В последующие годы и столетия коварные оползни всё подбирались и подбирались к постройкам. В результате некоторые башни в XVIII и XIX веках будут снесены безвозвратно или заменены «облегчёнными версиями», а линия стен изогнётся, повторяя рельеф горы, и отступит от изначальной черты. Многие постройки будут без колебаний переделаны в новом вкусе, чтобы приспособить их для насущных нужд. Огромный урон Софийскому двору нанесёт советское время, когда архитектурный ансамбль впадёт в «мерзость запустения». В общем, облик Софийского двора очень изменится. Лишь в пятидесятых годах ХХ века начнутся работы по консервации и хоть какой-то реставрации памятника. В порядок его начнут приводить лишь в конце девяностых годов, когда Софийский двор вновь станет резиденцией митрополитов.
Ныне считается, что XVII веку аутентична только одна башня – Павлинская (названная в честь митрополита Павла), но она почему-то не похожа на башни из описаний: она простая и круглая, с конической кровлей – и без франтоватой фигурности, без «машикулей» и каменного шатра. Однако всё равно образ Софийского двора и ныне излучает торжество русского духа, овладевшего такой землёй, какой никто никогда не владел.
Облака Абалака
В XVI веке на берегу Иртыша стоял укреплённый татарский городок Абалак. С трёх сторон его защищали рвы с земляными валами, а с четвёртой – высокий крутой берег. Заливные луга иртышской поймы просматривалась с обрыва на десятки вёрст. Небо отражалось в разливах вешних озёр и казалось близким, хоть пои коня этой синевой. Чудилось, что история Абалака, пусть она и творится сейчас на земле, уже когда-то давно написана в небесах.
Все события здесь совершались так, чтобы подтвердить какое-нибудь пророчество. За год до прихода Ермака князю Абалака привиделось, что на месте его крепости вырастет русский город с золотыми куполами и шатрами колоколен, и звон колоколов разнесётся на всю округу. Князь не поверил своим глазам: его крепость хорошо защищена, и к тому же рядом находится Искер, столица Сибирского ханства, и хан Кучум держит там своё грозное войско. А в Абалаке располагалась резиденция Самбулы, одной из жён хана.
Абалацкий князь никак не ожидал того, что стряслось через год после его видения. Горделивый Кучум, устрашённый Ермаком, бросил Искер и с войском бежал в Абалак к Самбуле. Войско возглавлял царевич Маметкул, племянник Кучума и главный военачальник сибирских татар. 5 декабря 1585 года на тихом Абалацком озере прогремела самая кровопролитная битва Ермакова похода. Казачья дружина разгромила орду царевича Маметкула.
А после битвы Ермаку и ещё пятерым казакам его дружины во время молитвы явился Святитель Николай. Он предрёк, что русский Абалак станет «жилищем Бога». То, что объявлено с небес, сбылось через полвека.
В XVII веке Абалак заселили русские. У окраины городка на погосте в маленькой избе жила одинокая вдова Мария. В 1636 году она увидела во сне икону «Знамение Пресвятой Богородицы». До этого вдова Мария, простая сибирская баба, никогда не встречала «знаменских» икон, а сейчас этот образ приснился ей четыре раза подряд. В вещем сне на иконе справа от Девы Марии стоял святитель Николай Чудотворец, а слева – преподобная Мария Египетская. Абалакская вдова услышала голос, который повелел ей объявить народу о своём видении, чтобы на погосте построили храм в честь иконы «Знамение». Архиепископ Нектарий дал благословение, и храм построили.
Теперь не хватало только самой иконы, во имя которой соорудили храм. И она появилась – как и всё в Абалаке, чудесным образом. В Тобольске в дом к парализованному крестьянину Ефиму постучался нищий в отрепьях. Он сказал больному: закажешь написать храмовый образ в Абалакскую церковь – снова будешь ходить. Ефим заказал икону лучшему иконописцу Сибири – протодьякону Софийского двора Матвею. Как только мастер приступил к работе, крестьянину полегчало, а когда образ был готов, Ефим на своих ногах пришёл за иконой и отнёс её в Абалак. Икона стала исцелять от самых тяжёлых недугов. С неё сделали множество списков, и они тоже были чудотворными. Все исцеления священники Абалака записывали в особую книгу. Только в XVII веке было собрано 130 свидетельств.
В 1665 году Абалакская Богоматерь спасла весь Тобольск. В начале лета в городе без перерыва много дней шёл проливной дождь; земля не могла впитать столько воды, огороды и поля затопило, гибли посевы и сенокосы; люди в отчаянии готовились к голодной зиме. Архиепископ Корнилий решил обратиться за помощью к чудотворной иконе. 8 июля Абалакскую святыню торжественно встретили в Софийском соборе. И едва начали службу, как бесконечный дождь иссяк; тёмное небо посветлело, и потрясённые тоболяки увидели солнце. С тех пор каждый год на две летних недели чудотворную икону крестным ходом приносят из Абалака в Тобольск.