Борьба с кораблями противника непосредственно в базах в 1943 г. еще не приняла такого размаха, как позднее, хотя число самолето-вылетов, выполненных для решения этой задачи, было довольно велико. Большей частью удары наносились ночью и одиночными самолетами. За весь год лишь в течение четырех дней были предприняты групповые рейды на Котку и причалы о. Большой "Потере. По Котке авиация КБФ работала 10 марта и 4 ноября. В первом случае шесть Пе-2 из 73-го БАП выполнили в течение дня 2 групповых вылета. В порту возникли пожары. Бомбардировщикам и прикрывавшим их ЛаГГ-3, Як-1, И-16 и И-153 (всего 27) довелось вести бои с истребителями противника, но обошлось без потерь. Налет 4 ноября был произведен несколько большими силами и увенчался бесспорным успехом. Шестнадцать Пе-2 сбросили на порт тридцать ФАБ-250 и столько же ФАБ-100. В результате удалось потопить финский минный заградитель Lieska (убито 2, ранено 3 человека) и несколько вспомогательных судов, повредить германские тральщики М16 и М456. Причем первый из них вышел из строя до конца войны. Прикрывавшие пикировщики истребители (26 Як-7 и 20 Ла-5) провели несколько боев с вражескими самолетами.
В течение всей кампании 1943 г. советская авиация не оставляла в покое артиллерийские батареи на Большом Тютерсе, а во время прорыва Гогландской минно-артиллерийской позиции по приказу командующего КБФ адмирала В.Ф. Трибуца была проведена специальная операция для «вывода из игры» орудий, мешавших тралению. Именно в тот период немецкие документы зафиксировали разрушительные атаки с воздуха. Так, 7 сентября бомбы упали непосредственно на огневые позиции одной из зенитных батарей. В тот день остров атаковали 2 группы Пе-2 (по 4 самолета каждая) и четыре Ил-2. 9 сентября досталось береговой батарее, расположенной в южной части острова. Этот успех разделили 2 группы по восемь Пе-2 из 73-го БАП, которые сбросили 32 ФАБ-250 и 22 ФАБ-100. К сожалению, одна «пешка» была сбита огнем зенитной артиллерии. 23 сентября эту же батарею атаковала четверка Ил-2 из 7-го Гв.ШАП с «прикрышкой» из ЛаГГ-3 и Як-7 13-го ИАП. На этот раз авиация не только нанесла новые повреждения батарее, но и уничтожила склад из 103 мин. Надо сказать, что Тютерс был непростой целью, этаким непотопляемым крейсером. По состоянию на 20 августа на острове находились шесть 155-мм и две 105-мм пушки, прикрытые восемью 88-мм и восемнадцатью 20-мм зенитками.
В числе постоянных целей ВВС КБФ фигурировали Таллинн и Хельсинки, хотя до 1944 г. массированных ударов по ним не наносили. По этим целям действовали одиночные машины, как правило, МБР-2, Ил-4 и даже порядком устаревшие СБ. Зачастую оба города подвергались налетам практически одновременно. Так, в ночь с 14 на 15 февраля Таллинн бомбили семь МБР-2, один СБ и четыре Ил-4, а Хельсинки – семь МБР-2, три СБ и четыре «Ила». Естественно, что результаты налетов были прямо пропорциональны выделенным силам. Вот примеры. 17 августа три МБР-2 из 58-й ОАЭ атаковали транспорты в Старой гавани Таллинна в целях отвлечения внимания противника от минной постановки. Немецкие документы зафиксировали падение четырех 100-кг бомб. Был легко поврежден один дом, убит 1 и ранены 4 гражданских лица. Интересно, что немцы насчитали целых 8 самолетов, участвовавших в налете. Минную же постановку противник не обнаружил. 19 августа шесть МБР-2 той же эскадрильи и с той же целью опять бомбили порт, сбросив 20 ФАБ-100 и 4 ЗАБ-50. Незначительные повреждения получило несколько зданий. 21 августа восемь МБР-2 опять сбросили 26 фугасных «соток» и 8 ЗАБ-50. Потерь и повреждений противник не отметил. В ночь на 5 сентября пять МБР-2 снова бомбили Таллинн (сброшено 14 ФАБ-100 и одна ЗАБ-50). Было повреждено служебное здание кригемарине и жилой дом. А вот в ночь на 1 августа Таллинн атаковали шесть Ил-4 и четыре МБР-2, сбросившие 62 ФАБ-100. По документам противника, сгорели 10 зданий, возникли пожары на складах организации «Тодт» и в инженерном парке ВМС, погибли 7 гражданских лиц, ранения получили 10 человек, включая одного военнослужащего охраны водного района базы.
По неприятельским аэродромам в 1943 г. авиация флота действовала с меньшей интенсивностью, чем в 1941-42 гг. По этим целям ВВС КБФ выполнили 360 самолето-вылетов, в т. ч. 183 – МБР-2, 124 – бомбардировщики, 38 – штурмовики и 15 – истребители. В основном, целями были аэродромы противника в Котлах, Майсиеми, Раквере, Кахуле, Таллинне и Кунде.