Через полгода немцы начали массовую бомбардировку Англии крылатыми ракетами «Фау-1», и «Мосси» включились в борьбу с этой новой напастью. Первым в ночь с 14 на 15 июня отличился экипаж 410-й АЭ. Причем «Фау» взорвалась слишком близко от истребителя, который вернулся на аэродром, поврежденный ее осколками. Перехватывать самолеты- снаряды, летевшие на предельной для поршневых истребителей скорости, было делом не простым, тем не менее, британские летчики добились впечатляющих успехов. Лучшим асом стал скуадрон-лидер Р. Чадпи (S/L R.N. Chudleigh), сбивший 152 «Фау», из них 6 за одну ночь. В целом экипажам «москитных» 264-й, 456-й, 219-й, 605-й и 418-й эскадрилий удалось уничтожить сотни «летающих бомб».
К сентябрю десантные силы союзников захватили большую часть пусковых площадок V-1 в Па-де-Кале, но немцы продолжили использовать «Фау», запуская их с Не 111 над Северным морем. 25 сентября экипажам 409-й и 25-й «москитных» эскадрилий совместными усилиями впервые удалось сбить такой «ракетоносец».
В целом за войну на ночных истребителях «Москито» летали 33 эскадрильи RAF. Двадцать две, включая 7 вновь сформированных, оставались в строю после окончания боевых действий. Последние «Москито» NF.36 из 39-й, 199-й и 219-й эскадрилий служили до марта 1953 г.
Истребители-бомбардировщики стали прямым развитием ночных истребителей. Поначалу, до прихода в RAF специально разработанного для такой цели «Москито» FB.VI, эскадрильи «интрудеров» оснащались «безрадарными» NF.II или F.II. В 1942 г. ночной охотой на аэродромы и другие наземные цели противника занимались как эскадрильи ПВО, так и специально образованные авиачасти.
Первой такой специально сформированной эскадрильей стала 264-я, перевооруженная в первой половине 1942 г. с одномоторных«Дефиантов» на «Москито» NF.II. Список ее побед открыл в ночь с 28 на 29 июня экипаж Ходжкинсона (F/0 Hodgkinson), сбивший заходивший на посадку Do 217Е-2унтер-офицера Рудольфа Бланкенбурга (Rudolf Blankenburg) из KG 2 прямо над аэродромом его базирования. Атакам с воздуха подвергались не только аэродромы. Если ночь была лунной, доставалось и железнодорожному подвижному составу, и автотранспорту.
Уже упомянутая ранее 23-я АЭ ПВО свой первый вылет на «Москито» в качестве «интрудера» выполнила в ночь с 6 на 7 июня. Из-за неполадок получилось так, что единственной боеготовой машиной части оказался самолет с буквенным кодом «S», прозванный «Сахаром» («S» – Sugar). На следующий день на нем уинг- коммандер Берти Хор (W/C Bertie Rex O’Bryen Ноаге)'сбил Do 217 в 26 км от французского аэродрома Шартр. Через месяц, в ночь с 8 на 9 июля, на том же «Сахаре» скуадрон-лидер Солсбери- Хьюз (S/L К Н. Salisbury-Hughes) завалил Do 217 у Этампа и Не 111 возле Эвра.
Летчиков противовоздушной обороны и в следующем году привлекали для ударов по наземным целям. С февраля 1943 г. 151-я и 410-я эскадрильи начали работу по блокированию аэродромов немцев во Франции, лишь иногда отвлекаясь на ночное сопровождение бомбардировщиков. В июне список ударных задач расширился – добавились вылеты против морских целей по заявкам Берегового Командования RAF. Воздушные победы в этих двух эскадрильях становились редкими. Скажем, за октябрь был сбит лишь один Ju 88 и «вероятно сбит» Do 217.