Царём Иваном IV Васильевичем были предложены для решения около 70 вопросов, касающихся уставности и чинности церковных служб, исправности богослужебных книг, правил иконописи, также были вопросы нравственности духовенства и мирян, вопросы касающиеся церковных обрядов: двоеперстное сложение при совершении крестного знамения, сугубая Аллилуи, колокольный звон, антиминс и др. Были поставлены вопросы брака и венчания, вопросы Церковного суда (светским судам запрещалось судить духовных лиц) и др. И наконец вопрос церковного землевладения (запрет архиепископам, епископам и монастырям покупать у кого-либо вотчины без разрешения царя и т.д.)
Среди множества поставленных вопросов на соборе обсуждались два основных вопроса: первый, чисто церковные дела, связанные с наведением элементарного порядка в среде приходского духовенства и унификации церковной службы и обрядов, и второй, проблема монастырского землевладения, который вызвал наибольшую дискуссию, поскольку царь Иван Васильевич, поддержанный нестяжателями (Сильвестр), попытался отобрать богатые монастырские вотчины в пользу государства, ибо правительству было крайне важно получить новые земли (роспашь) для поместной раздачи служилым людям «по отечеству», составлявшим основу русской поместной конницы. Но это предложение, вызвавшее резкое недовольство иосифлян, при активной поддержке митрополита Макария было решительно отвергнуто. Единственное, что удалось сделать царю Ивану, так это протащить решение, что отныне все монастыри не имеют права приобретать новых земель без доклада царю, а также ограничить «тарханы», т.е. налоговые привилегии церкви, дарованные ей еще татарскими ханами.
Так называемые царские вопросы были результатом работ подготовительной к собору комиссии, в которой главным участником являлся без сомнения митрополит Макарий. Но внутренний характер очень многих вопросов ясно свидетельствует, что программа собора вырабатывалась не вполне в духе митрополита, т.е. при участии лиц другого направления. Митрополит своим благовременно выраженным протестом против посягательств царя на церковное недвижимое имущество отнял у него надежду достичь этого через собор, и при выработке программы собора, конечно, всячески отклонял внимание царя от вопроса о церковно-монастырском землевладении. Несмотря на это, нежелательная для Макария тенденция проявилась очень настойчиво во многих пунктах программы и проявилась в такой форме, которая явно выдает своих виновников – советников царя, принадлежавших к партии нестяжателей. Последние (в данном случае в лице прот. Сильвестра и игумена Артемия) в имущественных и владельческих правах высшей иерархии и монашества видели главный источник нравственных недугов, которыми страдал и тот и другой институт. На эту же почву становится в своей затаенной борьбе с церковными имуществами и царь Иван Васильевич. Резкие обличения монашества и архиерейства, заявленные в царских вопросах, в большинстве случаев подчеркивают злоупотребления черного духовенства, связанные именно с их имущественно хозяйственными отношениями. Поэтому нужно думать, что и недостатки в жизни высшей иерархии и монашества не были бы обнаружены со всей откровенностью, если бы проект соборных деяний составлялся под влиянием только одного митрополита и единомысленных с ним епископов-консерваторов, известных под названием «иосифлян», т.е. последователей идеи преп. Иосифа, игумена Волоколамского, и если бы не был заинтересован этими недостатками сам царь по мотивам государственно-экономическим.
Вопрос об исправлении богослужебных книг был снова поднят на Стоглавом соборе; но, по малому образованию членов этого собора, он оказался совершенно несостоятельным в решении такого сложного вопроса. Церковные книги велено было исправлять по-старому с добрых переводов, которых, однако, и сам собор не мог указать; по-старому же на это дело уполномочивались всякие грамотеи – все протопопы и поповские старосты, что могло повести только к еще большей порче книг. Сам собор показал образчики крайне неудачных исправлений, указав, например, читать в эктениях: «о архиепископе нашем честнаго его пресвитерства и диаконства», «сами себе и друг другу», и прочее, или в символе веры: «и в Духа Святаго истиннаго и животворящаго», а также указав двоить «аллилуйю». После этого строгое определение собора – неисправленных книг ни продавать, ни покупать, ни употреблять в церквах – не имело уже, разумеется, никакого значения. Спустя немного времени после Стоглава приходилось думать уже не об исправлениях в книгах, а только о предотвращении в них новых описей и недописей; с этой целью и появилась в Москве первая типография.