По словам Гейтса, F-22 являлся истребителем, создававшимся, в первую очередь, для ведения воздушных боев с гипотетическими истребителями 5-го поколения России и КНР, а также для проникновения в воздушное пространство высокотехнологичного противника и подавления современной системы ПВО. «Но мы вели войны на протяжении десятка лет, а этот самолет так и не совершил ни единого боевого вылета. Я спрашивал защитников программы F-22: где, в случае конфликта США с КНР, мы планируем развернуть группировку этих истребителей, имеющих сравнительно небольшой боевой радиус действия?' Неужели китайцы не уничтожат наши базы в Японии или в других местах, откуда самолеты F-22 могли бы совершать боевые вылеты против КНР? После продолжительных прений и угрозы президентского вето, Сенат США проголосовал 58 голосами против 40 за принятие нашего предложения об ограничении закупок истребителей F-22A 187 серийными самолетами. В конечном итоге с этим согласилась и Палата Представителей Конгресса США».
Доработанный радиолокационный комплекс обеспечивает возможность ограниченного применения УПАБ GBU-39 (самолет может одновременно нацеливать боеприпасы этого типа не более чем на две цели).
Первый истребитель F-22A встал на доработку до уровня Increment 3.1 в конце 2011 г., а в начале 2012 г. он уже был передан ВВС США. В результате в рамках Increment 3.1 он получил усовершенствованный радар AN/APG-77(V)1 (со способностью работать в режиме синтезирования апертуры и вести РЭБ), а также возможность ограниченно применять УПАБ SDB. Таким образом, самолет заметно повысил свои ударные возможности (хотя и до уровня, несколько меньшего первоначальных требований), тогда как его «противосамолетный» потенциал вырос незначительно.
Следующий этап перманентной модернизации «Рэптора», предварительные работы по которому начались в 2009 г., получил название Increment 3.2. В рамах этого этапа доработок истребителю планировалось придать возможность «полноценно» применять УПАБ SDB (каждая бомба по своей индивидуальной цели), вооружить его ракетами AIM-9X и AIM-120D, оснастить автоматической системой предотвращения столкновения с землей, а также нашлемным прицелом-индикатором. Кроме того, F-22A должен был получить «скрытную» линию связи MADL. Планировалось, что БРЭО Increment 3.2 получат 183 самолета F-22A (в то время еще «окончательно не умерли» планы постройки 249 истребителей этого типа).
Реализацию программы Increment 3.2. было решено разделить на два этапа: Increment 3.2А и Increment 3.2В.
Осенью 2013 г. самолет F-22A, бортовое радиоэлектронное оборудование которого было доработано до уровня Increment 3.2А, начал проходить испытания в 411-й эскадрилье ВВС на авиабазе Эдвардс. А на авиабазе Нэллис (штат Невада) начались испытания самолета «Рэптор» с новым программным обеспечением (ПО) БРЭО.
Предполагалось, что войсковые испытания самолета F-22A Increment 3.2А развернутся летом 2014 г. А поступление модернизированных истребителей в строевые части ВВС США должно было начаться в конце 2014 г. и завершиться в 2017 г. Однако позже, из-за финансовых ограничений, обусловленных экономическим кризисом, график «сдвинулся вправо».
Главные отличия самолета F-22A Increment 3.2А от истребителей F-22A, имеющих БРЭО более ранних модификаций (Increment 3.1), заключатся в реализации дополнительных мер по защите бортового радиоэлектронного комплекса от помех, а также в использовании новой техники «боевой идентификации» (combat identification). Однако по утверждению представителей ВВС, детали этих усовершенствований являются секретными.
В 2010 г. ВВС США приняли решение отказаться от работ по коренной модернизации системы информационного обмена. Ранее в рамках программы Increment 3.2 предполагалось внедрить систему связи стандарта MADL (оборудование, соответствующее этому стандарту, в настоящее время отрабатывается для перспективного истребителя F-35, а также для модернизированного палубного самолета F/A-18E/F). Однако «малозаметная» система связи MADL (Multifunction Advanced Data Link) еще не прошла проверку на боевое применение, поэтому ее использование на F-22, по словам представителей ВВС, может привести к дополнительным затратам и сулит определенный риск, на который военно-воздушные силы в условиях резкого сокращения финансирования пойти не могут.
В то же время бывший руководитель разведки ВВС США Дэвид Дептула на слушаниях в Палате представителей конгресса США в 2011 г. жестко раскритиковал решение об отказе от установки системы MADL на самолеты F-22A. По его словам, «бессмысленно создавать самый совершенный истребитель в мире с тем, чтобы потом не иметь возможности обмениваться данными с другими самолетами. В этом решении (отказе от установки MADL) мудрости на пенни, а глупости – на фунт!» – провозгласил отставной разведчик.