Оба судна были куплены в Англии за 17 тыс. фунтов (по тогдашнему курсу фунт примерно равнялся золотому рублю) и еще 5 тыс. фунтов пришлось заплатить за исправления и доводку кораблей - за этим лично проследил Лисянский. Он же по заданию правительства закупил в Лондоне необходимое навигационное оборудование и приборы для научных исследований. Команды же обоих шлюпов по настоянию Крузенштерна были набраны из российских матросов-добровольцсв. Хотя никто из них не имел опыта дальних плаваний (к тому времени русские корабли еще не опускались южнее Северного тропика), капитан все равно доверял им больше, чем иностранцам. Добровольцев было столько, что хватило бы на комплектование не одной, а нескольких экспедиций. Кроме того, в состав экспедиции были включены несколько русских и иностранных ученых и живописец из Академии художеств.
7 августа 1803 года "Надежда" и "Нева" снялись с якоря.
Сначала все шло по плану — если не считать возникшего сразу же по отплытии конфликта между Резановым и Крузенштерном. Кто был прав и кто виноват, сегодня восстановить крайне сложно. По одной версии, капитан нарушил субординацию и всячески третировал назначенного ему в начальники "сухопутную крысу". По противоположной — Резанов, обладавший, по отзывам современников, скверным характером, проявил себя не с лучшей стороны, мелочно вмешиваясь в то, что относилось к компетенции профессионалов-моряков. Как бы то ни было, дело дошло до бунта на борту, который, правда, быстро потушили. Но оба начальника окончательно разругались — Резанов удалился в свою каюту и не показывался на палубе до самого прибытия в Петропавловек-Камчатский. Там он потребовал от главы местной администрации учинить следствие, и если бы не публичное извинение Крузенштерна, еще неизвестно, чем бы завершилась первая русская "кругосветка".
После того как формальное примирение состоялось, начался самый ответственный политический этап экспедиции — посольство в Японию.
В конце сентября 1804 года "Надежда" отправилась в Нагасаки, где Резанов должен был склонить "самодержавнейшего государя обширнейшей империи Японска" (как писал в своем письме "небожителю" российский император) к установлению торговых и дипломатических отношений с Россией. Однако миссия его провалилась — Япония тогда пребывала в добровольной изоляции от всего мира, и чтобы вывести ее из этого состояния, потребовались иные методы и мореходы из иных стран (о том, как полвека спустя американский коммодор Мэтью Пери, используя военную эскадру как "двигатель торговли", "открыл" Японию для Запада, — разговор особый). Миссию Резанова, так и не принятую императором, продержали несколько месяцев взаперти, после чего довольно бесцеремонно выдворили из страны. Русским не позволили даже как следует пообщаться с простыми японцами — в то время в Стране восходящего солнца запреты на общение с иностранцами не уступали тем, которые век с лишним спустя установит у себя великий северный сосед империи...
Обескураженный таким афронтом посланник вернулся в Петропавловск, где окончательно распрощался со своим врагом Крузенштерном. Тот выполнил намеченный план и вместе с Лисянским завершил первую русскую кругосветную экспедицию, вернувшись в Кронштадт спустя ровно три года после отплытия. Собранный научный и этнографический материал с лихвой искупал дипломатическое фиаско, но, впрочем, для понимания того, что наука выше политики, чиновная Россия и спустя два века не дорастет.
А Резанов, распрощавшись с дипломатическими обязанностями, приступил ко второй части собственной миссии — на торговом бриге "Мария" отплыл на Аляску. В конце августа 1805 года корабль бросил якорь в порту Новоархангельска на острове Ситка, к тому времени главном центре русских владений в Южной Аляске. Там царский инспектор познакомился с основателем города и фактическим правителем Русской Америки купцом Александром Барановым, который продолжил после смерти Шелихова его дело.
Более всего русская колония нуждалась в продовольствии. В качестве первоочередной меры Резанов купил у заезжего американского коммерсанта парусник Juno ("Юнона") со всем его содержимым и безвозмездно передал его колонистам, а затем стал планировать с Барановым новое плавание — на сей раз на юг, в тогда еще неведомую для россиян Калифорнию. По слухам, те края были сказочно богаты дичью, пахотными землями и райскими плодами — недаром на калифорнийское побережье вожделенно посматривали и жители молодых и тогда еще относительно слабых Соединенных Штатов. Однако к описываемым временам подлинными хозяевами "дикой" Калифорнии оставались испанцы, державшие вооруженные гарнизоны в укрепленных фортах. А также, разумеется, коренные американцы — индейцы.