Уже 26 декабря 6 истребителей 3-й авиагруппы под командованием капитан-лейтенанта Кавадзоэ Тосидада атаковали гидроаэродром на озере Тондано у Менадо (остров Целебес), уничтожив там 5 голландских летающих лодок: 4 Do-24 морской авиации и 1 S-43B авиакомпании KNILM. Два дня спустя 7 А6М Кавадзоэ, ведомые С5М, атаковали аэродром Таракан (остров Борнео), где их пытались перехватить голландские истребители В-339 «Буффало». Японцы сбили три вражеских самолёта, а голландцам в отместку удалось незначительно повредить только один «Рэйсен».
Крупнейшей операция января 1942 г. для 3-й авиагруппы стало участие в комбинированной (морской и воздушной) десантной операции по захвату Менадо, начавшейся 11 января. 12 января, истребители из состава авиагруппы были отправлены из Давао к Менадо для прикрытия десантов с воздуха. Прикрытие оказалось очень кстати, поскольку в тот день две группы австралийских «Гудзонов» пытались атаковать корабли у Менадо. Одной группе (из 3 машин) удалось отбомбиться безнаказанно (но и безрезультатно), а вот во второй группе из 5 машин уцелела только одна - остальные были сбиты истребителями 3-й АГ с помощью гидросамолётов 11-й дивизии авианосцев (гидроавианосцы «Титосэ» и «Мидзухо»). При этом 1 А6М из-за нехватки топлива был вынужден пойти на вынужденную посадку на аэродроме Менадо.
После захвата Менадо туда была немедленно переброшена передовая группа 3-я АГ для обеспечения захвата другой важной базы Союзников в том регионе - острова Амбон. 15 и 16 января самолёты авиагруппы атаковали остров, сбив в воздухе 2 В-339 и 2 РВУ (кроме того, возможно, что 1 ранее повреждённый «Гудзон» был уничтожен ими на земле). На следующий день 5 американских бомбардировщиков были отправлены из Кендари бомбить залив Менадо и расположенный неподалёку аэродром Лангоан. Однако 3-я АГ была настороже, и никаких успехов американцы не добились, потеряв, вдобавок, 3 бомбардировщика (1 В-17 и 2 LB-30 (экспортная версия В-24)), повреждённые настолько, что их пришлось бросить после вынужденных посадок. Тем временем к 19 января 3-я авиагрупа закончила перебазирование на Менадо, увеличив количество А6М на аэродроме до 51, из них 41 машина была в полной боевой готовности.
В конце января 3-ю АГ перебросили в Кендари, откуда её «Рэйсены» действовали против Тимора и восточной Явы, где была сосредоточена почти вся авиация Союзников в Нидерландской Ост-Индии. И снова на завоевание господства в воздухе была брошена пара из 3-й АГ и АГ «Тайнан». 3 февраля 1942 г. 2 С5М повели 27 А6М из 3-й АГ под командованием капитан-лейтенанта Ёкояма на Сурабаю (главную военно-морскою базу Союзников) и аэродром Мадиун. Одновременно 17 А6М из состава авиагруппы «Тайнан» с 1 С5М в роли лидера пошли к аэродрому в Маланге. Под прикрытием истребителей эти цели должны были атаковать базовые ударные самолёты G3M из авиагрупп «Такао», «Каноя» и 1-й. Из-за нестыковки АГ «Такао» пошла к Сурабае без прикрытия истребителями и была атакована голландскими истребителями - но успехов они не добились. Несмотря на все усилия голландских и американских пилотов-истребителей, Союзная авиация понесла сокрушительные потери: в обмен на 5 сбитых японских самолётов (1 С5М из 3-й АГ, 3 А6М из 3-й АГ и 1 А6М из АГ «Тайнан») они потеряли в воздушных боях и при аварийных посадках 16 истребителей, 2 бомбардировщика В-17 и 3 летающих лодки, а ещё 4 В-17 и 13 летающих лодок и гидросамолётов были уничтожены на земле/воде. При этом 3-й авиагруппа снова «отличилась» богатством фантазии своих пилотов, заявив о 38 (33 - точно, 5 - вероятно) сбитых истребителях врага, а также 22 выведенных из строя летающих лодках и гидросамолётах (4 сбитых, 13 уничтоженных и 5 тяжело повреждённых на воде). Фактически из заслуги в тот день были гораздо скромнее, хотя всё равно, судя по всему, составили солидные 13 истребителей и 13 летающих лодок и гидросамолётов, уничтоженные в воздухе и на земле.
В течение первой половины февраля японские истребители (среди них и 3-я авиагруппа) продолжали «зачищать» от вражеских самолётов небо над Явой, участвуя в воздушных боях, штурмовках неприятельских аэродромов и прикрытии бомбардировщиков, также активно бомбивших неприятельские аэродромы. Кроме того, 3-я АГ участвовала в атаках на «перевалочные» аэродромы, которые использовались Союзниками для переброски своих самолётов из Австралии на Яву (например, атака 5 февраля аэродрома Денпассар на острове Бали, где лётчики 3- й АГ сбили 5 Р-40 без потерь со своей стороны) и в прикрытии конвоев, перевозивших десанты для захватов голландских баз, прикрывающих подступы к Яве (например, 9 февраля 3-я АГ прикрывала конвой с десантом для захвата Макассара на острове Целебес).