Будучи убежденным сторонником Папы (тогда как М. Эбнер была горячей сторонницей Людвига Баварского), Генрих вынужден в 1338 году оставить родные места. Больше чем на десять лет он удаляется в Базель, не подпавший под действие папского интердикта. Его встречи с Маргарет становятся редки. Зато между ними устанавливается интенсивный обмен письмами (см.: Federer 2011), самая ранняя частная переписка на немецком языке. Кроме того, через Генриха о Маргарет узнают И. Таулер, сам писавший ей и посещавший ее, а также базельские «Божьи друзья». Через Генриха же Маргарет знакомится с Ульрихом III Ниблунгом, аббатом цистерцианской обители Кайсхайм (корреспондентом баварской визионерки Лангманн), и начинает с ним переписываться. М. Эбнер скончалась 20 июня 1351 года и была погребена в зале монастырского капитула, вскоре преобразованного в капеллу.
Свои видения и благодатные переживания М. Эбнер стала собственноручно записывать, а иногда надиктовывать сестре, впоследствии приорессе, Элсбет Шепах (Elsbeth Schepach), по благословению Генриха Нёрдлингенского с Адвента 1344 года. Составленные на швабском диалекте и адресованные непосредственно Генриху, записи имеют дневниковый характер и образуют в совокупности внутреннюю автобиографию М. Эбнер, снабженную четкой календарной фиксацией, благодаря чему мы хорошо осведомлены о второй половине ее жизни. Мистический опыт медингенской монахини организован вокруг двух главных тем: младенчества Христа и его крестных страстей. Достигая предельных степеней интенсивности, этот опыт отмечен внутренней стигматизацией, которой сподобились до М. Эбнер некоторые германские харизматики: крайне болезненными ощущениями в членах тела, в боку, не переходящими, впрочем, в открытые раны, как у Франциска Ассизского. В записях М. Эбнер оставили след и «имяславческие» мотивы: описание ее молитвенно-медитативной практики, состоящей в многократном повторении имени Иисусова и в размышлениях о его существе (что имеет параллели в сочинениях и опыте бегинок и доминиканок южнонемецкого региона). Кроме прочего, особенность дневниковых записок М. Эбнер заключается в их исключительной, очевидной, не поддающейся стилизации искренности; они являются непосредственным и не обремененным воспитательными интенциями свидетельством о ее опыте. Как и Генрих, Маргарет находилась под сильным впечатлением от «Струящегося света Божества» Мехтхильды Магдебургской, алеманнский список которого передавался в 1345 году по дунайским обителям. Свидетельство этого впечатления — некоторые поэтические особенности ее дневниковых заметок (ритмизация прозы, внутренние рифмы и прочее).
Известно, что часть записей М. Эбнер была отправлена Генриху Нёрдлингенскому уже в 1345 году. На основе этой и прочих частей в 1353 году был составлен — вероятно, самим же Генрихом — корпус ее «Откровений» («Offenbarungen»). Судя по сохранившейся непринужденности повествования, редакторская обработка не сильно отклоняется от первоначального оригинала и сводится преимущественно к вставке авторитетных цитат на латыни, подтверждающих доброкачественность опыта М. Эбнер.
Что касается монастыря, в котором подвизалась М. Эбнер, то о нем сохранились следующие сведения: