Тем временем президент Рузвельт, опасаясь за жизнь своего самого старшего и опытного офицера, приказал генералу Дугласу Макартуру покинуть Филиппины. Макартур, не желая покидать осажденные и голодающие войска, задержался до И марта, улетев ночью с Коррехидора на гидросамолете. С Минандао он отправился на бомбардировщике В-19 в Австралию, где заявил: «Как я понимаю, президент Соединенных Штатов приказал мне прорваться через линию фронта и вылететь с Коррехидора в Австралию с целью организации американского наступления против Японии, первой целью которого станет освобождение Филиппин. Я прорвался, и я еще вернусь».
Генерал ошибался, полагая, что ему предстоит стать единственным организатором наступления союзников на тихоокеанском театре военных действий. Ожидая его прибытия в Австралию, представители союзного командования заново разделили зоны ответственности и назначили новых командующих. Все это было указано в директивах, посланных 30 марта адмиралу Нимицу и генералу Макартуру.
Генерал Макартур был назначен верховным главнокомандующим союзными силами в Юго-западной тихоокеанской зоне, включающей Австралию, Соломоновы острова, острова Бисмарка, Новую Гвинею и Филиппины. Адмирал Нимиц стал главнокомандующим Тихоокеанской зоны, включающей всю оставшуюся часть Тихого океана за исключением судоходного коридора вдоль берегов Южной и Центральной Америки. Он получил под командование все американские и союзные силы в этой зоне — сухопутные, морские и воздушные. Поскольку же командующий Тихоокеанским флотом подчинялся главнокомандующему ТОЗ, а Нимиц сохранил обе должности, то он в каком-то смысле стал сам себе командиром.
Комитет начальников штабов постановил, что Тихоокеанский флот должен остаться под контролем Нимица, даже если по стратегическим соображениям ему потребуется войти в юго-западную зону Макартура. Однако для того, чтобы Макартур в меньшей степени зависел от Тихоокеанского флота, генералу была придана большая часть Ударного отряда ANZAC в качестве ядра его будущего собственного флота.
Из-за своего размера Тихоокеанская зона была разделена на Северную (севернее 42° северной широты), Центральную (от 42° до экватора) и Южную (южнее экватора), а сокращение ТОЗ отныне стало расшифровываться во множественном числе — как Тихоокеанские зоны. Поскольку и японцы, и американцы планировали наступательные операции на юге, в Южной зоне потребовался общий командующий, подчиненный ГКТОЗ. Таким командующим Нимиц сделал адмирала Пая.
Будучи до войны командиром линкора, Пай относился к авианосцам как к вспомогательным кораблям. Кроме того, неудача экспедиции по снятию осады с Уэйка легла пятном на его репутацию. Однако адмирал имел быстрый и гибкий интеллект; он умел видеть свои ошибки и соответственно перестраивать мышление. Он постоянно рос в глазах Нимица. Тот назначил Пая командующим отрядом прикрытия, чтобы адмирал не утратил командных навыков, но вскоре стал считать его достаточно квалифицированным для должности с еще большей ответственностью в войне нового типа, которая постепенно разворачивалась на Тихом океане.
Адмирал Кинг, очевидно, мыслил иначе. Он имел склонность назначать человека на какую-либо должность раз и навсегда. И он оставил Пая, опытного офицера с линкора, командовать линкорами. А командующим Южной зоной назначил вице-адмирала Роберта Л. Гормли. И этот выбор стал одним из наименее удачных решений Кинга. Как выяснилось, Гормли, человек с многосторонним опытом и чрезвычайно умный, не умел предотвращать военные кризисы или справляться с ними, когда они наступали.
В унаследованном штабе Нимица лишь немногие офицеры не смогли справиться со своими обязанностями. Со временем он перевел их на другие должности, но до тех пор не мог распределить обязанности и властные полномочия так, как ему бы хотелось. Ведь он, главнокомандующий, должен был заниматься только тем, чего не мог сделать никто другой. Однако к весне 1942 года Нимиц сумел настолько «расчистить палубу», что даже иногда находил время для игры в теннис. Неподалеку от своего дома он попросил оборудовать площадку, где мог погонять мячик и сбросить напряжение после трудного дня. С помощью даже столь ограниченных физических упражнений он постепенно одолел не характерную для него бессонницу, изводившую его со дня прибытия в Перл-Харбор.
В то время в одном доме с Нимицем жили его начальник штаба адмирал Дремель и хирург флота кэптен Эльфеж Альфред М. Гендро. Почти каждый вечер за обедом у них были гости, но для Нимица подобное общение не просто являлось способом снять напряжение. Второй его целью было желание общаться с подчиненными в неформальной атмосфере, а также сводить вместе и лучше узнавать других командиров. «Я делаю все, что в моих силах, — писал он жене, — чтобы собирать у себя командиров разных подразделений».