На больших скоростях возникали и другие весьма неприятные явления. Если до скорости, соответствующей числу М=0,92, поведение Як-50 было нормальным, то с дальнейшим ее увеличением появлялись продольные колебания. При этом летчику было трудно удержать машину в режиме горизонтального полета вплоть до достижения скорости, соответствующей числу М=0,97. Балансировкой самолета на этих скоростях удавалось лишь облегчить выдерживание самолета в горизонте, но при этом колебания не устранялись. Аналогичные колебания имели место при выполнении атак по кривой погони в указанном диапазоне скоростей. Таким образом, летчику было затруднительно вести прицельную стрельбу в диапазоне чисел М от 0,92 до 0,97.
Кроме указанных выше наиболее серьезных недостатков, Як-50 также проигрывал самолетам ОКБ-155 и ОКБ-301 не только в максимальном радиусе перехвата из-за малого запаса топлива, но и в мощности пушечного вооружения.
Подводя результаты государственных испытаний, в своем заключении Правительственная комиссия, конечно же, отметила и соответствие полученных летно-технических данных заданным, и преимущества Як-50 перед другими истребителями. Но, несмотря на это истребитель-перехватчик ОКБ-115 все же не был рекомендован для серийного производства. По мнению комиссии этому препятствовали три основных недостатка: малая эффективность тормозных щитков и возникающие проблемы при их открытии, наличие продольных колебаний в диапазоне чисел М от 0,92 до 0,97 и невозможность выдерживания прямолинейного пробега при посадке с боковым ветром более 4 м/с. Без их устранения о серии можно было и не мечтать.
В итоге Як-50 предписывалось передать главному конструктору для устранения указанных недостатков и подготовки машины ко второму этапу государственных испытаний по определению боевых качеств самолета с РЛС прицеливания и перехвата «Коршун». Причем проведение второго этапа было возможно лишь после успешного проведения заводских испытаний Як-50 по определению штопорных характеристик и поведения самолета при максимально допустимом скоростном напоре с убранными и выпущенными тормозными щитками, ну и, конечно же, проверки в ГК НИИ ВВС эффективности устранения трех указанных выше недостатков.
Кроме этого для улучшения тактических данных Як-50 Правительственная комиссия рекомендовала главному конструктору ОКБ-115 проработать вариант самолета, на котором без ухудшения основных летных характеристик предлагалось вместо РЛС «Коршун» установить радиодальномер «Радаль». Новому варианту Як-50 требовалось обеспечить на высоте 12000 м дальность полета 1200 км за счет увеличения внутреннего запаса топлива и 1700 км с использованием подвесных топливных баков. Также необходимо было усилить его вооружение, установив две пушки калибром 37 мм или три калибром 23 мм.
Вечером 4 июля 1951 г. после подписания акта приемо-передачи летчик- испытатель С.Н. Анохин перегнал Як-50 №02 на аэродром ЛИИ. Вернувшийся из ГК НИИ ВВС «Дублер» сразу же взяли в оборот в части устранения выявленных на госиспытаниях недостатков. В первую очередь на нем провели доработку шасси путем замены колес на подкрыльных стойках на пневматики 200x80 мм и уменьшения давления в основных стойках до 30 кг/см² . Выполненные в первой половине июля рулежки и пробежки показали, что кренение самолета во внешнюю сторону стало значительно меньше, в том числе и при боковом ветре, дующем под углом 45'. Кроме этого при рулении машину стало меньше трясти на неровностях аэродрома, а радиус разворота на большой скорости был заметно меньше, чем на малой.
После проведения контрольных полетов летчик отметил, что на разбеге для подъема носового колеса требуется больше усилий, чем раньше. Вместе с этим требовался большой расход руля высоты. Проблему решили выносом колес подкрыльных стоек на 600 мм вперед.
Следующим шагом стало изучение поведения самолета при разгоне и в горизонтальном полете на высоте 6000 м в диапазоне чисел М от 0,92 до 0,98. В состоявшемся 16 июля полете, летчик не выявил колебаний при выполнении трех разных режимов. А вот на следующий день, когда из-за мощных кучевых облаков С.Н. Анохин вынужден был два раза сменить высоту выполнения задания, ему удалось нащупать выявленный военными недостаток. Как отметил в своем послеполетном отчете летчик, ввиду больших усилий от руля высоты на заданных параметрах балансировки самолет на приборной скорости 830 км/ч удержать в режиме горизонтального полета было труднее, чем на других скоростях и параметрах балансировки. Самопроизвольных раскачиваний машины не наблюдалось.