Увы, столь прекрасное начало имело трагический конец, и дело было даже не в аварии в машинном отделении, когда из-за разрыва паровой трубы «Изумруд» был вынужден сбавить ход. Недаром Новиков-Прибой назвал главу, посвященную прорыву «Изумруда», «Перед врагами герой, а на свободе растерялся». Изначально планируя прибыть во Владивосток, командир изменил свое решение, опасаясь, что подходы к городу-крепости могут быть заминированы. «Изумруд» ночью 17 мая прибыл к бухте Святого Владимира. Ферзен решил перейти в бухту Святой Ольги, но вновь передумал, зашел в бухту Святого Владимира, и на 15 узлах крейсер с размаху угодил на камни с сильным креном в 40–50 градусов. «Изумруд» сел крепко, но днище не пробил, поэтому его можно было спасти, дождавшись прилива и вызвав из Владивостока помощь. Но, видимо, для людей, переживших весь ужас Цусимы, когда наши броненосцы переворачивались один за другим, уходя на дно, как объятые пламенем черные гробы, уносящие с собой по 900 человеческих жизней, это было уже слишком. Опасаясь прибытия японцев, Ферзен отдал приказ взорвать крейсер, перед этим уничтожив все ценное. Ему подчинились не то что беспрекословно (хотя теоретически могли бы арестовать и отменить приказ), а с энтузиазмом. Новиков-Прибой характеризует это как острый психоз: «На крейсере поднялась необычная суматоха. Все, что можно было раскрепить и снять, полетело за борт, а то, что не тонуло и поддавалось огню, жгли в топках. В бухте утопили все мелкие пушки, замки с более крупных орудий и часть пулеметов. Разбивали молотками вспомогательные механизмы, компасы, штурвалы, приборы управления огнем… Железный корпус судна стонал от грохота и человеческих выкриков. Такого аврала «Изумруд» не испытывал со дня своего рождения. Если бы на это посмотреть со стороны, то непременно пришлось бы сделать заключение, что у всего экипажа острый психоз…» Потом, когда была заложена взрывчатка, а команда эвакуирована, «раздался взрыв в носовом патронном погребе. Поднялся столб дыма. Когда он рассеялся, люди увидели свой корабль, как казалось издали, целым и невредимым. Следующим взрывом оторвало всю корму. Громадное пламя, разбрасывая в разные стороны куски железа и обломки дерева, высоко подняло к небу черное облако. Раскатистым эхом откликнулись горы. Содрогнулись моряки, словно лишились не судна, а близкого друга, не раз спасавшего их жизни. Три с половиной сотни пар человеческих глаз смотрели туда, где вместо красавца «Изумруда» чадил на камнях изуродованный скелет корабля. На нем догорали остатки деревянных частей. Он все еще продолжал осыпать бухту стальным дождем крупных и мелких осколков. Это рвались снаряды, до которых добирался огонь».
Из телеграммы Ферзена царю: «Будучи… отрезанным от эскадры и не имея возможности соединиться, решился прорваться во Владивосток и дал полный ход, чтобы уйти от начавших погоню неприятельских крейсеров. Рассчитывая встретить неприятельские крейсера при изменении курса на Владивосток и при неимении к тому времени и угля, взял курс на бухту Владимир, куда и пришёл ночью с 16-го на 17-е… При входе, вследствие мглы, в 1 час 30 минут ночи выскочил всем корпусом крейсера на камни. Имея угля только 10 тонн и не видя возможности снять крейсер, свёз команду на берег и, чтобы крейсер не достался в руки врагов, взорвал его. Ранено в бою 6 нижних чинов; офицеры и остальная команда здоровы».