На деле же условия заключенного 9 июля 1807 года Тильзитского мира оказались для Пруссии крайне жесткими. Страна потеряла половину своей территории вместе с населением — все земли западнее Эльбы и доже польские владения. Французская оккупационная армия стояла на довольствии Пруссии, а контрибуционные выплаты в размере 400 млн талеров существенно превышали возможности страны. Но все-таки Пруссия не исчезла как страна, во многом благодаря ходатайству русского императора, очень заинтересованного в наличии так называемого буферного государства между своей империей и Наполеоном.
После заключения столь оскорбительного мира Луиза видела свою главную задачу в том, чтобы всячески ободрить короля, который в приступах отчаяния часто говорил об отречении. Это было сложно, так как королева и сама металась от уныния к надежде.
Луиза сильно тосковала по общению в Берлине и плохо переносила суровый климат Восточной Пруссии. Она страдала от частых простуд, сопровождавшихся жаром, головными болями и удушьями.
Сначала королю Пруссии и его семье отказали в их желании вернуться в Берлин. Фридрих Вильгельм III правил только в сохранившейся малой части своей страны из Кенигсберга. Барон фон Штейн реализовал первые, не терпевшие отлагательства, реформы: в 1807 году он освободил крестьян, в 1808 году — ввел городскую реформу. Королева Луиза практически не участвовала в этих нововведениях. У нее было очень мало общего с резким и предприимчивым Штейном.
Штейн, который наполовину сократил содержание как себе, так и своим чиновникам, требовал серьезной экономии и от королевского бюджета. Все, от чего можно было отказаться, вплоть до украшений и драгоценностей королевы, было продано. Зимой 1808–1809 годов королевская семья на протяжении 8 недель по приглашению российского императора гостила в Санкт-Петербурге. Луиза в это время наслаждалась балами, ужинами и другими веселыми публичными мероприятиями в резиденции российского императора. Однако она не могла не видеть яркого контраста со своей собственной плачевной ситуацией. К тому же встречи с императором Александром I проходили в достаточно прохладной атмосфере по сравнению с прежними временами.
После разрешения Наполеона вернуться в Берлин королевская чета 23 декабря 1809 года прибыла в столицу. Прием берлинцев был очень сердечным, как при прибытии короля и королевы во дворец, так и во время их вечерней прогулки по празднично освещенному городу. За возвращением последовало несколько приемов и торжественных обедов, оперных постановок и театральных представлений. Но политическое положение было по-прежнему мрачным.
От посещения Бад-Пирмонта, которое было запланировано на лето для поправки здоровья королевы Луизы, пришлось отказаться. На это были как финансовые, так и политические причины: на тот момент Пруссия фактически была банкротом, а в Пирмонте в то время жили два брата Наполеона Бонапарта. Вместо этой поездки было принято решение ехать в Нойштрелиц, где Мекленбург-Стрелицем с 1794 года правил отец Луизы. Ее дармштадтская бабушка также проживала вместе с ним. Графиня Фос, которой было уже хорошо за восемьдесят, тоже отправилась на эту экскурсию.
В 20-х числах июня 1810 года Луиза приехала в Нойштрелиц, а ее супруг Фридрих Вильгельм должен был прибыть немного позже. После краткого пребывания в городской резиденции было принято решение ехать во дворец Хоэнцириц, летний дворец герцога. А запланированная на 30 июня 1810 года поездка в Райнсбер так и не состоялась, поскольку Луиза слегла с жаром и осталась в постели. Местный врач сразу же диагностировал воспаление легких, сказав при этом, что жизни королевы оно не угрожает.
Немедленно вызванный из Берлина личный врач короля Фридриха Эрнст Людвиг Гейм также не обнаружил каких-либо серьезных поводов для беспокойства. 16 июля был проведен еще один консилиум, так как к этому времени состояние королевы ухудшилось — начались приступы удушья и нарушение кровообращения.
Графиня Фос курьером уведомила короля о возникшей ситуации, и 19 июля 1810 года он вместе с двумя старшими сыновьями прибыл в Хоэнцириц. Спустя четыре часа после их приезда Луиза умерла.
При вскрытии тела королевы Луизы выяснилось, что одна половина ее легкого была полностью разрушена, к тому же врачи нашли большую опухоль. Графиня Фос написала в своем дневнике: «Врачи говорят, что полип в сердце был следствием большого и продолжительного горя». Разрыв сердца — таков был народный вердикт.
Тело королевы Луизы, которое сопровождало большое количество народа, было перевезено в Берлин и на три дня выставлено в городском дворце для прощания. Похороны королевы состоялись 30 июля в Берлинском соборе. Спустя пять месяцев, 23 декабря 1810 года, Луиза Мекленбург-Стрелицкая обрела последнее пристанище в мавзолее в парке Шарлоттенбургского дворца, который Генрих Генц возвел при участии Карла Фридриха Шинкеля.