Король Вацлав IV покровительствовал сторонникам реформации. Гус являлся духовным отцом королевы Софьи, несчастной в браке. Она регулярно посещала его проповеди. Среди придворных было немало поклонников Яна Гуса, которые с энтузиазмом воспринимали его доводы о необходимости для духовенства скромного образа жизни и нестяжательства в духе первых христиан. Они видели здесь для себя возможность захвата церковного имущества, прикрываясь реформацией. Архиепископ Збынек не сразу понял опасность Гуса и поэтому не препятствовал его деятельности.
В 1407 году начался новый этап реформации. Причиной тому были события общеевропейского значения. В 1377 году завершилось Авиньонское пленение пап, и глава католической церкви снова вернулся в Рим. Год спустя в католичестве случилась «великая схизма» (великий Западный раскол). Пап стали выбирать в двух местах — в Риме и Авиньоне. Это привело к утрате престижа и влияния католической церкви. Тогда правители европейских стран решили преодолеть раскол и реформировать церковь сверху.
В реформировании церкви значительную роль сыграли университеты. Король Вацлав принял сторону реформаторов, так как надеялся вернуть себе титул императора, который у него отнял немецкий князь Рупрехт Пфальцский. Вацлав IV выступал за неповиновение папе Григорию XII из-за его поддержки Рупрехта. Однако Вацлав столкнулся с сопротивлением архиепископа и университета: немцы, жившие в Чехии, были сторонниками Рупрехта.
В 1409 году в Пизе открывался церковный собор, но Вацлав не мог отправиться на него без поддержки университета. Сторонники реформ решили воспользоваться сложившейся ситуацией и послали к королю делегацию. Среди переговорщиков находились Ян Гус и Иероним Пражский. Просьба делегатов состояла в том, чтобы дать им преимущество в университете в противовес засилью немцев. Король решил пойти им навстречу. 18 января 1409 года был выпущен декрет о реформе университета, согласно которому чехи при голосовании получали в университете три голоса, а немцы — один голос. В декрете говорилось, что коренным жителям государства надо давать преимущество по сравнению с чужеземцами. Но немцы не собирались признавать этот акт. Занятия и экзамены срывались, между студентами-чехами и студентами-немцами происходили столкновения. В знак несогласия с проводимой реформой немецкие магистры и студенты покинули город. Численность уехавших составила несколько тысяч человек. В том же году в Лейпциге они создали университет по образцу Пражского.
Пражский университет после проведенной реформы стал национальным чешским учебным заведением и превратился в центр радикальных идей. Первым ректором обновленного университета был избран Ян Гус. Его учение пользовалось популярностью среди различных слоев населения. Духовенство обвинило Гуса в ереси, возбудив против него дело в папской курии. Новым нападкам подверглось учение Виклифа, папа объявил о том, что все учение Виклифа должно быть искоренено, а его книги подлежат сожжению.
Это вызвало волнение в чешской столице. Ян Гус продолжал выступать с проповедями. Он утверждал, что в делах веры следует подчиняться прежде всего Богу. Папа вызвал Яна Гуса в Рим для рассмотрения его дела, но тот отказался туда ехать. Несмотря на ходатайство королевской четы, за отказ явиться в Рим Гуса повторно отлучили от церкви, а на Чехию архиепископ наложил интердикт.
В 1411 году конфликт между духовенством и светской властью вступил в новую стадию. Многих лиц духовного звания король Вацлав выслал из города, а их ценности были конфискованы. На созванном королем земском сейме было принято постановление: церковный суд не может рассматривать светские дела. Этим актом сейм подрывал власть духовенства. Процесс против Гуса был приостановлен.
В 1412 году борьба между Гусом и католической церковью вспыхнула с особым ожесточением. В Чехию был прислан папский легат для продажи индульгенций (необходимо было собрать средства для крестового похода против неаполитанского короля). На публичном диспуте в университете на тему, можно ли продавать индульгенции, Ян Гус и Иероним Пражский вынесли мнение, что папские буллы противоречат Священному Писанию. Вскоре буллы были публично высмеяны. По главным улицам города прошло шествие студентов, пародировавших сожжение книг Виклифа. В колеснице везли студента, одетого блудницей и обвешанного папскими буллами. Рядом с колесницей шли ряженые. При большом стечении народа на одной из площадей буллы были сожжены под виселицей.
Власти жестко расправились с выступавшими: были схвачены и обезглавлены трое юношей, участвовавших в протесте. Похороны казненных превратились в грандиозное шествие. Юношей похоронили в Вифлееме по церковному обряду, и с тех пор часовню стали называли капеллой Трех святых. Борьба сторонников реформации с католической церковью продолжалась.