Андрей Алексеевич Михайлов пришел сюда по приглашению Николая Борисовича Юсупова в апреле 1830 года спустя месяц после того, как к семье князя перешел особняк на Мойке, ранее принадлежавший графине Браницкой. Выбор Юсуповых пал на Михайлова второго не случайно. Он сделал проекты трех больниц столицы и Концертного зала, построил здание Комендантского управления. Вместе с Карлом Росси участвовал в строительстве Михайловского замка. Потом дома Корсаковых, Бобринских…
В короткий срок Андрей Алексеевич разработал проекты реконструкции здания и принялся его перестраивать в духе торжественного русского ампира. В главном помещении закрыл сквозной проезд через арку, а на его месте установил Парадную лестницу с мраморными ступенями. Лестницу архитектор украсил тройными «палладианскими» окнами. С западной и восточной сторон лестницы окна открывали вид на цветочные оранжереи, с южной — выходили во двор. По его рисункам была сделана и дубовая дверь с гербом владельцев.
На втором этаже дворца расположилась анфилада парадных помещений, выполненных в стиле классицизма. Она предназначалась для встреч высоких гостей. В одном конце анфилады разместилась Большая ротонда, белые мраморные стены которой гармонировали с ионической колоннадой из голубого мрамора и завершались куполом. Много времени отнял Танцевальный зал четырехугольной формы, украшенный пилястрами ионического ордера. Пришлось немало поработать в Банкетном зале, занимавшем два этажа и перекрытом ложным полуциркульным сводом, опирающимся на мощный антаблемент. По периметру его были поставлены колонны коринфского ордера из белого искусственного мрамора, а на длинной противоположной окнам стене расположена апсида. Далее следовали Синяя и Красная гостиные с наборным паркетом из ценных древесных пород и беломраморными каминами.
Для росписи плафонов дворца Андрей Алексеевич пригласил лучших художников-декораторов — Джованни Батиста Скотти, Антонио Виги, Пьетро Скотти, Барнаба Медичи и Фридолино Торичелли, ранее расписавших плафон Колонного зала Горного корпуса, Елагин дворец, Михайловский замок, интерьеры Зимнего дворца. Позднее, по совету ректора академии Шебуева, он взял во дворец и молодого русского художника Алексея Травина.
Перебирая бумаги, Михайлов пытался сосредоточиться на росписях плафонов. Точнее, на недостатках. Он достал записи, в которых были замечания по сцене из «Илиады» Гомера — большого плафона в К расной гостиной, где работали Пьетро Скотти и Барнаба Медичи. Было о чем поговорить с Алексеем Травиным, завершающим купол Большой ротонды, накопились предложения к Фридолино Торичелли в оформлении Банкетного зала. Начал было уже читать текст с карандашом в руках, но отстранился от него и положил на стол. В его ушах опять грохотал гневный голос императора.
Скандал, разразившийся на выставке работ выпускников и профессоров Академии художеств, никакого отношения к дворцу Юсупова не имел. Император Николай Первый обвинил в низком качестве представленных работ и студентов и профессоров. Имени Михайлова он не произносил. Но по тому, как посмотрел на него, когда поименно перечислял виновных, Андрей Алексеевич почувствовал: о нем он тоже вскоре вспомнит.
Однако время шло, а его никуда не приглашали. Михайлов понимал — сейчас не до него. Император разбирается с художниками, работавшими в Троицко-Измайловском соборе.
Вспомнился разговор у старшего ректора Академии художеств Василия Козьмича Шебуева. Он тогда рассказывал о художнике Травине, его работе по оформлению интерьера собора и, между прочим, с опаскою вспомнил о подрядах, которые заключили профессор Алексей Егорович Егоров, бывший профессор Александр Иванович Иванов, академик Василий Кондратьевич Сазонов и он — Шебуев.
Накануне праздника Святой Троицы, 25 мая 1835 года, состоялось торжественное освящение собора. В седьмом часу вечера император с императрицей и цесаревичем Александром осмотрели церковь. Император остался недоволен написанными иконами. Позже все узнали о его решении возвратить образа художникам, их написавшим, истребовать от них полученные задатки и записать в протокол Академии художеств сей случай; образа же отдать написать другим художникам. В бумаге, присланной президенту Академии художеств Алексею Николаевичу Оленину было сказано об одном образе Николая Чудотворца работы господина Егорова, который только есть довольно сносный.
Дальше последовало неслыханное дело: Строительная компания вознамерилась по указанию государя взыскать выданные ранее деньги с исполнителей заказов. И это при том, что само исполнение картин требовало больших затрат и материалов — красок, холстов, кистей, реквизита и оплаты натурщикам. Особо переживал Шебуев. В 1810-е годы он был учителем рисования у великого князя Николая Павловича. Теперь такой удар от своего ученика!