Расхождение во взглядах между США и Пакистаном стало более очевидным после вывода советских войск. Зия и глава ISI генерал Ахтар погибли вместе с Арни Рафелем, послом США в Пакистане, в результате остающегося до сих пор необъяснимым взрыва самолета, произошедшего 17 августа 1988 г. Перед смертью Зия изложил свои планы в отношении постсоветского Афганистана: это будет исламское государство, возможно, даже объединенное с Пакистаном, которое расширится в советскую Центральную Азию или даже поглотит ее. Главным инструментом пакистанской армии для достижения этой цели была партия Хекматияра «Хизб-и ислами».
Однако у США, которые к тому времени накопили информацию лучшего качества, появились сомнения по поводу некоторых групп, которые поддерживал Пакистан. Хекматияр, например, считался ответственным за многочисленные убийства либеральных и националистически настроенных афганских интеллектуалов в Пакистане. Самым печально известным убийством была расправа с Бахауддином Маджрухом, известным поэтом, ученым и писателем, основавшим философский факультет Кабульского университета. В Пешаваре он публиковал «Ежемесячный информационный бюллетень Афганского информационного центра», бесценный ресурс для всех, кто следил за конфликтом. В этом информационном бюллетене освещались действия, как гражданские, так и военные, не партийных лидеров в Пешаваре, а командиров на местах. После вывода советских войск Маджрух провел в лагерях беженцев неофициальный опрос старейшин, который выявил, что последние в подавляющем большинстве стоят за возвращение Захир-шаха, а не за руководство, возглавляемое какой-либо из исламистских партий, поддерживаемых Пакистаном. И, вероятно, именно по этой причине он был застрелен в своем доме в шестидесятый день рождения, 11 февраля 1988 г.
Публикация Маджруха отразила растущую среди сторонников сопротивления тенденцию полагать, что будущее Афганистана будет зависеть от полевых командиров на местах, а не от признанных Пакистаном лидеров в Пешаваре. Французский ученый Оливье Руа отстаивал этот тезис в своей заметной книге «Ислам и сопротивление в Афганистане». США отклонились от пакистанской линии в отношении моджахедов в 1989 г., когда решили, что американские фонды больше не будут поддерживать «экстремистов», к которым отнесли Хекматияра и Сайяфа. ЦРУ также начало оказывать прямую поддержку примерно десяти полевым командирам, которых оно назвало «независимыми». Показательно, что ЦРУ пыталось скрыть эти отношения от ISI.
США, Пакистан и даже советское руководство считали, что вскоре после окончания вывода советских войск, произошедшего 15 февраля 1989 года, Наджибулла, скорее всего, падет. Саудовская Аравия финансировала «шуру», созванную семью партиями в феврале 1989 г. в отеле в Равалпинди, чтобы выбрать временное правительство. Открытый дележ саудовских денег во время этой встречи вызвал негативную реакцию. Это было также первое публичное собрание, на котором конфликт между пуштунскими командирами с юга и таджикскими командирами с севера нашел открытое выражение. Разделенная шура нашла традиционное решение, согласившись избрать откровенно слабого лидера, и Моджаддеди стал временным президентом, не имеющим реальной власти.
После смерти Зия пакистанская армия предпочла частичное восстановление гражданского правления и под давлением США позволила лидеру Пакистанской народной партии Беназир Бхутто вернуться из изгнания. ПНП получила контроль над парламентом, и Бхутто стала премьер-министром. Политика в отношении Афганистана, однако, не была ее приоритетом и осталась под контролем ISI, возглавляемой теперь генерал-лейтенантом Хамидом Гулем. Гуль разработал план скоординированного нападения на Джелалабад силами моджахедов при поддержке ISI и арабских боевиков. Он пообещал, что город падет в течение нескольких дней. Затем моджахеды сопроводят Временное исламское правительство Афганистана в Джелалабад, где оно сможет поднять свой флаг на афганской земле и основать временную столицу. Гуль заручился поддержкой премьер-министра Бхутто и американского посла Роберта Оукли.
Вместо этого битва за Джелалабад превратилась в кульминационный момент карьеры Наджибуллы. Он сплотил свои хорошо обученные и обеспеченные силы безопасности, при столкновении с которыми тактические, материально-технические и политические слабости моджахедов стали очевидны. Врожденный дефект, заключающийся в том, что они были структурированы как разрозненная группа повстанческих отрядов, делал их координацию невозможной. Полевые командиры начали добиваться перемирия с правительством, предусмотренного политикой национального примирения Наджибуллы. Бхутто уволила Хамида Гуля в мае 1989 г., покусившись на то, что армия считала своей исключительной прерогативой, в результате чего пакистанский истеблишмент отстранил ее от должности в результате сфальсифицированных выборов 1990 г.