Перевес золота завершился, видимо, в конце сентября — начале октября и принес приятную неожиданность. По сведениям Омского отделения Госбанка, вес отправленного золота составлял 9043 пуда 1 фунт 39 золотников и 87 долей (округленно 9043 пуда). При перевесе во Владивостоке золота оказалось на 201,5 пуда больше! «Излишек» обнаружился в ящиках Московской конторы, прибывших в основном в мартовском эшелоне. В литературе неизменно приводится лишь общее число ящиков со слитками золота (напомним, один оказался с золотой монетой), высланных в марте во Владивосток, — 1236. Между тем в состав этой «посылки» входили 367 ящиков Казанского отделения, причем в прилагаемой ведомости были точно указаны номера ящиков и слитков, вес лигатурный и чистого золота, проба и стоимость; 388 ящиков Московской конторы и 481 ящик Монетного двора. «Сопроводительными документами» к ценностям Монетного двора служили надписи на крышках ящиков, «каковые крышки» предписывалось сохранить в помещении архива. Вес, пробу и стоимость слитков в ящиках Московской конторы сотрудникам Владивостокского отделения предлагалось «определять самостоятельно».
Слитки Московской конторы оценивались в 5 руб. 45 коп. за золотник. Следовательно, стоимость 201,5 пуда золота составила 4 216 992 руб., а стоимость золота, доставленного во Владивосток, — 195 116 643 руб. 50 коп. Из этой суммы следует вычесть пропавшие при транспортировке из Омска в июле 25 зол. руб. (пять пятирублевых монет, выпавших из промокших и разорвавшихся мешков) и 2300 германских марок (115 золотых кружков стоимостью около 1070 зол. руб.), которых не досчитались в составе сентябрьской партии. В последнем случае речь шла о хищении: вещевой мешок, в котором перевозилась монета, был разрезан ножом. Где это случилось, в Омске или уже во Владивостоке, установить не удалось.
Позднее — уже во время стремительного разложения колчаковского режима — были зафиксированы еще два хищения. 31 октября 1919 года, когда золото готовили к эвакуации из Омска в связи с наступлением Красной армии, при перевозке из кладовой на вокзал пропал мешок с золотой монетой на сумму 60 тыс. руб. Мешки перевозили на телегах, и одна из них оказалась дырявой в прямом смысле этого слова. Через дыру в днище телеги мешок якобы падал трижды, после чего его перегрузили на последнюю телегу. И больше уже не видели. Воспользовались ли похитители удобным случаем или это был заранее разработанный кем-то план, неизвестно.
Наиболее крупное хищение произошло в ночь на 12 января 1920 года между станциями Зима и Тыреть, когда поезд Верховного правителя и следовавший с ним «золотой эшелон» безуспешно пытались пробиться на восток. Пломбы на одном из вагонов были срезаны, и исчезли 13 ящиков золота общей стоимостью 780 тыс. руб. Ответственность за охрану «золотого эшелона» несли чехословацкие части, и это породило слухи об их причастности к хищению. Правда, с вечера 11 января, когда дежурный чиновник Госбанка С. В. Колпаков осмотрел пломбы и удостоверился в их целости, и до утра 12 января, когда часовой Жуков и исполнявший обязанности директора Госбанка Н. С. Казарновский обнаружили неладное, на часах у злополучного вагона стояли солдаты из русской охраны. Причем стояли они именно с той стороны вагона, где оказались срезаны пломбы. Осмотр показал, что стены вагона, пол и потолок были в полной сохранности, и это дает основание полагать, что хищение произошло с участием часовых.
Правда, начальник охраны поезда капитан «чеховойск» Эмр, согласившийся в целом с актом о хищении, счел необходимым добавить, что проволока, на которой висели две срезанные пломбы, была тщательно замотана, а оставшаяся пломба производила исправное впечатление и «ее повреждение [было] обнаружено только после ее снятия щипцами». Также капитан отказался подтвердить, что «в сем вагоне было в свое время 200 ящиков» (12 января их оказалось 187), и воздержался от заключения о том, что «кража золота произошла в пределах ст. Зима-Тыреть». Смысл оговорок начальника охраны очевиден: он давал понять, что золото могло быть похищено ранее, а служащие Госбанка не заметили, что с пломбами не все в порядке.
Мотивы «особого мнения» капитана Эмра понятны: кто бы ни стоял на часах, ответственность в конечном счете нес именно он. Однако, учитывая то обстоятельство, что осмотр пломб производился в течение дня неоднократно, трудно предположить, что чиновники Госбанка не заметили отсутствия двух пломб из трех. Так что кража почти наверняка произошла именно в ночь с 11 на 12 января и, несомненно, при участии охраны.