В конце 1862 г. испанская королева одобрила посылку так называемой научной экспедиции в латиноамериканские воды. Командовал экспедицией контр- адмирал Луис Эрнандес Пинсон - прямой потомок того самого Пинсона, что участвовал в исторической экспедиции Христофора Колумба по открытию Нового Света. В состав экспедиции вошла пара новейших паровых винтовых фрегатов "Нуэстра Сеньора Дель Триунфо" (далее "Триунфо") и "Ресолусион", паровая винтовая шхуна "Вирхен де Ковадонга" (далее "Ковадонга"). Одной из официальных целей экспедиции было налаживание дружественных отношений между Испанией и странами Латинской Америки.
18 апреля 1863 г. испанские корабли достигли Вальпараисо. В чилийских водах они были приняты доброжелательно: Испания признала независимость Чили в 1840-х годах, между двумя странами были налажены дипломатические отношения. Но в июле 1863 г. в Перу начались проблемы. Испания не имела дипломатических отношений с Перу, так как не признала фактическую независимость своей бывшей колонии с 1821 г. Между местным населением и испанскими поселенцами постоянно вспыхивали земельные конфликты. 2 августа в северной гасиенде Таламбо в результате стычки между басками и перуанцами один подданный испанской короны был убит и четверо ранены.
Получив информацию об инциденте на пути в Сан-Франциско, Пинсон развернул свои корабли и вернулся в Перу. Испанский командир попытался вмешаться в расследование произошедших событий, что было расценено перуанцами как вмешательство во внутренние дела независимого государства. Однако Мадрид поддержал своего офицера, а также потребовал урегулировать проблемы погашения долгов Перу перед Испанией, порожденных войной за независимость. Для переговоров из Испании был направлен специальный посланник Саласар-и-Масаредо, которого испанцы в официальных дипломатических документах именовали Специальным Королевским уполномоченным, что, по сути, было чином колониального администратора. Перуанцы посчитали подобное оскорблением их независимости и дали понять, что желают иметь дело с послом Испании в суверенном государстве Перу. Тем не менее, Масаредо прибыл в Перу в марте 1864 г., но его переговоры с перуанским министром иностранных дел Хуаном Рибейро не увенчались успехом.
14 апреля 1864 г. испанская эскадра двинулась из Кальяо к перуанским островам Чинча, которые являлись главным мировым источником гуано. Маленький перуанский гарнизон был вынужден сдаться и 400 испанских морских пехотинцев захватили острова.
Чтобы понять важность архипелага Чинча для Перу следует иметь в виду, что от 60% до 80% доходов бюджета страны составляли пошлины от продажи гуано в Европу и США. Испания захватила острова в надежде получить уступки от перуанцев в переговорах, а один из испанских министров даже предложил выменять их у Великобритании на Гибралтар. Такая идея проистекала из того, что основным покупателем перуанского гуано как раз были британцы.
Кроме того, испанцы блокировали самый важный и крупный перуанский порт Кальяо, что привело Перу в состояние суматохи и возмущения. Новое испанское правительство Хосе Марии Нарваеза первоначально не одобрило действий Пинсона и Саласара, но чтобы не выглядеть смешным в глазах мировой общественности, послало усиление для эскадры Пинсона, заодно заменив последнего более способным, на взгляд Нарваеза, контр-адмиралом Хуаном Мануэлем Парехой, прежним военно-морским министром, который, по совпадению, родился в Перу. Его отец, армейский офицер, погиб в войне за независимость, и Пареха не мог простить этого перуанцам и прочим "мятежникам".
Адмирал Пареха прибыл в Перу в декабре 1864 г. и участвовал в интенсивных дипломатических переговорах с отставным генералом Мануэлем Игнасио де Виванко, специальным представителем перуанского президента. С прибытием адмирала испанская эскадра пополнилась броненосцем "Нумансия", фрегатами "Рейна Бланка" и "Вилья де Мадрид". Переговоры закончились 27 января 1865 г. предварительным соглашением, подписанным на борту "Вилья де Мадрид", однако большинство в перуанском парламенте отказалось утвердить этот договор, посчитав его оскорбительным для страны.