В то же время Николаевский развернул подготовку новых монографических исследований и статей. Не было буквально ни одного сборника по истории революционного движения в России, который появился бы на русском языке в США и в котором Борис Иванович не принял бы участия как редактор или автор. Еще в 1946 г. он опубликовал большую и содержательную статью об общественной деятельности в России видного меньшевика П.А. Гарви, которая вошла в том, посвященный его памяти[830]. В «Социалистическом вестнике» были опубликованы работы о видных российских социал-демократах И.Г. Церетели[831] и Ю.П. Денике[832]. Некоторые проблемы только ставились (возможно, историк предполагал позже возвратиться к ним детальнее), другие освещались с разных сторон с привлечением максимально доступных документов.
В связи с появившимся в прессе документом о советско-германском военном сотрудничестве в 20-х годах Николаевский занялся и этой проблемой. Речь шла о меморандуме одного из крупных в прошлом германских промышленников Арнольда Рехберга, где приводились данные о связях командования рейхсвера с советским правительством, о помощи, которую оказывали власти СССР ремилитаризации Германии, о грубом нарушении ею военных статей Версальского договора, о германских военных объектах на советской территории. Николаевский доказывал, что меморандум заслуживал доверия, хотя в нем были и сомнительные места[833]. Последовавшие позже многочисленные исследования убедительно показали, что нацистский меч действительно ковался в СССР[834].
Одна из статей была посвящена урокам операции «Трест», проведенной советскими спецслужбами в 20-х годах[835]. Статья носила исследовательский характер, раскрывала подноготную успешной и длительной операции ОГПУ, агентам которого удалось глубоко проникнуть в организации эмигрантов, особенно в их военные и полувоенные структуры. Автор отмечал полное доверие со стороны окружения генерала Врангеля к главному участнику этой операции Якушеву. По мнению Николаевского, установление имен участников операции имело не только академический интерес. Впрочем, он преувеличивал актуальность вопроса, излишне обостряя подозрительность эмигрантов, и без того относившихся друг к другу с известным недоверием.
Продолжая эту тему, он опубликовал также в Бюллетене Лиги борьбы за народную свободу и в журнале «Народная правда» статьи, вскрывавшие провокационные действия в 30-х годах самих эмигрантских организаций[836]. Речь шла о секретной организации под названием «Внутренняя линия», которая была образована в 30-х годах по инициативе эмигрантского Русского общевоинского союза (РОВ). Занималась она «отвратительной практикой» (выражение Николаевского) ложных доносов на советских служащих, работавших за рубежом. Эти доносы разными путями направлялись в ОГПУ – НКВД и компрометировали не только самих лиц, против которых были направлены, но и многих других людей. Николаевский, в частности, приводил примеры из жизни советских служащих в Болгарии, где жертвами ложных доносов стал ряд работников советского полпредства, от шофера до военного атташе полковника В.Т. Сухорукова. «Внутренняя линия» сфабриковала также документы, указывавшие на то, что маршал М.Н. Тухачевский является германским агентом, и этим способствовала усилению репрессий в СССР, причем далеко не только против военных. Возражая некоторым эмигрантам, полагавшим, что эта подрывная деятельность «Внутренней линии» против советской власти была в полной мере оправдана, так как способствовала расшатыванию советской верхушки[837], Николаевский был убежден, что подобные методы борьбы абсолютно неприемлемы с моральной точки зрения.
Николаевский подверг детальному анализу всю историю государственного террора в Советской России и СССР в цикле статей, опубликованных главным образом в «Социалистическом вестнике». Посвященные отдельным событиям или лицам, критическому анализу советских изданий, новым, оказавшимся в его распоряжении, документам и материалам, эти статьи составляли своего рода костяк монографического исследования, которое так и не было оформлено. Особенно интересен был проведенный Николаевским анализ только что выпущенного тогда в Москве объемистого сборника документов по истории ВЧК[838]. Хотя автор предупреждал, что к сборнику надо подходить с большой осторожностью (в СССР существовала обязательная к исполнению инструкция по публикации архивных материалов, которая требовала придерживаться принципа коммунистической партийности и соблюдения государственных интересов, то есть не допускалось включения в сборники документов, неблагоприятных для власти), появление этого издания было важным событием: впервые в СССР был опубликован массив официальных документов по истории механизма террора большевистской власти.