Но фортуна переменчива. После контрреволюционного переворота 9 термидора (27 июня) 1794 г. героя Тулона за связи с якобинцами уволили из армии и арестовали. Однако один из членов Директории Баррас взял бригадного генерала к себе в помощники, а 5 октября 1795 г. Наполеон силой артиллерии решительно подавил мятеж роялистов в Париже. Его произвели в дивизионные генералы и назначили начальником парижского гарнизона, командующим внутренними войсками.
Еще в Марселе Наполеон влюбился в дочь местного коммерсанта Дезире Клари. После его отъезда они долгое время переписывались, но затем молодой человек резко прервал отношения, решив жениться на Марии-Жозефине Богарне, с которой познакомился в салоне мадам Тальен. Ему было 26 лет, ей – 33. Но ни разница в возрасте, ни то, что Жозефина была вдовой аристократа, генерала Богарне, казненного якобинцами, матерью двоих детей, не смущали Наполеона. Прекрасная креолка с острова Мартиника буквально обворожила молодого генерала. Впоследствии, несмотря на множество любовниц, он признавался: «Я никогда не был влюблен, разве только в Жозефину». Вряд ли она по-настоящему любила этого маленького худого корсиканца с пергаментным лицом и свисающими волосами. У молодой вдовы было достаточно поклонников и без него. Скорее всего, ею двигал чистый расчет: статус в обществе и безбедное существование для нее и ее детей. Но Наполеон любил ее страстно, безгранично, и эта любовь поблекла только с годами под натиском домашних бурь. 9 марта 1796 г. произошло гражданское бракосочетание Наполеона и Жозефины. Новобрачная получила от него в подарок кольцо с сапфиром, внутри которого было выгравировано: «Женщине моей судьбы!». Дальнейшая жизнь с Жозефиной оказалась не столь лучезарной. Наполеон почти все время находился на полях сражений, а она, живя в Париже, не отличалась верностью супругу. Вот тогда впервые у него появилась мысль о разводе. С 1802 г. они спали уже в разных спальнях. Так прошло пять лет. Тем не менее Наполеон осыпал ее драгоценностями, оплачивал многочисленные долги, а в 1804 г., когда он провозгласил себя императором, супруга стала украшением трона. Жозефина не обрадовала мужа наследником, мысль о разводе крепла. Наполеону нужна была жена королевской крови, чтобы создать династию. 15 декабря 1809 г. развод состоялся. Теперь Наполеон обратил внимание на сестру русского царя Александра I, но получил отказ. Тогда он попросил руки Марии Луизы Австрийской и заручился согласием. В 1810 г. состоялась свадьба. Самого жениха на свадьбе не было: его замещал маршал Бертье. Уже на следующий год появился долгожданный наследник. Так Мария Луиза заняла место на троне, но в сердце Наполеона в это время жила уже другая женщина – прекрасная полька Мария Валевская. Она родила ему сына, который при Наполеоне III станет министром иностранных дел.
Но все это будет потом. А пока в 1796 г. генерала Бонапарта назначили командующим французской Итальянской армией. Итальянская кампания стала для него, по сути, первым серьезным опытом сражения с крупной иностранной армией. В течение двух недель в шести сражениях французы разбили австрийские войска и вошли в Милан. К июню от австрийцев была полностью очищена Ломбардия, а их последний оплот – Мантуя – капитулировал в феврале 1797 г. Теперь Наполеон двинул свои войска в сторону Вены. В ходе кампании он перекроил карту Италии, создав Цизальпинскую республику, сформировал ряд марионеточных правительств и разграбил итальянские художественные ценности, финансируя за счет этого военные операции Франции. 17 октября 1797 г. между Австрией и Францией был подписан мирный договор, причем переговоры о мире вел сам Наполеон.
Вернувшись с огромной славой в Париж, генерал Бонапарт добился от Директории решения об организации похода для завоевания Египта, что открывало возможность захвата в дальнейшем Британской Индии. Египетская экспедиция 1798–1801 гг. поначалу складывалась удачно. 10 июня 1798 г. французы захватили о. Мальту и объявили его своим владением. Наполеон успел ввести здесь начальное образование, отменить инквизицию и рабов. В июле 35-тысячная армия Наполеона высадилась в Александрии. Вместе с армией в Египет прибыли ученые, исследователи, художники. Именно с этого времени ведет отсчет своего существования наука египтология. В битве у пирамид французы разгромили мамлюков, и Наполеон стал фактическим правителем Египта. С присущей ему мудростью он гарантировал сохранение исламских законов. Наполеон даже носил чалму и посещал мечеть, что вызвало восторг населения. Но после разгрома адмиралом Нельсоном французской эскадры при Абукире он решил двинуться на Сирию, чтобы отвоевать ее у турок, союзников англичан. Турецкая армия все в том же Абукире была разгромлена. Но тут до Наполеона дошли тревожные вести о поражениях французской армии в Европе от войск Второй коалиции. Действительно, положение Франции в этот момент было критическим, и Бонапарт, оставив армию на генерала Клебера, срочно отплыл на родину.