Раскопки XIX в. показали, что фрагментарные руины акрополя Архаического и Эллинистического периодов размещались на доисторических постройках, отражающих не менее 10 последовательных этапов строительства и соответствующих им археологических слоев.
Первые археологически документированное свидетельство существования поселения в Колонне (рядом с современным Эгинио) восходит к концу неолита (IV тыс. до н. э., город I). В эпоху ранней бронзы (III тыс. до н. э., города II и III) неолитические хижины сменились внушительными домами. Однако наиболее впечатляющие сооружения появились здесь позднее – укрепленный "внутренний город" раннего и среднего бронзового века (конец III тыс. – 1600 г. до н. э., город V). Расширения поселения к востоку, появление "внешнего" города и его укрепление, свидетельствует о продолжении процветания Колонны и увеличении численности населения вплоть до раннего Микенский периода (конец 16-15 вв. до н. э.). В этот период в центре города образуется монументальное здание. Его центральное расположение, размер и строительная техника подчеркивают уникальную важность этого здания. По найденной на холме керамике здание датируется поздним Микенским периодом. Как и другие постройки, это здание было разрушено в конце Микенского периода.
В середине Бронзового века наблюдается строительство крепостных стен вокруг города и образование так называемого "внутреннего города" с дополнительным кольцом укреплений. О том, что город находился в относительное безопасности, говорит его дальнейшее расширение – микенские здания на северо-востоке от городской стены – "внешний город" (Колонна VIII-Х). Здесь хорошо сохранилась часть стены и ворот с "циклопической" кладкой, открытый двор, откуда осуществлялся вход в ряд помещений.
Определенный упадок Колонна испытывает в первой половине 14 в. до н.э. в связи с усилением влияния Микен и поглощением Микенской цивилизацией всего региона Саронического залива. Подчинение Колонны могло быть вполне мирным, поскольку торговля с Кипром и юго-восточной частью Эгеиды оставалась достаточно интенсивной.
Возобновление поселения после общей для Микенского мира катастрофы "дворцовой цивилизации" относится к концу 10 в. до н. э., что подтверждается найденным здесь захоронением ребенка Протогеометрического периода. Во время Геометрического периода были заложены основания святилища Аполлона, которое позже привлекло богатые посвятительные дары. Святилище действовало вплоть до Римского периода.
У западной стороны храма можно видеть памятник Атталидов, который датируется 210 г. до н. э., когда на острове правила пергамская царская династия. В Римский период эти святилища были уничтожены. В Византийскую эпоху на этой территории стояла крепость (найдены укрепления XI в.).
Древние Колонны представляют собой руины разных периодов от Бронзового века до Римского периода. Также есть несколько византийских построек. Все это сильно перепутано многократными перестройками, затрудняющими датировку размещенных здесь строений. Среди руин условно идентифицируются сильно поврежденные строения – гробница Фока, храм Аякса и небольшой храм Артемиды.
Остатки древнего города размещены у моря. Здесь был расположен торговый порт – в том же месте, где и современная гавань. А к северу от него под водой были обнаружены руины "тайного порта", который использовался для военных целей, а теперь служит пляжем.
В конце VI в. город переместился в другой населенный пункт, основанный беженцами из Коринфа, спасавшимися на Эгине от вторжения славянских племен. Этот город существовал до IХ в. От этого периода сохранились руины комплекса жилых домов на южном склоне холма, большое количество водоемов, среди которых – цистерна в центре храма, который был построен из материалов, оставшихся от более ранних построек.
Музей разделен на восемь комнат, каждая из которых посвящена артефактам определенной исторической эпохи. Представлены несколько реконструкций города бронзового века, множество керамических изделий из микенской эпохи.