Бейлис не знал, в чем дело и чего от него хотят. Через три часа вернулся Кулябко. Формально он не участвовал в расследовании убийства — только несколько дней держал у себя арестанта, чтобы потом передать его полиции. Поэтому особенно удивительно, что он проявил инициативу: предложил задержанному ответить письменно на ряд вопросов. Бейлис едва умел читать и писать по-русски, поэтому ответы дались ему с большим трудом. Зато он наконец узнал, за что его арестовали: после обычных вопросов об имени, происхождении и роде занятий шел вопрос о том, что он знает об убийстве Ющинского. Кулябко решил опросить его устно, но Бейлис смог сказать одно: ему известно лишь то, что знают все. Он был ошарашен происходящим, а когда услышал за стеной плач своего сына, пришел в отчаяние и начал биться головой о стену.
Восьмилетнего Давида, сына Бейлиса, Кулябко допрашивал лично. Потом привел к Бейлису Женю и сообщил, что, согласно показаниям Жени Черебяк, Давид играл 12 марта с Андреем, а он это отрицает. Бейлис не знал, что сказать в ответ.
Я провел еще несколько часов с тяжелым сердцем. Меня терзала мысль, что моего сына держат взаперти и мучают. Он ведь маленький ребенок… к тому же еще очень слабый. Его крики для меня были как острый нож. Я не мог успокоиться. Когда я позже увидел его в окно комнаты, где сидел, — оно выходило в коридор, — мне стало еще хуже, и я никогда не забуду этого зрелища. Я стоял и смотрел в окно. Он шел, сложив руки и опустив голову. Сердце у меня разрывалось, и я еще сильнее заколотил в стену.
Ребенка оставили на ночь в полицейском участке, а утром наконец отпустили.
Но на другой день Давида вновь привели на допрос, а вместе с ним и тринадцатилетнего Пинхаса, старшего сына Бейлиса. Вероятно, начальник охраны думал, что раз не сознается отец, может быть, удастся что-то вытянуть из детей. Но дети не сказали ничего, что могло бы повредить отцу, хотя их, несомненно, к этому подталкивали. Прежде чем детей отпустили, Бейлису разрешили на минуту их увидеть.
До ареста Бейлис чувствовал себя вполне безопасно в городе, где провел значительную часть жизни. Но, будучи евреем в Киеве, он не так уж удивился, внезапно оказавшись под замком.
Российская империя веками относилась к евреям враждебно. Первые случаи избиения евреев казаками относятся к середине 1600‐х годов, но до конца XVIII века евреев в России было немного. Даже Петр I, проводивший реформы по западному образцу и открытый всему новому, не желал мириться с присутствием евреев, а в 1727 году его племянница Анна Иоанновна издала указ, повелевавший немногочисленному еврейскому населению покинуть пределы империи. Периодические высылки оставались нормой вплоть до 1762 года, когда на престол взошла Екатерина II. Именно имперская политика Екатерины, нацелившейся на крупные польские территории, сделала Россию страной с самым многочисленным еврейским населением в мире. После третьего раздела Польши в 1795 году около полумиллиона евреев стали российскими подданными. К 1900 году численность еврейского населения превысила пять миллионов, при этом Россия оставалась единственной в Европе страной — за исключением Румынии, — не предоставившей иудеям равных прав. Они по-прежнему могли проживать в основном в черте оседлости, но даже там им было запрещено селиться в ряде городов и в сельской местности: они не имели права владеть землей. Однако, по словам Симона Дубнова, одного из первых летописцев жизни евреев в России, по степени враждебности к евреям ни один город Российской империи не мог соперничать с Киевом.