Фетлер осознал, что ему не позволят учить своих учеников принципам Сперджена: полному посвящению себя евангельской истине. С характерной ему решимостью (некоторые называли это импульсивностью, упрямством и глупостью), он оставил пост директора Русского Библейского Института. Он объяснил своим ученикам: «Я не мог пойти на компромисс с Русской Православной Церковью в России. Как же я смогу пойти на компромисс с еретиками среди моих братьев?»
Говоря про еретиков, он не имел ввиду конкретных личностей; он просто выражал таким способом свои убеждения. Это высказывание породило много обиды и недовольства в Нью-Йорке. Однако, даже те, кто были недовольны Фетлером, не могли упрекнуть его в неискренности или в недостаточном посвящении себя Евангелию и миссионерскому труду. Некоторые продолжали поддерживать его, но недовольные и критические высказывания, которые выражались и впоследствии, имели начало именно в то время.
Возможно дело было не только в разнице теологических взглядов. У Фетлера был совсем иной, уникальный подход к евангелизму. Ещё будучи студентом и посетив служения в Уэльсе, он убедился в необходимости быть ведомым Духом Святым и переживать пробуждение. В благоустроенных местных церквях, где служения проходили чинно и тихо, не чувствовалось свободы Духа. По этому поводу он написал стихотворение 6 мая в 1920 году, под названием «Мне не Место»:
Мне не место в мирской, современной церкви,
Что считается мудрой, богатой.
В слепой церкви с остриженными волосами,
С воспоминанием о могуществе славном.
Что живёт мёртвой верой в мёртвых пророках,
Чьи гробницы она горделиво возводит,
Где пророков живых, в то же самое время
На неправедный суд, на новое «Лобное место» приводят.
В такой церкви - я выгляжу, может, недобрым,
И владенье рассудком моим под вопросом,
Но скорее спешу заявить я: мне не место!
Свои недостатки я знаю - их много.
Но песнь мирской церкви всё же петь я не стану!
Идя за слепою толпой, неправедный суд совершать я не буду!
Назвать чёрное - белым и доброе - злым, мне не под силу!
Я грешен, поэтому, каясь и плача,
Ежедневно для плоти своей умираю.
Моя надежда - разорванная в храме завеса!
Но наслаждаться миром, как современная церковь - не смог я,
Поэтому, удалился так скоро,
Как только понял: играть с ними в ритме - я не способен!
В этом стихотворении ярко выражены убеждения и внутренние личные переживания Фетлера. Следует заметить, что несмотря на постоянное стремление быть ведомым Духом, Фетлер не впадал в религиозный экстремизм. Он всегда почитал великого христианского деятеля, Эразма Роттердамского, который призывал быть рассудительным в вере. С другой стороны, Фетлер также разделял теологические взгляды Фомы Кемпийского, который призывал к духовности и утверждал, что человеческий разум и интеллект следуют только за верой, а не впереди её.
Второй сын Фетлера, Тимофей, который стал профессором философии и религии в городе Санта-Барбара, Калифорнии, характеризовал своего отца, как человека глубоко духовного, так и человека дела или действия. В некоторых случаях своей жизни, касающихся его лично, Фетлер искал ответа и руководства Духа, что подтверждается из его личного дневника.
Поездка в Филадельфию
После разрыва отношений с модернистами, Уильям Фетлер не прекратил своей деятельности. Продолжая «жить по вере», он покинул Нью-Йорк всего лишь с пятью долларами в кармане. С присущей ему решимостью, он решил основать новую Библейскую школу для обучения миссионеров в Россию и Восточную Европу.
Русские студенты из Нью-Йорка настолько любили своего учителя, что пятьдесят из них последовали за ним в Филадельфию, совершенно не представляя, где и каким образом продолжится их учёба. Они тоже решились «жить по вере».
Фетлер всегда верил и проповедовал, что «Бог всё усмотрит». В скором времени на новый проект чудесным образом начали поступать денежные средства из различных источников. Через две недели после его отъезда из Нью-Йорка, Фетлера пригласили выступать на летней конференции Муди, в Массачусетсе, где некая женщина дала ему денежный чек на 5000 долларов (сумма во много раз больше в современных деньгах) на основание Фундаментальной Библейской школы в Филадельфии. Еще 5000 долларов он получил от незнакомой пожилой семейной пары, проживающей на западном побережье страны, которой понравилось твёрдая непоколебимость Фетлера в фундаментальных евангельских доктринах. В очередной раз, вместо поражения, Фетлер испытывал победу, и решение «жить по вере» обернулось большим благословением.
В Филадельфии верующие образовали комитет, который купил два 4-х этажных здания по адресу: {надо вставить адрес}street. Здесь была основана новая Библейская школа. В одном из зданий поселились приехавшие студенты и Фетлер со своей семьёй, состоявшей из 3-х детей к тому времени. Двое из них родились в Нью-Йорке, и позже, еще двое детей родились уже в Филадельфии. Довольно скоро Библейская школа насчитывала уже 110 студентов, которые хотели поехать миссионерами в Россию и Восточную Европу. Денежный фонд уже насчитывал 75,000 долларов.