Генерал-майор Шломо Горен, главный раввин ЦАХАЛа, хотел пойти гораздо дальше Даяна и взорвать мечеть Омара, известную также как Купол Скалы, поскольку на ней находится Священная скала, с которой, по преданию, пророк Мухаммед вознесся на небо на крылатом коне. Мечеть Омара расположена на месте, которое иудеи называют Храмовой горой, так как именно здесь находился Второй храм, разрушенный римлянами в 70 г. н.э. Уцелела только Западная стена храма, которая стала известна как Стена Плача. Незадолго до своей смерти в 1997 году Узи Наркис раскрыл подробности своего разговора с раввином Гореном 7 июня 1967 года, когда они стояли на Храмовой горе после ритуального дуновения в рог у Стены Плача. Там царила атмосфера духовного подъема. Вокруг в оцепенении копошились десантники. Наркис стоял в одиночестве, погрузившись в раздумья, когда к нему подошел Горен и сказал: "Узи, сейчас самое время заложить сто килограммов взрывчатки в мечеть Омара - и все, мы избавимся от нее раз и навсегда". Наркис сказал: "Рабби, прекрати". Тогда Горен сказал ему: "Узи, этим поступком ты войдешь в учебники истории". Наркис ответил: "Я уже вписал свое имя в страницы истории Иерусалима". Горен ушел, не сказав больше ни слова.
Решения по Западному берегу также принимались поэтапно. Они диктовались военными событиями, а не политическим планом. Израильская реакция на иорданские обстрелы была сдержанной в надежде, что Хусейн прекратит их, удовлетворив честь Иордании. После взятия Старого города Даян приказал своим войскам окопаться на склонах к востоку от Иерусалима. Когда командир бронетанковой бригады по собственной инициативе проник дальше на восток и доложил, что в поле его зрения находится Иерихон, Даян сердито приказал ему развернуть свои силы. Только после того, как спустя несколько часов военная разведка сообщила, что король Хусейн приказал своим войскам отступить за реку, Даян отдал приказ о захвате всего Западного берега. Вечером того же дня Даян встретился со старшими офицерами, чтобы обдумать эти неожиданные события. "Как нам контролировать миллион арабов?" - спросил Ицхак Рабин, имея в виду жителей Западного берега. "Один миллион двести пятьдесят тысяч", - поправил его один из офицеров. Это был вопрос, на который ни у кого не было ответа.
Наркис подчеркнул, что на протяжении всего предкризисного периода правительство сопротивлялось военным действиям в секторе, за который он отвечал. По его словам, руководство Мапай было намерено сохранить статус-кво в отношениях с Иорданией. Военная разведка считала, что Иордания не вступит в бой. Пакт Хусейна-Насера поразил их как молния. Несмотря на пакт, Рабин отказался разрешить Наркису оставить в резерве бронетанковую дивизию, поскольку упорно считал, что боев в этом секторе не будет. Даже после того, как иорданцы открыли огонь, все предложения Наркиса, например, захватить Латрун, были отвергнуты. Только после захвата Дома правительства израильская военная машина начала разворачиваться. Возникла серьезная угроза безопасности Иерусалима, и он получил разрешение направить войска на гору Скопус. Наркис подытожил: "Во-первых, у израильского правительства не было намерения захватить Западный берег. Напротив, оно выступало против этого. Во-вторых, со стороны ЦАХАЛа не было никаких провокаций. В-третьих, контроль был ослаблен только тогда, когда возникла реальная угроза безопасности Иерусалима. Именно так все и происходило 5 июня, хотя в это трудно поверить. В итоге получилось то, что никто не планировал".
Рабин согласился с тем, что конечный результат был определен не политическими целями войны, а военными случайностями: "Война развивалась в соответствии со своей внутренней логикой, и это развитие привело к тому, что все силы иорданской армии оказались в Иудее и Самарии и волей-неволей привели к захвату естественной границы Земли Израиля - реки Иордан".
Нигде Моше Даян не был столь непостоянен и непредсказуем, как в отношении Сирии. И здесь у правительства не было четко определенных целей войны. ЦАХАЛ был развернут в оборонительном режиме на сирийском фронте, как и на иорданском, когда начиналась война с Египтом. Сирия, со своей стороны, хотела остаться в стороне от этой войны. Правда, 5 июня ее ВВС совершили вылазку, а артиллерия обстреляла израильские поселения вдоль линии фронта, но это были ограниченные боевые действия, и они прекратились после сокрушительной контратаки Израиля на сирийские ВВС. Израилю не было необходимости открывать второй или третий фронт. Давид Элазар, командующий Северным командованием, оказывал все возможное давление, требуя тотальной войны с Сирией, но Даян держал его на очень коротком поводке.