К середине 1987 г. все планированные к выпуску F/A-18A (340 шт.) и F/A-18B (42 шт.) в «блоках» с 4-го по 22-й были построены. Настала очередь модифицированных машин. Их разработка началась еще в середине 1980-х гг., а модернизация первоначально затрагивала, в основном, бортовую электронику. Вариант F/A-18C начался с «Предложений о конполагавших внедрение в состав оборудования новой станции постановки помех AN/ALQ-65, линии передачи данных JTDS и оборудования для применения управляемой ракеты AGM-65 Maverick с лазерной ГСН. По иронии судьбы, ни одно из предложенных нововведений не было востребовано флотом. Вместо AN/ALQ-65 самолет должен был со временем получить более «продвинутую» AN/ALQ-165. «Мэйврик» с инфракрасной ГСН оказалась более подходящей, чем первоначальный вариант, а от JTDS отказались вовсе.
В первую фазу программы модернизации вошли также катапультное кресло SJU-17/A (NACES) фирмы Martin-Baker, улучшенное программное обеспечение вычислительной машины вкупе с ее модернизацией до уровня XN-6 (увеличенное быстродействие и удвоенный объем памяти). Была установлена новая система предупреждения о радарном облучении ALR-67, что потребовало монтажа дополнительных антенн. В арсенал штатного вооружения добавились ракеты AIM-120 AMRAAM и уже упомянутые AGM-65.
Прототипом новой модификации послужил доработанный F/A-18A. Его испытания были коротки и не преподнесли каких-либо сюрпризов. Под обозначением F/A-18C серийные самолеты начали выпускать с машины № 163427. Первый такой истребитель поднял в воздух 3 сентября 1987 г. летчик-испытатель Глен Ларсон (Glen Larson).
Затем последовала более значительная модернизация, которая серьезно повысила боевой потенциал «Хорнета». Растянулась она до 2000 г. и была завершена уже фирмой «Боинг», с которой 1 августа 1997 г. объединилась МДЦ.
Очередные нововведения внедрили на вариантах «С/D» уже в 1988 г. В основном «Хорнеты» оснащали оборудованием для ночного применения в качестве штурмовика. Нельзя сказать, что прежние варианты совсем не могли работать ночью и в сложных метеоусловиях, но их потенциал в данном плане был весьма ограниченным.
Первый модернизированный самолет взлетел 6 мая 1988 г. Это был двухместный F/A-18D+ Night Attack, который получили, доработав F/A-18D. В состав его оборудования вошли: растровый индикатор на лобовом стекле AV/AVQ-28, два цветных пятидюймовых МФИ, цветной цифровой индикатор с движущейся картой местности Srs2100 (на F/A-18A/B движущаяся карта реализована на основе протяжки фотопленки) и очки ночного видения MXV-810. Источником визуальной информации «в кромешной тьме» стала навигационная ИК-станция переднего обзора AN/AAR-50, информация с которой могла выводиться как на ИЛС, так и на МФИ в масштабе 1:1. Станция находилась в контейнере, который подвешивали под правым воздухозаборником. А под левым, за неимением лучшего, подвешивали уже знакомую с ранних модификаций «Хорнета» прицельную ИК-станцию AN/AAS-38 Night Hawk. В январе 1993 г. фирма «Локхид-Мартин» начала поставлять флоту улучшенную версию «Найт Хока» — AN/AAS-38A со встроенным лазерным целеуказателем-дальномером. До этого момента «Хорнеты» могли применять оружие^ лазерной ГСН (к примеру, управляемые бомбы) исключительно днем, с подсветкой цели другими летательными аппаратами или с земли. Плюс к тому, надо было еще вешать на самолет приемник лазерного излучения ALQ-173 в подвесном контейнере. В общем, крайне неудобно и трудоемко.
Еще больший «комфорт» обеспечила станция AN/AAS-38B, в которой было реализовано сопровождение лазерной подсветки цели без привязки к траектории движения ЛА. Случилось это только в 1996 г. («Кайра» с аналогичным принципом работы на МиГ-27 появилась лет на 20 раньше и в 1980 г. была принята в эксплуатацию). В завершение темы «Найт Хока» замечу, что с 2008 г. эти станции стали заменять на самую совершенную на сегодня аппаратуру слежения-подсветки AN/ASQ-228 ATFLIR. Контейнер массой 190 кг обеспечивает применение средств поражения на дальностях до 48 км.
Придание полноценных ночных возможностей «Хорнетам» очень воодушевило авиаторов КМП. На их F/A-18D во второй кабине организовали рабочее место оператора систем оружия, при этом демонтировав там органы управления самолетом. Кроме того, эта модель прекрасно подходила для замены уже порядком устаревшего передового авианаводчика ОА-4. К ней также перешла часть функций, выполняемых легким OV-10 Bronco. И не только… Заказ КМП на 96 F/A-18D предполагал, что постепенно они придут на смену тяжелым «Интрудерам». Так «Хорнет» начал потихоньку выдавливать из морской авиации США все другие типы боевых машин.