Александр II отменил жестокую систему, при которой «кантонистов», то есть еврейских мальчиков — формально не моложе двенадцати лет, но на деле иногда восьми-девятилетних, — отправляли в армию, часто при этом заставляя принять православие. Первоначальный срок службы — двадцать пять лет — сократили приблизительно до пяти, после чего военнослужащих на девять лет увольняли в запас. Попыток обратить новобранцев-евреев в другую веру больше не предпринимали. Солдаты-евреи не могли соблюдать кашрут, но им разрешали собираться в полковых столовых и казармах, чтобы отмечать основные еврейские праздники, и давали увольнительную, чтобы они могли посетить седер и богослужения в ближайших к месту службы еврейских общинах. Наиболее прагматичные русские командиры активно поощряли соблюдение религиозных обрядов, здраво полагая, что такое времяпрепровождение предпочтительнее обычного солдатского распутства и пьянства.
Воинская служба не отнимала у еврейских новобранцев их религии, но делала их уже другими. Для Менделя Бейлиса, как и для тысяч других солдат-евреев, армия стала своего рода школой. Как отмечает историк Йоханан Петровский-Штерн, солдат-еврей проходил обучение, служил, сражался и принимал пищу бок о бок с русским солдатом, православным христианином, и иудаизм первого из образа жизни превращался в вероисповедание, подкрепляемое непоследовательным соблюдением обрядов. В плавильном котле армии Бейлис лучше овладел русским языком. Общение с русскими придало ему уверенности в себе. Он стал меньше придерживаться религиозных обычаев. Можно сказать, что армия подготовила его к большому городу.
Бейлис туда не рвался и оказался в «нечестивом Егупце» благодаря случайному стечению обстоятельств, которым был обязан глубоко почитаемому отцу, известному своим благочестием.
Мендель Бейлис, человек твердых моральных принципов, не отличался стремлением строить собственную судьбу. Повинуясь течению жизни, он попал в армию, позже сблизился с женщиной по имени Эстер, на которой женился через год после увольнения. Ее дядя владел печами для обжига кирпича в городке в тринадцати километрах от Киева, куда Бейлис и устроился на работу. Но однажды, в 1896 году, Бейлис получил письмо от двоюродного брата, работавшего у «сахарного короля» Ионы Зайцева, с предложением места на кирпичном заводе, который Зайцев строил в Киеве.
До службы в армии Бейлис работал на ликеро-водочном заводе, тоже принадлежавшем Зайцеву. Это место он получил благодаря своему отцу Тевье, состоявшему в дружеских отношениях с Зайцевым, одним из богатейших людей губернии, и даже несколько раз получавшему от состоятельного заводчика приглашение его навестить. Через много лет Зайцев принял участие в сыне своего бедного благочестивого друга, к тому времени уже умершего, и, вероятно, радовался, что может предоставить молодому человеку, который обзавелся семьей, приличную работу в городе.
Бейлис был доволен своим местом заводского приказчика, отвечавшего также за отправку грузов. Он получал сорок пять рублей в месяц и не платил за жилье, поскольку работал в этом помещении шесть дней в неделю. Зато мог оплачивать обучение старшего сына Пинхаса в русской гимназии, куда мальчика взяли в соответствии с правилом, допускавшим принимать до пяти процентов учеников из евреев. (Евреи в целом на тот момент составляли около пятнадцати процентов населения Киева, насчитывавшего 450 тысяч человек.) Давид, которому исполнилось восемь, учился в хедере. Из шестерых детей супруги потеряли только одного — сестру-близняшку двухлетней дочери. «Я благодарил Бога за то, что имел <…>, — позже напишет Бейлис. — Все указывало на мирное будущее».
Арест Бейлиса предполагалось держать в тайне, пока его формально не передадут полиции, но новость стала достоянием общественности.
Наконец, кажется, дело выходит на путь истинный, — торжествующе сообщала газета «Земщина», — арестованный по предполагаемой прикосновенности к делу служащий завода Зайцева — жид Мендель Бейлис был подвергнут вторичному допросу следователем Фененко.
Ликование было преждевременным. На самом деле Фененко, следователь по особо важным делам, отказывался допрашивать или арестовывать Бейлиса. Будучи решительным противником обвинения в ритуальном убийстве, Фененко считал, что Бейлис невиновен. За кулисами шла ожесточенная борьба, которой предстояло решить судьбу узника.