По мере выпуска самолетов промышленностью их освоили разведполки и подразделения постановки помех, причем процесс этот растянулся до начала 70-х гг. Так, в 48-й ОГРАП первые две спарки" поступили во второй половине 1962 г., но переход на Як-28Р начался только через 11 лет, а до этого осваивали Як-27Р. Характерной чертой многих разведполков стало наличие в их составе одновременно самолетов нескольких типов. Почти все части, получившие "двадцать седьмые" Яки, продолжали их эксплуатировать некоторое время параллельно с "двадцать восьмыми". Достаточно распространенным было сочетание Як-28Р с МиГ-25Р. Так было, например, в том же 48-м ОГРАП после 1973г. Имелись полки, где вместе с Яками служили МиГ-21Р. Изредка встречалось и соседство сверхзвуковых яковлевских машин с ветеранами Ил-28. В середине 70-х гг. дислокация частей, имевших на вооружении Як-28Р| и Як-28ПП, выглядела примерно следующим образом: ГСВГ - полк в Верной-1 хене; СГВ - 164-й ОГРАП и АЭ радиоэлектронной борьбы (позднее преобразована в 151-й ОАПРЭБ*) в Бжеге; ЮГВ. - 328-й ОРАП в Кунмадараше; ПрибВО -886-й ОРАП в Екабпилсе; БелВО - 11-й ОРАП в Щучине; ПрикВО - 48-й ОГРАП в Коломые и АЭРЭБ (позднее преобразована в 118-й ОАПРЭБ) в Черткове; БелВО - разведполк в Щучине; ОдВО -511-й ОРАП в Буялыке; МВО - 98-й ОГРАП в Шаталово; САВО - 39-й ОРАП, в Балхаше; ТуркВО - 87-й ОРАП в Карши; ДальВО - 799-й ОРАП в Варфоломеевке, ЗабВО - 193-й ОГРАП в Укурее.
Бомбардировочные полки, получив-шие Як-28, сохранили стоявшие ранее: перед ними задачи, в том числе и по доставке тактического ядерного оружия (см. "АиВ", №1'97). Постановщики] помех должны были прикрывать действия ударных самолетов фронтовой авиации. Разведчикам предстояло работать в интересах командующих фронтами. Прежде всего, их нацеливали на обнаружение ракетно-ядерных средств, а также ЗРК, оперативных резервов, командных пунктов и т.п. Практически во всех ОРАП до четырех раз в месяц выполнялись полеты на радиотехническую разведку вдоль границ стран-участниц Варшавского договора (планы "Рассвет", "Катапульта" и др.). Очень часто такие полеты сопровождались тренировками авиации ПВО, отрабатывавшей перехваты, естественно, без применения оружия. Никакого противодействия экипажи Яков обычно не оказывали, но однажды события развернулись по нестандартному сценарию. Вспоминает п/п-к А.В.Жибров: "В одну из ночей 1979 г. экипаж нашего 39-го ОРАП в составе летчика замполита 2-й АЭ м-ра В.Н.Шишкина и штурмана начальника связи полка к-на П.К.Тупаева выполнял полет по плану "Рассвет". Проходил он на высоте 10800 м с приборной скоростью 500 км/ч, маршрут был рассчитан на 2 ч 20 мин… Истребители отработали перехват при следовании разведчика в одну сторону, а когда он развернулся назад, с земли снова стали наводить МиГ-21. Очевидно, сначала задачу выполнил ведущий, затем появился его ведомый, причем второй самолет, по всей видимости, пилотировал молодой летчик. В кабине Яка снова начало "мигать и звучать" СПО**. Шишкин, наблюдая, как его в очередной раз "сбивают", возьми и пошути: "Петя, сделай что-нибудь! Замучили уже!" Штурман, недолго думая, залпом отстрелил патроны ППИ из правого блока. За самолетом повисло красивое зарево, а до МиГа было всего километра 3-4.
Опытный перехватчик Як-28-64
В эфире раздались крики: "Цель атакует боевыми!" Истребитель резко отвернул, сигналы СПО прекратились. Как потом и КП, и ведущий ни уговаривали этого летчика повторить атаку - ничего не помогло".
С появлением Як-28 в частях фронтовой авиации совпало создание Барнаульского ВВАУЛ, первый набор курсантов в которое состоялся в 1967 г. Ежегодно 65-70 (около 50%) его выпускников уходили в полки пилотами Як-28, успев налетать на нем до 70 часов. Экипажи строевых частей переходили на новый самолет в основном с Ил-28 и встретили Як весьма настороженно, уж очень он отличался от привычной и надежной ильюшинской машины. В разведывательных полках самолет появился значительно позже, и там, где успели полетать на Як-27Р, освоение новой машины прошло легче.