бежал в район Переяслава, где против Директории уже действовали повстанческие атаманы Богунский и Грудницкий. У них он разжился двумя сотнями винтовок и пулеметом. Вскоре он объявился в Ржищеве, где вновь образованный ревком провозгласил Директорию вне закона. В начале февраля 1919 года в Триполье был созван уездный крестьянско-казачий съезд, который отказал в доверии Директории. Местные крестьяне пошли за Зеленым, не желая быть мобилизованными в армию Директории. Они не хотели воевать против Советов. Повстанцы Зеленого снова захватили Обухов и Триполье.
6 февраля Красная Армия захватила Киев. 7 февраля Зеленый атаковал петлюровцев на станции Васильков. 8 февраля 1919 года Зеленый предложил свое сотрудничество большевикам и вошел в состав украинской Красной Армии, где его дивизия стала именоваться 1-й Киевской советской дивизией. Командующий советскими войсками на Украине Владимир Антонов-Овсеенко вспоминал: «Зеленый – невысокого роста, крепкого телосложения, задумчивый». О своей встрече с ним Владимир Александрович писал: «Атаман стоял на том, чтобы его дивизии была гарантирована неприкосновенность. На это ему было твердо заявлено, что нельзя допускать существование других частей, кроме регулярных советских, и что части Зеленого должны быть отведены в тыл для переформирования. Зеленый не очень твердо ответил, что он должен переговорить со своими товарищами по командованию». Другие источники говорят, что Данило был брюнетом с русыми усами и крепкого телосложения. Его также называют «храбрым до отчаяния», вспыльчивым и неуравновешенным, и в то же время подчеркивают, что, в отличие от Махно, водки Зеленый не пил. И, в отличие от Махно, семьи Зеленый так и не создал.
1-я советская дивизия действовала на правах самостоятельного соединения, Зеленый по-прежнему именовался атаманом и сохранял выборность всего командного состава. Он также выдвинул требование создать на Украине коалиционное правительство с участием всех левых партий. Но его роман с большевиками длился не дольше, чем с Директорией. К концу февраля Антонов-Овсеенко забыл о данных обещаниях. Он потребовал переформировать и основательно почистить дивизию Зеленого и назначил в ее полки комиссаров. В ответ Зеленый уже с начала марта перестал исполнять приказы командующего. Большевики предъявили ультиматум с требованием немедленно влиться в состав регулярных частей. Тогда Зеленый предупредил, что его отряды в составе регулярных частей только «принесут большевикам немало забот». Представители большевиков доносили в центр: «Зеленый заявляет, что борется против московского засилия и имеет контакты с организациями полтавских полков».
После того как дивизию Зеленого попытались реорганизовать по образцу регулярных дивизий Красной Армии, с присылкой комиссаров и военспецов, атаман 20 марта 1919 года в Триполье поднял восстание, уничтожил комиссаров и продотряд. Он блокировал судоходство по Днепру и железную дорогу Черкассы – Киев. К 20 марта войска Директории, прорвав фронт у Житомира, неожиданно для большевистских лидеров приблизились к Киеву. Этот прорыв дал толчок для начала массового крестьянского восстания против коммунистов в селах Центральной Украины. К тому времени политика «военного коммунизма» озлобила крестьян. И они с энтузиазмом резали продармейцев, выгребавших у них хлеб.
Зеленый объявил себя «незалежным большевиком» и потребовал обуздать всевластие ЧК и комиссаров, отменить продразверстку, прекратить насильственное создание колхозов, организовать самостоятельную украинскую армию на основе его дивизии и обеспечить реальную независимость Советской Украины. Интересно, что Зеленый одним из первых выдвинул лозунг «Советы без коммунистов». Он объявил войну против «оккупационного правительства Раковского». В обращении к народу атаман писал: «Мы требуем следующее: Украина должна быть независимой! Власть в Украине должна быть из числа местных людей, украинцев (всех, живущих в Украине)».
20—21 марта на юге Киевской губернии Зеленый восстал против большевиков. Неделей ранее Зеленый посетил Переяслав, где тайно встретился с красным командиром «полтавских полков» – атаманом Антоном Богунским. Атаманы решили взять Киев и установить в Украине новую власть.
25 марта 1919 Совет народных комиссаров УССР объявил атамана Зеленого «вне закона» – как атамана, организовавшего «стаю грабителей и насильников, которые терроризируют мирное население, проводя расстрелы и человеконенавистническую пропаганду против евреев».