На войну Запорожский Кош выставил 9,5 тыс. казаков. Из них 7,5 тыс. были конными. Отряды возглавили сам Калнышевский, невзирая на то что ему уже было под 80 лет, войсковой судья Головатый, полковники Чепига, Ковпак, Нос. Они совершали поиски к Кинбурну, Очакову, Гаджибею (Одессе), разведывая дороги для русских войск, расчистив степь от татарских отрядов и наблюдателей. А на Днепр вышла казачья флотилия из 38 лодок. В эту эпоху их называли «дубами» или «байдаками». На каждой лодке стояла одна легкая пушечка-фальконет, а в командах насчитывалось 2 тыс. казаков.
Но и турки прислали на Днепр эскадру под командованием Хасана-Кызыл-Исарли, у него было 20 больших кораблей с тяжелыми орудиями, они везли десант из 12 тыс. воинов. В мае они вошли в устье реки и двинулись вверх по течению. А запорожские лодки под началом Филиппа Сягайло как раз спускались вниз по Днепру. Противника они заметили раньше и сделали засаду в плавнях. Подпустив врага в упор, первым же выстрелом отбили руль у флагманского корабля, и он сел на мель. В ходе сражения турки потеряли еще 3 судна и повернули назад.
Запорожцы вышли в море. Другого флота, кроме них, у России на юге еще не было. Ведь только начало войны перечеркнуло прежний договор. Начались заново оборудование порта в Таганроге, строительство первых кораблей. Так что запорожские лодки были нарасхват. Вели морскую разведку, высаживали десанты, осуществляли сообщение со своими частями, вступившими в Молдавию. А в 1770 г. казачья флотилия под руководством Данилы Третьяка выиграла возле Кинбурна морской бой против неприятельской эскадры из 11 кораблей. В это же время Румянцев за несколько дней одержал три блестящие победы. У Рябой Могилы разбил орду крымского хана Каплан-Гирея, при Ларге окончательно разгромил ее, а на речке Кагул ничтожными силами наголову разнес 150-тысячную турецкую армию Халил-паши.
На следующий год императрица приказала перебазировать половину запорожской флотилии на Дунай. Плаванию придавалась огромное значение. Екатерина назначила особые награды – тысячу рублей экипажу той лодки, которая пойдет первой, 500 руб. экипажу второй, по 300 на остальные. На каждую лодку требовалось взять по одному писарю, чтобы составить описание берегов, глубин, селений. На 19 «байдаках» отправились 988 казаков, возглавил поход полковник Яков Седловский. По дороге с честью провели несколько боев. Возле острова о. Березань захватили вражеский корабль, а возле Дуная победили и взяли на абордаж 8 неприятельских галер с 26 пушками.
Отряд стал ядром формирующейся Дунайской флотилии капитана I ранга И.И. Нагаткина. Турки чувствовали себя на Дунае хозяевами, плавали спокойно. Теперь этому пришел конец. Запорожцы захватывали и топили их суда. 11 июля 1771 г. 6 казачьих лодок под командованием секунд-майора Белича сделали засаду в камышах у горы Буджак, разгромили большой конвой из 4 галер и многих мелких судов. Не потеряли ни одного человека, уничтожив свыше тысячи врагов. Такие операции прервали речные коммуникации турок, их крепости были изолированы друг от друга. Это способствовало взятию дунайских твердынь Тульчи, Исакчи, Бабадага, Мачина, запорожский десант овладел городом Гирсово. Командир сечевиков Седловский в этих боях был ранен и вскоре скончался.
Когда удалось разделаться с польскими конфедератами, на Дунай прибыл и Александр Васильевич Суворов. Одной из его операций стал рейд за Дунай на город Туртукай. Суворов переправился через реку, но турки прислали флотилию, блокировавшую его с тыла. Выручили его запорожцы. Подоспели 20 лодок полковника Ивана Дуплича и заставили неприятельские суда убраться. Через две недели Дуплич погиб в бою под Силистрией. В общем, запорожцы проявили себя в сражениях достойно. Многие казаки были награждены, Калнышевский и еще 16 запорожских начальников удостоились золотых медалей «с диамантами» (алмазами). В 1774 г. был подписан Кючюк-Кайнарджийский мир. К России отошли территории между Днепром и Бугом, крепость Кинбурн, Приазовье. Турция потеряла Крым и Кубань, отказалась от протектората над Крымским ханством – и русские стали притягивать их к себе.
Но Сечь и ее начальство слишком испортили себе репутацию еще до войны, напакостили сами себе в период ее подготовки. А в 1774 г., сразу по окончании боевых действий, запорожцы бросили освободившиеся силы… в массированный набег на соседние районы. Погромили селян бывшей Ново-Сербии, успевшей превратиться в Елисаветградскую провинцию. Как докладывали в Петербург здешние начальники, казаки при этом похвалялись, «что в нынешнее лето всю состоящую под Елисаветградскую провинцию землю получат в свое ведомство». Это стало последней каплей.