Новой авиагруппе пришлось действовать в сложных условиях. Плохая погода (туманы, ветра, штормы) сильно затрудняла не только действия авиации, но и базирование гидросамолётов. Вдобавок на островах к моменту прихода японцев почти полностью отсутствовала инфраструктура, что не могло не затруднять отдых личного состава и обслуживание самолётов. Вследствие этого подавляющее большинство потерь 5-й авиагруппы приходилось на небоевые потери.
Впрочем, небольшое количество боевых потерь вовсе не означало отсутствие внимания к Атту и Кыске со стороны противника. Прозевав высадку японцев (захват островов был обнаружен американцами только через 4 дня после высадки японских войск) американцы немедленно отправили на бомбёжку летающие лодки РВУ «Каталина», за которыми «подтянулись» тяжёлые бомбардировщики В-17 и В-24. Но тут плохая погода и отсутствие инфраструктуры для базирования американских истребителей прикрытия на Алеутских островах помогали уже японцам - большинство бомбёжек проводились при плохой погоде, с большой высоты и обычно были безрезультатными. Но американцы прилагали все усилия для исправления ситуации. 30 августа они высадились на острове Адак, и уже к 12 сентября там действовала взлётно-посадочная полоса.
Кроме того, 7 (8 по Токийскому времени) августа 1942 г. гавань и гидроаэродром на острове Кыска были обстреляны американским соединением надводных кораблей. При этом были уничтожены 1 самолёт 5-й АГ и 3 летающие лодки АГ «Токо».
Несмотря на все трудности, японские лётчики регулярно показывали, что их не зря отравили на Алеуты. Уже 8 июля 1942 г. гидроистребители провели свой первый перехват и даже заявили о сбитии одного В-24, но американцы его потерю не подтверждают. Безрезультатным был и перехват 4 В-24, бомбивших Кыску три дня спустя. Только 16 июля японским лётчикам точно улыбнулась удача: они сбили один В-17 группы из трех В-17 и семи В-24, отправленных на разведку и бомбёжку Кыски. Группа из 3 В-17 (из 36-й тяжёлой бомбардировочной эскадрильи) были перехвачена на высоте около 5000 метров над гаванью острова Кыска во время захода на боевой курс. Пилоты A6M2-N решили сконцентрироваться на головном бомбардировщике и добились успеха - с пылающим правым мотором машина рухнула в воду гавани Кыски (весь экипаж погиб).
Но относительная безнаказанность в борьбе с американскими бомбардировщиками для лётчиков 5-й авиагруппы продолжалась недолго: уже 4 августа 1942 г. над Алеутскими островами совершили свой первый вылет двухмоторные истребители Р-38 «Лайтнинг», обладавшие большим радиусом действия. Кстати, это также был первый боевой вылет машин этого типа с момента их создания, что говорило о том внимании, которое командование ВВС Армии США уделяло обеспечению превосходства в воздухе над этим стратегическим направлением. 8 августа 8 «Лайтнингов», прикрывавших 1 LB-30 и 3 В-24, появились и над Кыской, но до боя дело не дошло и даже бомбардировщики не смогли атаковать цель - скорее всего, из-за плохой погоды.
10 августа 8 американских бомбардировщиков (5 В-17, 3 В-24) смогли атаковать Кыску. Но в этот раз они были без истребительного эскорта, за что и поплатились: истребители 5-й АГ вместе с зенитчиками смогли сбить 1 В-24 (спасся только пилот).