31 декабря 1993 года в госпитале Красногорска Московской области Баркашова с огнестрельным ранением в бедро разыскали работники милиции и перевезли его под охрану в госпиталь МВД, а оттуда в Лефортовский следственный изолятор. Баркашову было предъявлено обвинение в организации массовых беспорядков и незаконном хранении оружия, после чего он содержался в изоляторе до амнистии в феврале 1994 года.
В 2013 году в интервью телеканалу НТВ Баркашов заявил, что во время штурма Дома Советов общался по спутниковому телефону с Павлом Грачевым и сообщал ему об обстановке в здании Верховного Совета, чтобы выстрелы из танков не попали в помещения с людьми.
После освобождения продолжил работу по расширению влияния РНЕ, для чего были использованы не только печатные средства, как, например, газета «Русский порядок», но и участие в президентских и парламентских выборах в 1996 и 1999 годах. В 1999 году баллотировался в Государственную думу Российской Федерации от блока «Спас», который не был допущен к выборам ЦИК.
15 февраля 1995 года (через несколько дней после съезда НПФ «Память») в подмосковном Реутове проходил съезд движения «Русское национальное единство». Как было сказано с трибуны съезда, из 350 городов России прибыли 1075 депутатов. Целью I учредительного съезда было принятие решения об изменении статуса организации. До съезда она называлась «РУССКОЕ национальное единство», после съезда стала называться Общероссийское общественно-политическое патриотическое движение «Русское национальное единство». Основанием для этого послужило наличие 53 региональных и областных организаций РНЕ, 24 из которых самостоятельно зарегистрированы в органах юстиции.
Выступление председателя Центрального совета РНЕ было коротким и впечатляющим. «Главный соратник» подчеркнул, что появление организации РНЕ обусловлено воздействием обстоятельств на жизнь нашего народа, на наше государство. В докладе Баркашов повторил основной тезис из своих теоретических статей, напечатанных в газете РНЕ «Русский порядок». Это «глубочайший кризис» современной западной цивилизации, к которой относятся страны Западной Европы и США. Кризис обусловлен «кардинальным отходом от духовных принципов развития», «главным стимулом деятельности человека стало максимальное удовлетворение материальных потребностей».
По убеждению лидера РНЕ, достижение максимального комфорта не имеет ничего общего с нормальными потребностями человека. «Качество жизни» стало главным стимулом развития западных стран. Развитие гипертрофированной промышленности находится в прямой зависимости от роста требований к уровню «качества жизни». «Все это сегодня называется прогрессом и преподносится как великое и главное достижение цивилизации». Прогрессивному развитию западной цивилизации препятствует ограниченность и невосполнимость сырьевых ресурсов Земли, источника современного промышленного производства. Эгоцентристская позиция стран Запада во главе с США «заключается в присвоении себе права тотального контроля за сырьевыми регионами планеты, контроля за добычей и потреблением сырьевых ресурсов с превращением всего остального мира в свой сырьевой придаток». По словам «главного соратника», для этого Запад применяет все средства: от экономического шантажа до военной силы, а также внедрение в сознание народов мира идеологических мифов. Главный идеолог РНЕ относит к идеологическим мифам «всеобщий прогресс», «борьбу за демократию во всем мире», «стабильное развитие». Руководитель крупнейшей националистической организации России Баркашов противопоставляет идеологическим мифам Запада национальную психологию, национальный характер. В этой реальности современного мира Баркашов указал на «главнейший, важнейший» фактор обеспечения существования и выживания народа — мировоззренческую «идеологическую сплоченность» народа, то есть реалистичное восприятие и оценку всего происходящего на основе «традиционных духовных и морально-нравственных критериев».
В частности, Баркашов сказал и о Геннадии Зюганове, что тот изменил Верховному Совету в октябре 1993 года. Когда возникла иллюзия победы, лидер КПРФ приезжал в Белый дом и со всеми обнимался. Когда обстановка вокруг Белого дома изменилась, Зюганов больше там не появлялся. А теперь он снова начинает раскачивать ситуацию, пытаясь отстранить президента от власти. «Отстранение Ельцина от власти — неконституционный процесс, мы не будем принимать в нем участие. Досрочные президентские выборы могут развалить Россию. Президент нас устраивает, Конституцию мы поддерживаем».
В январе 2009 года Баркашов выступил с «Открытым обращением к участникам Архиерейского и Поместного соборов Русской православной церкви», назначенных на 25–29 января 2009 года, в котором указал архиереям РПЦ на отступление от православной веры и сотрудничество с богоборческой властью «мирового империализма»: