Труднее было добиться настоящего объединения Ирландии с прочими королевствами. Дело завоевания продолжал Айретон, а после его смерти оно было закончено так же беспощадно, как и начато, генералом Ледло. Тысячи ирландцев погибли от голода или мечей. Один транспорт покоренных за другим отправляли за океан для продажи на каторжные работы на Ямайке и в Вест-Индии. Более чем 40 тысячам разгромленных католиков было позволено вступить в иностранную службу, и они нашли себе прибежище в изгнании, под знаменами Франции и Испании. Дело умиротворения, предпринятое Генрихом Кромвелем, младшим и способнейшим из сыновей протектора, оказалось еще пагубнее завоевания. За образец он взял заселение Ольстера — роковую меру, унесшую всякую надежду на объединение Ирландии и неизбежно повлекшую за собой восстание и войну. Ирландцы были разделены на разряды по степени их предполагаемой вины. Все изобличенные судом как участники избиения англичан приговаривались к изгнанию или смерти.
Общая амнистия, избавлявшая «более мелких преступников» от следствия по другим делам, не распространялась на землевладельцев. Католические собственники, выказавшие недоброжелательное отношение к парламенту, даже если они не принимали участия в войне, наказывались лишением трети их земель. Все поднимавшие оружие лишались всего и изгонялись в Коннаут, где для них из земель туземных кланов нарезались новые участки. В новые времена ни один народ не постигала такая тяжелая судьба, как ирландцев при этом «умиротворении». Среди тяжелых воспоминаний, отчуждающих Ирландию от Англии, самым горьким остается воспоминание о кровопролитии и конфискациях, произведенных пуританами; худшим прозвищем, которым может назвать своего врага ирландский крестьянин, остается имя О. Кромвеля. При всей своей беспощадности политика протектора все же достигла намеченных ею целей. Туземное население было доведено до полного бессилия. Мир и порядок были восстановлены в Ирландии, а сильный приток протестантских поселенцев из Англии и Шотландии принес разоренной стране благосостояние. Но важнее всего было распространение на Ирландию законодательного объединения, уже проведенного в Шотландии: в общем парламенте ее представителям было отведено тридцать мест.
В Англии с роялистами О. Кромвель обращался как с непримиримыми врагами, но во всех других отношениях он добросовестно выполнял свое обещание «врачевать и умиротворять». Ряд административных реформ, задуманных конвентом, был отчасти осуществлен до созыва парламента 1654 года: после роспуска Палаты работа продолжалась с еще большей энергией. Примерами деятельности правительства служат около сотни указов. Полиция, общественные заведения, дороги, финансы, положение тюрем, заключение должников вот некоторые вещи, обращавшие на себя внимание О. Кромвеля. Указ более чем из пятидесяти статей преобрази вал канцлерски и суд. Ряд разумных и умеренных мер по переустройству церкви положил конец анархии, царившей в ней с того времени, как был упразднен епископат, а пресвитерству не удалось занять его место. Права патроната были оставлены нетронутыми; но для рассмотрения пригодности кандидатов на священнические места была учреждена «испытательная комиссия», на четверть состоявшая из мирян, а в каждом графстве из дворян и духовных лиц была образована церковная комиссия — для наблюдения за церковными делами и для выслеживания и удаления вызывавших подозрения и непригодных священников.
По признанию даже противников О. Кромвеля, реформа прижилась прекрасно. Она доставила стране? «способных и серьезных проповедников, — говорил Бакстер, — ведших благочестивую жизнь, как бы ни различались они своими мнениями»; а так как, по желанию патронов, на места назначались и пресвитериане, и индепенденты, то, поскольку это зависело от практики, достигалось религиозное объединение пуритан на почве широкого разнообразия христианских верований. У преобразованной таким образом церкви было отнято всякое право вмешательства в дела других вероисповеданий. Кроме своего отношения к епископам, которых он считал политическими врагами, О. Кромвель всюду оставался верен началам религиозной свободы. Даже квакеры, отвергавшиеся всеми другими христианскими общинами как анархисты и богохульники, нашли у протектора сочувствие и защиту. Евреи не допускались в Англию со времени царствования Эдуарда I; теперь они представили просьбу о разрешении вернуться, но комиссия из купцов и духовных особ, которой протектор поручил рассмотреть этот вопрос, ответила отказом. О. Кромвель не обратил на это внимания и сам разрешил нескольким евреям поселиться в Лондоне и Оксфорде, что было понято в смысле, не допускавшем ничьего вмешательства.