Дуже часто критикується впровадження в життя Святим Отцем положень Другого Ватиканського Собору. Пітер Гебблтуейт (письменник і колишній єзуїт) вважає, що Іоанн Павло тлумачить резолюції Собору вузьким, обмеженим і врешті-решт спотвореним чином. Проте тільки стороння людина, перекладач, видавець, агент, друкар чи інтерпретатор, може спотворити твір, а не автор. Безпосередній внесок Кароля Войтили в інтелектуальний доробок Собору є величезним, і коли він цитує уривки з двох найважливіших релігійних документів ХХ століття – соборної душпастирської конституції "Gaudium et spes" і соборної догматичної конституції "Lumen gentium" – він багато в чому посилається на власні слова, тому що був членом комітету, який розробляв проекти обох цих документів. Тому він ототожнює себе з рішеннями Собору, які, за Його словами, відіграватимуть вирішальну роль у подальшому розвитку Церкви. Помилкове враження, нібито Папа-поляк обмежує прогресивну думку Собору, спричинене інтерпретаційним спотворенням змісту Собору тими, хто його критикує. Саме вони – теологи-авангардисти, войовничі радикали, молоде покоління мислителів-бунтарів – трактували соборну думку мало не як кодекс бунту, а зараз вони розчаровані, бо модернізується старий будинок, а не будується новий, що зводиться на руїнах свого попередника. Психологія це чудово знає: замість того, щоб сприйняти повідомлення в його точному значенні, людина інтерпретує висловлювання іншої людини по-своєму, а потім скаржиться, що інша людина не дотримала слова, яке і не прозвучало.
Ті самі люди стверджують, що Папа віддає перевагу консервативним ватиканським конгрегаціям і намагається інквізиторським чином змусити замовкнути надто вільнодумних теологів, таких як Шіллебек і Кюнг. Едвард Норман із властивою йому влучністю назвав ці звинувачення "параноїдальною реакцією".
Іоанн Павло ІІ просто хоче, щоб теологією не жонглювали, як приватними тарілочками на арені цирку сучасності. В енцикліці "Redemptor Hominis" він писав: "Нікому не дозволяється ставитися до богослов’я, як до збору його власних думок; виступаючи у Вашингтоні перед католицькими вчителями, він сказав: "Віруючі мають право вимагати, щоб їх не турбували теорії та гіпотези, точність яких вони не можуть оцінити"; нарешті, у своїй праці про Ватиканський собор ("Джерела оновлення") він висловив думку, що щодо таких питань, як: "у що люди повинні вірити?" або: "яке справжнє значення тієї чи іншої правди нашої віри?", переважає спроба відповісти на важливіше питання: "що означає бути віруючим?". Сумнівно, чи всі ті прогресивні західні священики, які все більше сприймають світський спосіб мислення, і мирські ліберали, які настільки звикли вважати кожне серйозне досягнення думки плодом світської науки, що вони вже не можуть зрозуміти, що може існувати система запліднюючих цінностей, заснована на християнстві — чи могли б вони звести свої спекуляції до такого мудрого знаку питання, як у "Джерелах оновлення"? Своєю глибиною та чесністю філософський апарат особи, яку вони критикують, руйнує їх інноваційні тенденції, які часто є звичайним зловживанням академічною свободою.Іншим антипапським снарядом "лібералів
" є звинувачення Іоанна Павла ІІ у консервативній позиції в суспільно-політичних питаннях, у стримуванні політичного чи революційного залучення прогресивних священиків тощо. Це правда, що Святіший Отець не має наміру носити кашкету Фіделя Кастро, але все інше не відповідає дійсності, і нечесно втискувати Його до карикатурних схем реакційності, вигаданих гарячими суперниками. У жовтні 1979 р., відкидаючи притаманну західним лідерам професійну гнучкість (вона була також рисою Павла VI, завдяки чому під час його понтифікату католики з дуже різними стилями та поглядами цілком комфортно вписувалися в рамки відкритої Церкви), Папа заявив, на Генеральній Асамблеї Організації Об’єднаних Націй, що духовне життя людини стерилізується силами, які зводять сенс людського існування переважно до "різних матеріальних та економічних факторів", а президентові США Картеру він сказав: "Я бачу сенс історії в гідності людини". Обидві ці заяви, які є індикаторами цілей, також є суспільно-політичними у набагато глибшому значенні, ніж банерні гасла радикальних крикунів. Едвард Норман, про якого я вже згадував двічі, відповів на їхню стрілянину словами на честь незалежної (ненатхненної) західної думки (іноді достатньо написати правду, щоб заслужити назву незалежної):