101-я авиационная эскадрилья в 1995 г. получила четыре двухместных поршневых учебно-тренировочных само- лета Z-242L (бортовые номера VAM-101 /Z3-DCM, VAM-102/Z3-DCN, VAM-103/Z3-DCO и VAM-104/Z3-DCP), закупленных в Чехии; все самолеты эксплуатировались еще в социалистической Чехословакии. Формально покупку этих самолетов можно было трактовать как нарушение эмбарго, поэтому македонские «Злины» не афишировались. Первая официальная демонстрация самолетов состоялась только 28 июля 1998 г. «Злины» использовались для первоначального обучения летчиков, поддерживания летных навыков, тренировок в полетах по маршрутам, высшем пилотаже, на групповую слетанность, а также для отработки основных элементов боевого маневрирования. Один «Злин» (VAM-101) разбился в обычном тренировочном полете 7 апреля 1999 г. из-за отказа двигателя, летчик остался в живых, получив ранения средней степени тяжести.
Покупка «Злинов» позволила командованию ВВС отказаться от лизинга тренировочных самолетов UTVA-75, которые вернули воздухоплавательному союзу. Эксплуатация единственного UTVA- 66 продолжалась до 2001 г., когда его передали в аэроклуб города Битола.
В 1995 г. Македония стала участницей НАТО-вской программы «Партерство ради мира», что формально давало македонским ВВС право принимать участие в учениях стран НАТО, но впервые македонская авиация приняла участие в международных учениях только в сентябре 2000 г. – учения «Кооператив Кью'2000» проходили в Румынии.
В 1996 г. ООН сняло запрет на поставки вооружений в Македонию и Словению. Первым делом «санитарные» вертолеты были перекрашены в трехцветный камуфляж, заодно убрали гражданские номера с вертолетов – осталась только военная регистрация: VAM-301, VAM- 302, VAM-303 и VAM- 304. Строго говоря, эти Ми-17 действительно являлись сугубо гражданскими машинами, не имевшими ни пулеметов, ни пилонов для подвески вооружения. В Македонии их использовали для транспортных перевозок, эвакуации больных и для борьбы с пожарами (вертолеты дооборудовали баками для воды производства канадской фирмы Бомбардье).
Снятие эмбарго привело к появлению многочисленных идей на тему закупки самолетов и вертолетов в третьих странах. В подавляющем большинстве случаев дальше деклараций о намерениях дело не пошло. К примеру, в 1996 г. командующий ВВС генерал Манолев анонсировал покупку в Чехии реактивных учеб- но-боевых самолетов L-59, но контракт подписан не был из-за отсутствия у Македонии необходимых средств. В июле 1998 г. Турция предложила Македонии партию из 20 истребителей F- 5, но денег опять не нашлось, несмотря на обещанную турецкой стороной дотацию. В конце декабря 1999 г. македонские СМИ сообщили о покупке в Болгарии 12 истребителей МиГ-21бис и 12 боевых вертолетов Ми-24Д. Сделка опять сорвалась – по официальной версии македонская сторона нашла техническое состояние самолетов и вертолетов неудовлетворительным. В 2000 г. появилась информация о передачи Германией Македонии снятых с вооружения бундесвера 16 вертолетов Во-105 и партии вертолетов UH-1 D, также снятых с вооружения. Затем много говорилось о покупке на Украине эскадрильи боевых вертолетов Ми-24 и восьми вертолетов Ми-8 в транспортно-боевой конфигурации. Пожалуй, самой экзотической, чтобы не сказать фантастической, стала очевидная «утка» о закупке в России вертолетов Ка-50. Впрочем, украинские вертолеты в самом скором времени появились в Македонии.
Власть в Скопье поддержала в 1999 г. агрессию НАТО против Югославии. В Петровичах тогда базировалась авиация «союзников», а македонские ВВС были рассредоточены по небольшим аэродромам, так как не исключалась возможность удара ВВС Югославии по авиабазе Петрович. Напрямую Македония участие в агрессии против Югославии не принимала. Вертолеты ВВС Македонии патрулировали границы с Албанией и Косово больше в интересах Скопье, нежели Брюсселя или Вашингтона, ограниченное количество полетов вертолеты сделали для доставки косоварам гуманитарных грузов. Долг, как известно, платежом красен: всего через два года косовары вернули «долг» с процентами, только в Македонии этому совсем не обрадовались.