Постепенно в состав программного обеспечения вносились все новые коррективы. В частности, приложения самодиагностики и контроля правильности работы, которые планировали интегрировать в следующую версию программного обеспечения, сочли необходимым добавить и к текущей версии. В БЦВМ также было добавлено несколько электронных блоков, ответственных в основном за контроль и диагностику работы программного обеспечения.
А в июне 2009 г. на авиабазе Эдвардс начались летные испытания самолета «Рэптор», оснащенного БРЭО Increment 3.1. В конце 2011 г. развернулись работы по модернизации до этого уровня серийных истребителей. В начале 2012 г. первый F-22A Increment 3.1 был передан ВВС США. В результате выполненных доработок истребитель, ранее способный применять управляемые средства поражения только по воздушным целям, получил ограниченную способность наносить удары и по наземным (надводным) целям. До уровня «3.1» предполагается доработать, в общей сложности, 149 самолетов F-22A Block 30 и Block 35. Кроме того, последняя серийная партия «Рэпторов» – F-22A Block 40 – изначально получала БРЭО, соответствующее уровню Increment 3.1.
Версия программного обеспечения «3.1.2» отличается возможностью принимать внешние данные от системы распределения тактической информации Линк16/ЛТЮБ. Возможность передачи информации по этим каналам с F-22A не предусмотрена, якобы из-за стремления не раскрывать местоположение малозаметного истребителя.
Важнейшим элементом программы F-22A Increment 3.1 стало усовершенствование бортовой радиолокационной системы компании «Нортроп Грумман». Ее модернизированный вариант получил обозначение AN/APG-77(V)1. Летные испытания модернизированного радара начались летом 2005 г. на базе ВВС США Эдвардс в Калифорнии и завершились в марте 2007 г. Помимо выпуска новых БРЛС AN/APG-77(V)1, осуществляется доработка до этого уровня и ранее поставленных радиолокационных станций AN/APG-77.
Модернизированный радиолокатор имеет усовершенствованную элементную базу и программное обеспечение, обеспечивающее возможность использования БРЛС для ведения радиоэлектронной борьбы, а также значительно расширяющее его возможности при действиях по наземным целям. AN/APG-77(V)1 более технологичен в производстве и обслуживании за счет использования ряда технических решений, разработанных в рамках работ по созданию более поздних БРЛС фирмы «Нортроп Грумман» с АФАР AN/APG-80 и AN/APG-81 (устанавливаемых на самолетах F-16E/F и F-35).
На AN/APG-77(V)1 реализован режим синтезирования апертуры (SAR – Synthetic Aperture Radar), обеспечивающий увеличенное разрешение (порядка 1x1 м) при действиях по наземным целям. Благодаря синтезированию апертуры обеспечивается возможность обнаружения малоразмерных наземных подвижных целей, их классификация, опознавание и автоматическое сопровождение.
AN/APG-77(V)1, способная концентрировать энергию в узком луче (2°х2°), по некоторым данным, может (впервые на истребителях ВВС США) использоваться и в режиме «электронной атаки», якобы, не только подавляя, но в ряде случаев, и механически выводя из строя БРЭО самолетов противника.
А в 2007 г. «Нортроп Грумман», «Локхид Мартин» и L-3 Communications провели совместные эксперименты по проверке практической возможности использования АФАР AN/APG-77(V)1 в качестве элемента системы обмена данными формата WiFi. Утверждается, что АФАР может передавать информацию со скоростью 548 Мбит/с, что значительно превышает возможности системы Link 16(1 Мбит/с).
Решение о прекращении закупок МО США самолетов F-22A в 2011 г. недавно прокомментировал бывший министр обороны Соединенных Штатов Роберт Гейтс (Robert Michael Gates), занимавший этот пост с 2006 по 2011 г. «Я прослыл «убийцей» программы F-22, хотя она (программа) уже долгое время постоянно «урезалась» без моего участия. Первоначально (в 1989 г.) планировалось закупить 750 самолетов этого типа. Производитель самолета F-22 – компания «Локхид Мартин» – оказалась весьма дальновидной. Поставщики комплектующих находились в 44 штатах, что делало эту программу важной в глазах 88 сенаторов. А это серьезно усложняло принятие любого решения об ограничении закупок».