабского национализма. 30 мая он вылетел в Каир и подписал с Насером оборонный пакт. 5 июня Иордания начала обстрел израильской стороны в Иерусалиме. Это могло быть истолковано либо как залп в защиту чести Иордании, либо как объявление войны. Эшколь решил отдать предпочтение королю Хусейну. Через генерала Одда Булла, норвежского начальника штаба ОНВУП, он направил утром 5 июня следующее послание: "Мы не будем предпринимать никаких действий против Иордании. Однако если Иордания откроет военные действия, мы отреагируем на это всеми силами, и королю придется нести всю ответственность за последствия". Король Хусейн сказал генералу Буллу, что уже слишком поздно, решение принято. Хусейн уже передал командование своими войсками египетскому генералу. Он совершил ошибку всей своей жизни. Под египетским командованием иорданские войска усилили обстрел, захватили Дом правительства, где находилась штаб-квартира ОНВУП, и начали перебрасывать свои танки на Западный берег.
Если бы король Хусейн прислушался к предупреждению Эшколя, он бы сохранил за собой Старый город Иерусалима и Западный берег реки Иордан. До начала иорданских бомбардировок никто в кабинете министров или Генеральном штабе не предлагал захватить Старый город. Столь демонстративно бросив жребий Насеру и дерзко ответив на предупреждение Эшколя, Хусейн сам возродил ирредентистские устремления израильской стороны.
Вечером 5 июня кабинет министров собрался в бомбоубежище Кнессета. Аллон и Бегин утверждали, что обстрел со стороны Иордании дает Израилю историческую возможность освободить Старый город Иерусалима. Эшколь отложил принятие решения до консультации с Даяном и Рабином. 6 июня Даян разрешил членам парашютно-десантного подразделения ЦАХАЛа окружить Старый город, но приказал им не входить в него. Он опасался нанесения ущерба святым местам и хотел избежать боевых действий в застроенном районе. Он также полагал, что международное давление заставит Израиль вывести войска из Старого города после окончания войны, и не хотел платить за это большие потери. Сообщение о том, что ООН собирается призвать к прекращению огня, заставило его изменить свое мнение. Не согласовав это с кабинетом министров, он отдал приказ ЦАХАЛу двигаться в Старый город. К 10 часам утра 7 июня он был в руках израильтян. Через три часа Моше Даян, Ицхак Рабин и Узи Наркис, командующий Центральным командованием, вошли в город через Львиные ворота. Стоя у Стены Плача, Даян объявил: "Сегодня утром ЦАХАЛ освободил Иерусалим. Мы воссоединили разделенный Иерусалим, разделенную на две части столицу Израиля. Мы вернулись в наши самые святые места, мы вернулись, чтобы никогда больше не расставаться с ними".