В качестве рыбоводных емкостей используют небольшие круглые или квадратные бассейны, бассейны-силосы с гладким внутренним покрытием. Их производят обычно из органического стекла, пластмассы или листового металлы. Бассейны располагают под крышей для удобства эксплуатации. Каждая емкость имеет самостоятельный подвод воды, при необходимости также кислорода и воздуха, а дренажная система может быть общей. Круглые и квадратные бассейны имеют преимущество перед вытянутыми прямоугольными, так как в них отсутствуют слабоомываемые водой зоны, которые образуются в углах, где скапливаются продукты метаболизма и несъеденный корм, вызывающие ухудшение среды и, как следствие, снижение темпа роста рыбы. В круглых и квадратных бассейнах, а также бассейнах-силосах твердые вещества собираются в центре или специальном конусовидном приемнике, откуда легко удаляются с помощью дренажной трубы.
В круглых и квадратных бассейнах поддерживается круговое течение определенной скорости, обеспечивающее равномерное распределение кислорода и самоочистку. Круговое движение воды способствует правильной ориентации и активному плаванию культивируемых объектов. Расход воды регулируют специальными кранами.
В большинстве замкнутых систем выходящая из бассейнов вода попадает в первичный отстойник. Вода должна поступать и выходить из отстойника вблизи поверхности, чтобы оседающие примеси не поступали в воду. Вода поступает вблизи поверхности, а вытекает по периферии, обеспечивая максимальное время пребывания воды в отстойнике. Вместимость отстойника должна быть достаточной для того, чтобы уменьшить скорость потока. В дне отстойника располагается отверстие для удаления взвеси. Удалять из поступающей воды взвешенные вещества можно также с помощью механической фильтрации. Особенно широкое распространение получили песчаные и гравийные фильтры. Хорошие результаты дают и диатомовые фильтры, но они быстро засоряются из-за малого размера пор диатомового наполнителя. Правильно отрегулированный механический фильтр может эффективно задерживать взвешенные вещества, но не в состоянии удалять растворенные продукты обмена. Удаление таких веществ — главная задача блока очистки.
Принцип действия блока очистки, его конструктивные особенности, зависят от положенного в его основу метода очистки. Большинство применяемых методов делятся на 4 группы: физические, химические, физико-химические и биологические. Наиболее эффективным являются биологический метод с использованием биологических фильтров и аэротенок. В них очистка воды осуществляется с помощью прикрепленных к наполнителю микроорганизмов в виде биопленки и взвешенного активного ила. Основным недостатком является их большие габариты. Для нормальной работы установки их объем должен превышать объем рыбоводных емкостей в 7-10 раз. Среди биофильтров получили распространение следующие типы: капельные, погруженные, вертикальные и с вращающимися дисками. В капельных биофильтрах вода поступает сверху и под действием силы тяжести проходит через биофильтр со скоростью, не позволяющей покрывать наполнитель, но все внутренние части фильтра остаются постоянно смоченными. Крупные капельные фильтры оборудованы вращающимися устройствами, которые равномерно распределяют воду над наполнителем (гравий, ракушечник). Капельные биофильтры могут размещаться в несколько ярусов (полочный биофильтр).
Погруженные биофильтры по конструкции сходны с фильтрами грубой очистки, но в них есть среда, на которой развиваются бактерии. Вода входит с одного конца фильтра, проходит через наполнитель и выходит с противоположного конца.
В вертикальных фильтрах вода поступает в нижнюю часть, проходит вверх через наполнитель и выходит из верхней части. В этот фильтр может быть встроен фильтр грубой очистки, который располагается ниже уровня поступления воды.
Во всех биофильтрах происходит накапливание накапливанию взвешенного вещества по мере того, как масса бактерий отделяется от стенок и наполнителя. В связи с этим в днище фильтра устраивают сливной клапан, через который по мере необходимости удаляется накопившийся осадок. В фильтре с вращающимися дисками наполнитель перемещается через воду, в то время как в погруженных, капельных и вертикальных фильтрах он неподвижен.