Деятельность «Братьев» не могла не вызывать раздражения монархических властей и британской колониальной администрации – вскоре это раздражение перешло в репрессии, вылившиеся в открытое противостояние. Изначально Хасан аль-Банна не рассматривал вооруженные методы борьбы как приоритетные для своей организации, но назревший конфликт с властями привел к пересмотру этого подхода. В ходе противостояния в 1948 г. «Братьям» удалось осуществить успешное покушение на премьер-министра Махмуда Нукраши-пашу. В следующем году египетские спецслужбы ликвидировали самого Хасана аль-Банна, место которого занял Хасан аль-Худайби.
Неудивительно, что революция 1952 г. была с радостью встречена «Братьями». Более того, с ними в разное время был связан ряд руководителей движения «Свободные офицеры», включая самого Насера. Впрочем, установившийся союз новых республиканских властей и АБМ оказался недолгим – всего около двух лет. После ликвидации Насером многопартийной системы, первоначально не затронувшей «Братьев», которые поддерживали его в этом начинании, они оставались единственной неподконтрольной режиму влиятельной политической силой. Их претензии на активное участие в управлении государством приблизили конец шаткого союза с Насером. Стало очевидно, что светская, националистическая идеология насеризма шла вразрез с идеями «Братьев». В июле 1954 г. ассоциация подвергла критике англо-египетское соглашение по Суэцкому каналу, в том же году на Насера было совершено покушение. Обвинив АБМ в попытке покушения на президента, власти начали борьбу с «Братьями». Был принят закон о запрете ассоциации, не отмененный до сих пор. Многие члены ассоциации оказались в тюрьмах и концлагерях, другие вынуждены были уйти в подполье или отправиться в эмиграцию. Среди репрессированных членов АБМ был и наиболее влиятельный из ее идеологов Сайид Кутб.
Впрочем, властям удалось лишь временно подавить ассоциацию, но не уничтожить ее. Казалось, «Братьям» уже нет места в обществе, которое вступило на путь модернизации под знаменами авторитарного национализма с «социалистическим лицом». Но после смены руководства Египта и прихода к власти Анвара Садата наступило некоторое послабление, и многие политзаключенные были амнистированы. В этот период начал таять лед в отношениях «Братьев» с республиканскими властями, сделавшими ряд шагов им навстречу. Так, в конституцию было включено положение о шариате как об основном источнике законодательства. Также АБМ было позволено возобновить выпуск собственной газеты. Сюда следует добавить и то, что влияние исламистов в народе к тому времени значительно возросло в результате поражения Египта в Шестидневной войне 1967 г. и, как следствие, падения популярности светских по своему характеру идей Насера. Однако полной легализации «Братьев» не произошло – закон «О политических партиях» от 1977 г. полностью запретил создание партий по религиозному признаку.
Несмотря на это, «Братьям» не мог импонировать проамериканский курс Садата (хотя по некоторым сведениям, они не пренебрегали помощью США во время противостояния с режимом Насера), приводящий к росту западного влияния в стране. Окончательно отношения с исламистами испортились после подписания сепаратного мира с Израилем в 1979 г. К тому времени от братьев успел отколоться ряд откровенно экстремистских группировок, практиковавших террористические методы – таких как
Сменивший Садата вице-президент Хусни Мубарак по отношению к исламистам стал сочетать карательные меры с некоторыми послаблениями. В стране было введено чрезвычайное положение, причастные к убийству Садата были казнены или брошены за решетку. Одним из приговоренных тогда к тюремному заключению стал врач Айман аз-Завахири, ныне считающийся вторым человеком в «аль-Каиде». В то же время на свободу были выпущены многие исламские активисты, посаженные в тюрьму при Садате. К слову, во время покушения на своего предшественника Мубарак находился рядом с ним.
Что же касается «Братьев-мусульман», то у них при Мубараке сложилось своеобразное джентльменское соглашение с властями, и эта ситуация сохраняется до сих пор.