Прокурор судебной палаты Чаплинский вернулся в Киев примерно 25 июля. Вызвала ли у него панику полученная телеграмма? Возникла ли мысль отказаться от необоснованного обвинения и отпустить задержанного? Может быть, какое-то время он и правда колебался. Но, обсуждая дело с местным прокурором Брандорфом, которому оно было непосредственно поручено, и следователем Фененко, Чаплинский не выказал ни сомнений, ни нерешительности. В отношении отказа Шаховских от собственных показаний он выбрал поразительно простую тактику — игнорировать его. Вероятно, он рассчитывал, что обвинение так или иначе сумеет накопить еще «улики». Найдутся люди, которые пожелают сыграть роль непосредственных свидетелей, какую у Томаса Монмутского играла служанка, «видевшая мальчика сквозь приоткрытую дверь». (В таких расчетах Чаплинский оказался прав, хотя для этого и потребовалось до неприличия много времени.) Чаплинский не мог не видеть неубедительности обвинения. Но он знал, что продолжать дело в его интересах и что у него есть поддержка министра юстиции.
Царский режим строился не на сплошном произволе; охранное отделение не могло держать человека под арестом «в порядке государственной охраны» более двух недель (при определенных обстоятельствах — более одного месяца). По истечении этого срока арестованного надлежало либо передать полиции, предъявив ему обвинение в конкретном преступлении, либо освободить. Чаплинскому ни к чему было держать Бейлиса под замком в качестве политического преступника. Требовалось придать делу максимально широкую огласку, обвинив его в кровожадном убийстве христианского ребенка.
Чаплинский не мог сам отдать распоряжение об официальном взятии Бейлиса под стражу с предъявлением ему обвинения. Сделать это уполномочен был только следователь Фененко. Разумеется, Чаплинский мог отстранить Фененко от должности, но такой поступок вызвал бы скандал, который был прокурору нежелателен.
Фененко с присущей ему прямолинейностью заявил Чаплинскому, что, учитывая явную лживость показаний, равнозначных клевете на невинного человека, он, следователь, не будет отдавать распоряжение об аресте. Более дипломатичный и осторожный Брандорф попытался переубедить Чаплинского. Впоследствии он вспоминал:
…Для доказательства недостаточности оснований к привлечению Бейлиса я набросал на бумаге все доводы, изложенные Чаплинским, и получился какой-то бессвязный подбор предположений и догадок, но отнюдь не логически построенная схема улик; когда же я прочел этот «позорный», с моей точки зрения, «акт» и ожидал, что он подействует на Чаплинского отрицательно, убедив его в невозможности по таким данным привлекать человека за убийство, да еще с «ритуальной» целью, то эффект получился обратный, и Чаплинский нашел, что на бумаге «вышло еще лучше».
Здесь уже Брандорф перестал спорить. Он заявил, однако, что берется написать предположение о привлечении Веры Чеберяк, куда более убедительное, чем обвинение против Бейлиса. Но Чаплинский, по словам Брандорфа, заявил в ответ, что «не может допустить, чтобы по „еврейскому“ делу была привлечена в качестве обвиняемой православная женщина». Так Чаплинский дал понять, что отказывается от затеи представить Бейлиса и Чеберяк сообщниками. Обвиняемым должен был остаться только еврей. «Православную женщину» вскоре отпустили.
Фененко обратился к Красовскому, предложив доказать несостоятельность обвинений против Бейлиса. Красовский объективно изложил результаты проведенного им расследования, не упустив ни малейшей детали, и пришел к выводу, что не располагает никакими данными, «которые указывали бы на участие Менделя Бейлиса в этом деле».
Под давлением Чаплинского Фененко согласился дать полицейским распоряжение об аресте Бейлиса, но потребовал от Чаплинского письменного приказа. Тот не сразу согласился на условие Фененко, который тоже не собирался отступать. Спор затянулся более чем на четыре дня. Двадцать девятого июля Чаплинский согласился, известив министра юстиции, что он лично предлагает арестовать Бейлиса. Третьего августа, когда до истечения двухнедельного срока оставалось два дня, Чаплинский выдал Фененко письменное распоряжение.
Обоснование для ареста, выданное Чаплинским, почти полностью повторяет его донесение министру юстиции Щегловитову.